PDB-2j9q: A novel conformation for the TPR domain of pex5p

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j9q

タイトル

A novel conformation for the TPR domain of pex5p

要素

PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / TRANSPORT / ZELLWEGER SYNDROME

機能・相同性

機能・相同性情報

protein import into peroxisome matrix, substrate release / peroxisome targeting sequence binding / protein import into peroxisome matrix, translocation / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / protein targeting to peroxisome / peroxisome matrix targeting signal-1 binding / protein import into peroxisome matrix, receptor recycling / protein import into peroxisome matrix / protein import into peroxisome matrix, docking ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Stanley, W.A. / Wilmanns, M. / Kursula, P.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: A Previously Unobserved Conformation for the Human Pex5P Receptor Suggests Roles for Intrinsic Flexibility and Rigid Domain Motions in Ligand Binding
著者: Stanley, W.A. / Pursiainen, N. / Garman, E.F. / Juffer, A. / Wilmanns, M. / Kursula, P.

履歴

登録	2006年11月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j9q.cif.gz	121.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j9q.ent.gz	93.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j9q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2j9q_validation.pdf.gz	397.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j9q_full_validation.pdf.gz	410.6 KB	表示
XML形式データ	2j9q_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	2j9q_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/2j9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/2j9q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2c0mS 1fch 2c0l S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3kxa-d 5gw7-1 6t6v-d 4y2w-d 2oga-1 1cnz-d 5ziz-d 3paj-d 2i4t-d 3ut6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (5) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (5)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#167 - 2013年11月
SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR

B: PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR

ヘテロ分子

72.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.670, 91.410, 119.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	463 - 639
2	1	1	6	B	463 - 639
1	1	2	6	A	315 - 442
2	1	2	6	B	315 - 442

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR / PEX5P / PEROXISOME RECEPTOR 1 / PEROXISOMAL C-TERMINAL TARGETING SIGNAL IMPORT RECEPTOR / PTS1-BP / ...PEX5P / PEROXISOME RECEPTOR 1 / PEROXISOMAL C-TERMINAL TARGETING SIGNAL IMPORT RECEPTOR / PTS1-BP / PEROXIN-5 / PTS1 RECEPTOR 分子量: 36128.691 Da / 分子数: 2 / 断片: TPR DOMAIN, RESIDUES 278-602 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET24D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P50542
#2: 化合物	ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.53 %
結晶化	pH: 8.75 詳細: 23% (W/V) PEG 3350, 100 MM TRIS-HCL (PH 8.75) AND 10 MM SRCL2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.801
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→20 Å / Num. obs: 16659 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2.65→2.8 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C0M

2c0m

解像度: 2.65→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / SU B: 38.008 / SU ML: 0.372 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.439 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3	834	5 %	RANDOM
R_work	0.241	-	-	-
obs	0.244	15824	93.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4445	0	2	18	4465

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	4530
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3042
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.876	1.972	6146
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.81	3	7395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.225	5	566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.909	24.227	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.283	15	759
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.863	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	688
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	5102
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	914
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.16	0.2	3284
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	2237
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	2424
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.155	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.132	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.111	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.261	2	2833
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.481	3	4508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.598	4	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.946	5	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	2184	loose positional	0.98	5
2	1201	loose positional	1.84	5
1	2184	loose thermal	0.82	10
2	1201	loose thermal	1.06	10

