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- PDB-2ja4: Crystal structure of CD5 domain III reveals the fold of a group B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ja4
タイトルCrystal structure of CD5 domain III reveals the fold of a group B scavenger cysteine-rich receptor
要素T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD5
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD6 / CD5 / SRCR / MEMBRANE / POLYMORPHISM / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE / INNATE IMMUNITY / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


cell recognition / T cell costimulation / apoptotic signaling pathway / signaling receptor activity / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell surface glycoprotein CD5 / Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Rodamilans, B. / Munoz, I.G. / Sarrias, M.R. / Lozano, F. / Blanco, F.J. / Montoya, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the Third Extracellular Domain of Cd5 Reveals the Fold of a Group B Scavenger Cysteine-Rich Receptor Domain.
著者: Rodamilans, B. / Munoz, I.G. / Bragado-Nilsson, E. / Sarrias, M.R. / Padilla, O. / Blanco, F.J. / Lozano, F. / Montoya, G.
履歴
登録2006年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3161
ポリマ－11,3161
非ポリマー00
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.931, 62.931, 72.564
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2045-

HOH

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要素

#1: タンパク質 T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD5 / CD5DIII / LYMPHOCYTE ANTIGEN T1/LEU-1


分子量: 11315.667 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN III, RESIDUES 269-369 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: B-LYMPHOCYTE / プラスミド: PCEP-PU / 細胞株 (発現宿主): HEK-293EBNA / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織 (発現宿主): KIDNEY CELLS / 参照: UniProt: P06127
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.4 %
結晶化pH: 7.4 / 詳細: 15-25% PEG 8000, 100 MM NAAC PH 4.4, 200 MM LI2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.8
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→50 Å / Num. obs: 12098 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.21→2.26 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ARP/wARPモデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
BNP位相決定
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
ARP/wARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.21→19.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 4.474 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 387 4.7 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.196 7899 95.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20.19 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→19.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数789 0 0 58 847
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.021808
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1561.9281093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.5845100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.04723.540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.02615137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.84158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1830.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02623
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2590.2315
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.330.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2150.249
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1560.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4921.5515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8632802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.2413338
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.8234.5291
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.27 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.376 25
Rwork0.284 481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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