PDB-2ja3: Cytoplasmic Domain of the Human Chloride Transporter ClC-5 in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ja3

タイトル

Cytoplasmic Domain of the Human Chloride Transporter ClC-5 in complex with ADP

要素

CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE / CHLORIDE / TRANSPORT / CBS DOMAIN / CLC / CHLORIDE CHANNEL / DISEASE MUTATION / IONIC CHANNEL / ION TRANSPORT / TRANSMEMBRANE / CHLORIDE TRANSPORTER / VOLTAGE-GATED CHANNEL

機能・相同性

機能・相同性情報

renal system process / voltage-gated chloride channel activity / antiporter activity / chloride transport / monoatomic ion transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / endocytosis / synaptic vesicle / apical part of cell / early endosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Meyer, S. / Savaresi, S. / Forster, I.C. / Dutzler, R.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Nucleotide Recognition by the Cytoplasmic Domain of the Human Chloride Transporter Clc-5
著者: Meyer, S. / Savaresi, S. / Forster, I.C. / Dutzler, R.

履歴

登録	2006年11月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ja3.cif.gz	205.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ja3.ent.gz	167.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ja3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ja3_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ja3_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	2ja3_validation.xml.gz	38.5 KB	表示
CIF形式データ	2ja3_validation.cif.gz	49.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/2ja3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/2ja3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j9lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3q8p-d 4ebe-d 3q8q-d 4ebd-d 1zl3-d 4u0y-d 5hlg-2 3oep-d 3h40-d 1ar4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

B: CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

C: CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

D: CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

E: CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

F: CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

ヘテロ分子

129 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

B: CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 2 ポリマー
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2

C: CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

D: CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 2 ポリマー
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3

E: CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

F: CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	126.567, 149.308, 81.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	B
4	1	D
1	2	C
2	2	A
1	3	E
2	3	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ARG	ARG	ALA	ALA	6	A	A	589 - 647	20 - 78
2	1	1	ARG	ARG	ALA	ALA	6	C	C	589 - 647	20 - 78
3	1	1	ARG	ARG	ALA	ALA	6	B	B	589 - 647	20 - 78
4	1	1	ARG	ARG	ALA	ALA	6	D	D	589 - 647	20 - 78
1	2	1	LEU	LEU	LEU	LEU	6	A	A	677 - 729	108 - 160
2	2	1	LEU	LEU	LEU	LEU	6	C	C	677 - 729	108 - 160
3	2	1	LEU	LEU	LEU	LEU	6	B	B	677 - 729	108 - 160
4	2	1	LEU	LEU	LEU	LEU	6	D	D	677 - 729	108 - 160
1	1	2	ARG	ARG	VAL	VAL	1	C	C	648 - 654	79 - 85
2	1	2	ARG	ARG	VAL	VAL	1	A	A	648 - 654	79 - 85
1	1	3	ARG	ARG	VAL	VAL	1	E	E	648 - 654	79 - 85
2	1	3	ARG	ARG	VAL	VAL	1	A	A	648 - 654	79 - 85

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.577, -0.1521, 0.8024), (-0.1699, -0.9387, -0.3), (0.7989, -0.3094, 0.5158)	10.63, 136.8, 21.48
2	given	(-0.7062, 0.5611, 0.4319), (0.596, 0.1418, 0.7904), (0.3822, 0.8155, -0.4345)	-2.852, -19.01, 28.27
3	given	(-0.9835, -0.1807, -0.004752), (-0.134, 0.7468, -0.6514), (0.1213, -0.6401, -0.7587)	75.88, 59.81, 142
4	given	(-0.7211, 0.5599, 0.408), (0.5501, 0.1048, 0.8285), (0.4211, 0.8219, -0.3836)	-0.6677, -17.46, 23.77
5	given	(-0.5222, -0.1744, 0.8348), (-0.1097, -0.957, -0.2685), (0.8457, -0.2318, 0.4806)	9.822, 135.3, 17.03

#1: タンパク質	CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5 / CHLORIDE TRANSPORTER CLC-5 / CLC-5 分子量: 21076.469 Da / 分子数: 6 / 断片: CYTOPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 571-746 / 由来タイプ: 組換発現詳細: CHAIN F IS LESS WELL DEFINED WHEN COMPARED TO THE OTHER CHAINS. THIS IS DUE TO MISSING CRYSTAL CONTACTS AND IS REFLECTED IN PARTLY HIGH B-FACTORS. 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: EPITHELIUM / 器官: KIDNEY / プラスミド: PET 28 B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P51795
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
配列の詳細	CONSTRUCT ENCOMPASSES AMINO ACIDS 568 TO 741 OF CLC-5.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.47 %
結晶化	詳細: 200 MM (NH4)2SO4, 10 MM TRIS HCL (PH 7.4) AND 18 % PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.91924
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: MIRROR
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→27.56 Å / Num. obs: 45674 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 78.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 3.05→3.16 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / % possible all: 64.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
TRUNCATE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.05→19.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.881 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.845 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.558
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOODWITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE PREDOMINANT OLIGOMERIC STATE OF THE CLC- 5 CYTOPLASMIC DOMAIN IN SOLUTION IS A DIMER. CURRENTLY THERE IS NO EXPERIMENTAL EVIDENCE FOR ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.317	1439	5.1 %	RANDOM
R_work	0.278	-	-	-
obs	0.28	26547	93.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.83 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.05→19.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8003	0	162	0	8165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	8309
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.948	2.021	11314
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.343	5	997
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.321	23.467	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.52	15	1509
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.207	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	5913
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.3	3196
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.323	0.5	5800
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.168	0.3	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.227	0.5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.566	2	5067
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.004	3	8369
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.291	2	3242
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.483	3	2945
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2	1	C	57	tight positional	0.44	0.05
3	1	E	57	tight positional	0.11	0.05
1	1	A	890	loose positional	0.51	20
1	2	C	890	loose positional	0.52	20
1	3	B	890	loose positional	0.65	20
1	4	D	890	loose positional	0.52	20
1	1	A	890	loose thermal	5.29	50
1	2	C	890	loose thermal	3.79	50
1	3	B	890	loose thermal	2.74	50
1	4	D	890	loose thermal	1.96	50
2	1	C	57	loose thermal	4.18	50
3	1	E	57	loose thermal	8.78	50

LS精密化シェル

解像度: 3.05→3.13 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.314	56
R_work	0.366	1267

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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