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.359	60
R_work	0.3	1149

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.3866	9.1001	-6.2684	12.8058	-8.4116	12.1185	-0.4791	0.8029	0.2584	-1.0116	0.5841	0.9564	0.0649	-1.3874	-0.105	-0.0782	0.1715	-0.1095	-0.0344	-0.0908	0.2646	2.5183	9.0596	-6.2654
2	7.8593	-1.3603	0.332	5.3008	3.1177	2.0043	-0.4346	-0.2379	-0.9848	1.7172	0.0342	1.3588	0.8313	-0.7936	0.4004	0.1874	-0.0205	0.2358	0.3103	0.0635	0.3022	1.0937	-0.7531	5.0259
3	8.9609	-2.4243	2.2945	9.3023	-1.1561	3.7771	-0.3999	-0.3878	-0.0452	0.1615	0.1621	0.5444	0.1021	-0.3004	0.2378	-0.0604	0.1107	0.0309	-0.1051	0.0022	-0.2146	9.1637	7.0397	-0.8122
4	7.8197	-3.4415	3.4495	1.806	-1.0577	2.2491	0.0197	-0.2162	0.5873	-0.0592	-0.0732	-0.1413	-0.6352	0.0466	0.0535	0.0481	-0.0412	-0.0014	-0.1107	0.0065	-0.1382	23.6896	11.8316	-1.5809
5	1.8207	2.0412	-1.0605	9.3436	0.5031	2.1127	-0.3187	0.1275	0.1935	-0.24	-0.0173	-0.4499	-0.5644	0.3362	0.336	-0.2058	-0.048	-0.064	-0.1555	0.0107	-0.0984	33.3456	3.1571	-0.8784
6	5.3469	1.3401	-1.9896	3.7885	0.3012	8.7903	0.0919	0.2955	-0.6149	-0.0182	-0.141	-0.2632	0.0861	0.0268	0.0491	-0.3603	0.0253	-0.0334	-0.2728	-0.0263	-0.1677	24.7126	-12.65	-1.6961
7	7.804	2.4278	-1.0926	5.6179	3.2116	10.5684	-0.2217	-0.0784	0.0459	0.3848	-0.0297	0.3318	-0.0849	-0.2155	0.2514	-0.3159	0.0549	-0.0551	-0.3367	0.0231	-0.2258	13.8599	-18.9727	-6.9979
8	3.7098	0.9247	1.1403	4.0401	-3.8917	7.6914	-0.0514	0.004	0.2091	-0.4069	0.0749	0.3679	0.0424	-0.2872	-0.0236	-0.3258	-0.0345	-0.0194	-0.2323	0.0163	-0.1229	8.0386	-23.5772	-14.097
9	2.607	-2.0158	-0.3566	21.3229	3.572	2.1855	0.5935	0.0862	0.5053	0.6436	0.2332	-1.0423	-0.2779	1.129	-0.8267	0.4243	-0.0267	0.111	0.6872	-0.1084	0.2127	-14.2965	-13.1693	-30.4484
10	7.3816	2.9834	4.7209	2.503	2.1579	5.5877	-0.5206	-0.2676	0.2657	0.1651	0.044	0.0465	-0.3678	-0.103	0.4767	0.0326	0.0034	-0.1171	-0.1804	-0.0337	-0.1259	-6.9455	-30.001	-31.8741
11	6.5887	7.6513	4.1037	11.1238	1.1494	8.3972	-0.9826	0.9265	0.9771	-1.6864	0.7512	0.849	-0.5222	0.008	0.2314	0.0335	-0.1662	-0.1267	0.0614	0.1113	-0.0798	10.1983	-13.425	-33.039
12	11.2694	2.3296	1.3864	8.2857	-0.2845	7.8425	-0.3204	-0.2395	1.0039	-0.2367	-0.0207	1.197	-0.7666	-0.0038	0.3411	-0.0448	-0.0525	-0.0862	-0.2023	0.0125	0.0187	18.1786	-4.6768	-22.7243

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	312 - 335
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	336 - 366
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	367 - 399
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	400 - 442
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	466 - 519
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1640
7	X-RAY DIFFRACTION	6	A	520 - 553
8	X-RAY DIFFRACTION	7	A	554 - 591
9	X-RAY DIFFRACTION	8	A	597 - 639
10	X-RAY DIFFRACTION	9	B	353 - 442
11	X-RAY DIFFRACTION	10	B	461 - 519
12	X-RAY DIFFRACTION	10	B	1640
13	X-RAY DIFFRACTION	11	B	520 - 593
14	X-RAY DIFFRACTION	12	B	594 - 639

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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