PDB-2jak: Human PP2A regulatory subunit B56g

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jak

タイトル

Human PP2A regulatory subunit B56g

要素

SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE 2A 56 KDA REGULATORY SUBUNIT GAMMA ISOFORM

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / B56G / PP2A / PPP2R5C / PHOSPHORYLATION / PP2A REGULATORY SUBUNIT

機能・相同性

機能・相同性情報

protein phosphatase type 2A complex / protein phosphatase regulator activity / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Magnusdottir, A. / Stenmark, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ericsson, U.B. / Flodin, S. / Flores, A. ...

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: The Structure of the Pp2A Regulatory Subunit B56 Gamma: The Remaining Piece of the Pp2A Jigsaw Puzzle.
著者: Magnusdottir, A. / Stenmark, P. / Flodin, S. / Nyman, T. / Kotenyova, T. / Graslund, S. / Ogg, D. / Nordlund, P.

履歴

登録	2006年11月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jak.cif.gz	80.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jak.ent.gz	60.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jak.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jak_validation.pdf.gz	426.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jak_full_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示
XML形式データ	2jak_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	2jak_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/2jak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/2jak	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5jja-1 5k6s-d 5swf-d 6toq-d 2qkk-3 6war-7 6war-1 5tjf-d 1upl-1 3aaf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (5) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE 2A 56 KDA REGULATORY SUBUNIT GAMMA ISOFORM

45.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.800, 105.800, 82.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2017- HOH

#1: タンパク質	SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE 2A 56 KDA REGULATORY SUBUNIT GAMMA ISOFORM / PP2A / B SUBUNIT / B' GAMMA ISOFORM / PP2A / B SUBUNIT / B56 GAMMA ISOFORM / PP2A / B SUBUNIT / ...PP2A / B SUBUNIT / B' GAMMA ISOFORM / PP2A / B SUBUNIT / B56 GAMMA ISOFORM / PP2A / B SUBUNIT / PR61 GAMMA ISOFORM / PP2A / B SUBUNIT / R5 GAMMA ISOFORM / NY-REN-29 ANTIGEN / B56G 分子量: 45859.859 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 11-380 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13362
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUES 11-380 WERE EXPRESSED

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化	詳細: 29% MPD 0.1M TRIS, PH 8.0 20MM L-PROLINE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.0689
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月7日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0689 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→22 Å / Num. obs: 16638 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 13.9 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 30.11
反射シェル	解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0021	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SOLVE/RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.6→21.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 24.105 / SU ML: 0.241 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.415 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26	837	5 %	RANDOM
R_work	0.214	-	-	-
obs	0.216	15799	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.88 Å²	-0.44 Å²	0 Å²
2-	-	-0.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→21.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2676	0	0	17	2693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2750
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.383	1.971	3737
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.951	3	4567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.697	5	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.251	23.889	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.263	15	469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.523	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2974
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	567
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.249	0.2	698
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.041	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.304	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.152	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.9	2	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.37	3	2686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.929	4	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.722	5	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.371	66
R_work	0.292	1134

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	78.2041	-21.4347	45.3254	32.7614	-9.4367	26.6013	-1.6	0.5308	-4.8249	-1.0162	1.2299	-0.9219	1.1692	-1.5065	0.3701	1.0518	-0.1094	0.1724	0.6964	0.1197	1.0381	-0.396	16.052	8.245
2	9.0967	1.1504	-0.9804	11.3257	-1.4219	5.1311	0.1098	0.174	-1.0729	0.5256	-0.7951	0.2002	1.0409	-1.2927	0.6853	0.3194	-0.5087	0.0234	0.5844	-0.2058	0.2567	-13.222	26.218	2.964
3	33.9536	15.8439	1.8567	26.7289	4.3196	1.7125	1.1748	-1.9009	-0.8673	3.3221	-1.2848	-1.6134	1.1332	-0.5695	0.11	0.952	-0.6552	-0.3215	0.6008	0.4336	0.3693	-0.996	28.34	13.798
4	7.6023	3.04	-1.7224	16.0621	3.419	7.2231	0.8116	-0.2918	-0.4351	-0.081	-1.4695	-0.1975	0.7797	-1.2876	0.6578	-0.1023	-0.2682	0.0046	0.4297	-0.023	-0.0583	-6.773	36.02	2.325
5	20.0771	0.1213	5.784	18.5813	6.3454	5.7595	0.9833	-2.0835	-0.9697	1.962	-0.8936	-1.7592	1.5356	-0.5154	-0.0896	0.1528	-0.3639	-0.191	0.3227	0.3653	0.1233	0.443	37.23	8.857
6	5.0865	2.5505	-0.7929	12.2908	1.8183	4.4822	0.316	-0.3076	-0.3388	-0.7609	-0.8358	-0.3854	0.1152	-0.7435	0.5198	-0.2455	0.0569	0.0181	0.1759	0.0319	-0.1901	-2.381	49.331	0.527
7	100.5804	69.6805	15.5862	0.3924	37.5106	52.4436	1.0936	2.1389	3.3226	-4.9594	-3.8974	1.9632	-0.486	-1.6842	2.8038	0.3935	0.5197	-0.2526	0.9967	0.0481	0.1472	-13.175	64.269	-6.929
8	2.3508	-1.5189	-0.81	7.9248	4.3763	4.8542	0.3392	0.7105	0.2007	-0.4606	-0.7315	0.3506	-0.5662	-0.9177	0.3923	-0.1408	0.1223	-0.0464	0.1885	0.026	-0.1299	-5.832	71.854	9.858
9	3.0173	2.7254	-0.0425	12.924	4.8409	4.7752	0.3207	0.0194	0.9876	0.4326	-0.6065	0.6739	-0.2583	-1.0831	0.2857	-0.0796	0.114	-0.0032	-0.07	0.0353	0.0313	-8.026	84.43	24.112

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	30 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	39 - 73
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	74 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	84 - 135
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	136 - 151
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	152 - 211
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	212 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	217 - 340
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	341 - 374

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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