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万見
- PDB-2jam: Crystal structure of human calmodulin-dependent protein kinase I G -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jam
タイトルCrystal structure of human calmodulin-dependent protein kinase I G
要素
  • (POLYPEPTIDE) x 2
  • CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE 1G
キーワードTRANSFERASE / KINASE / MEMBRANE / ATP-BINDING / PRENYLATION / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / ALTERNATIVE SPLICING / PROTEIN SERINE/THREONINE KINASE / CALMODULIN BINDING / CALMODULIN-BINDING / NUCLEOTIDE BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / LIPOPROTEIN / POLYMORPHISM / GOLGI APPARATUS / PHOSPHORYLATION / ALLOSTERIC ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / Golgi membrane / protein serine kinase activity / signal transduction / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J60 / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1G
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
UNIDENTIFIED (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Debreczeni, J.E. / Bullock, A. / Keates, T. / Niesen, F.H. / Salah, E. / Shrestha, L. / Smee, C. / Sobott, F. / Pike, A.C.W. / Bunkoczi, G. ...Debreczeni, J.E. / Bullock, A. / Keates, T. / Niesen, F.H. / Salah, E. / Shrestha, L. / Smee, C. / Sobott, F. / Pike, A.C.W. / Bunkoczi, G. / von Delft, F. / Turnbull, A. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Calmodulin-Dependent Protein Kinase I G
著者: Debreczeni, J.E. / Bullock, A. / Keates, T. / Niesen, F.H. / Salah, E. / Shrestha, L. / Smee, C. / Sobott, F. / Pike, A.C.W. / Bunkoczi, G. / von Delft, F. / Turnbull, A. / Weigelt, J. / ...著者: Debreczeni, J.E. / Bullock, A. / Keates, T. / Niesen, F.H. / Salah, E. / Shrestha, L. / Smee, C. / Sobott, F. / Pike, A.C.W. / Bunkoczi, G. / von Delft, F. / Turnbull, A. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Knapp, S.
履歴
登録2006年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE 1G
B: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE 1G
D: POLYPEPTIDE
E: POLYPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,75710
ポリマ－70,7014
非ポリマー1,0566
水5,765320
1
A: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE 1G
D: POLYPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9325
ポリマ－35,4152
非ポリマー5173
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE 1G
E: POLYPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8255
ポリマ－35,2862
非ポリマー5393
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.666, 53.736, 64.177
Angle α, β, γ (deg.)65.45, 71.91, 73.84
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.31581, -0.39779, 0.86141), (-0.39637, -0.88017, -0.26114), (0.86207, -0.25897, -0.43564)
ベクター: -10.44657, 23.59398, 26.89625)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE 1G / CAM KINASE IG / CAM KINASE I GAMMA / CAMKI GAMMA / CAMKI-GAMMA / CAM-KI GAMMA / CAMKIG / CAMK-LIKE ...CAM KINASE IG / CAM KINASE I GAMMA / CAMKI GAMMA / CAMKI-GAMMA / CAM-KI GAMMA / CAMKIG / CAMK-LIKE CREB KINASE III / CLICK III / CALMODULIN-DEPENDENT / PROTEIN / KINASE / I / G


分子量: 34805.852 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 18-316 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 ROSETTA
参照: UniProt: Q96NX5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 DE

#2: タンパク質・ペプチド POLYPEPTIDE


分子量: 608.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UNKNOWN ORIGIN / 由来: (天然) UNIDENTIFIED (未定義)
#3: タンパク質・ペプチド POLYPEPTIDE


分子量: 480.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UNKNOWN ORIGIN / 由来: (天然) UNIDENTIFIED (未定義)

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非ポリマー , 4種, 326分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-J60 / 5-[(E)-(5-CHLORO-2-OXO-1,2-DIHYDRO-3H-INDOL-3-YLIDENE)METHYL]-N-[2-(DIETHYLAMINO)ETHYL]-2,4-DIMETHYL-1H-PYRROLE-3-CARBOXAMIDE / SU-11652


分子量: 414.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27ClN4O2
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE PEPTIDES CORRESPONDING TO CHAINS D AND E ARE OF UNKNOWN ORIGIN, I.E. THEY WERE NOT PART OF THE ...THE PEPTIDES CORRESPONDING TO CHAINS D AND E ARE OF UNKNOWN ORIGIN, I.E. THEY WERE NOT PART OF THE CRYSTALLISATION CONDITION NOR THE CONSTRUCT CRYSTALLISED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化詳細: 0.20M NA(MALONATE), 0.1M BTPROP PH 7.5, 20.0% PEG 3350, 10.0% ETGLY

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 1 1 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→33.36 Å / Num. obs: 64017 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.79 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.82
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.31 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.97 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A06

1a06


解像度: 1.7→56.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.166 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1609 2.5 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.157 62408 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å2-0.81 Å20.32 Å2
2---0.05 Å20.11 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→56.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4513 0 67 320 4900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224745
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3641.9816437
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8993.0027801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1095585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.94325.049204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.32115829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9431511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02924
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2871
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.23183
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.22258
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22233
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0810.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2470.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.210.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.22652997
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.11274646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.36292113
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.727111780
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.346 111
Rwork0.172 4229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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