PDB-2j85: B116 of Sulfolobus turreted icosahedral virus (STIV)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j85

タイトル

B116 of Sulfolobus turreted icosahedral virus (STIV)

要素

STIV B116

キーワード

VIRAL PROTEIN / ARCHAEAL VIRUS / CRENARCHAEAL VIRUS / B116 / STIV / ARCHAEA / SULFOLOBUS / CRENARCHAEA / SULFOLOBUS TURRETED ICOSAHEDRAL VIRUS / HYPOTHETICAL PROTEIN

機能・相同性

Uncharacterised protein PF08960, DUF1874 / STIV B116-like / STIV B116-like superfamily / STIV B116-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

SULFOLOBUS TURRETED ICOSAHEDRAL VIRUS (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Larson, E.T. / Reiter, D. / Young, M.J. / Lawrence, C.M.

引用

ジャーナル: Virology / 年: 2007
タイトル: A New DNA Binding Protein Highly Conserved in Diverse Crenarchaeal Viruses
著者: Larson, E.T. / Eilers, B.J. / Reiter, D. / Ortmann, A.C. / Young, M.J. / Lawrence, C.M.

履歴

登録	2006年10月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2006年11月2日	ID: 2BLK
改定 1.0	2006年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j85.cif.gz	60.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j85.ent.gz	46.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j85.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2j85_validation.pdf.gz	425.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j85_full_validation.pdf.gz	427.3 KB	表示
XML形式データ	2j85_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	2j85_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/2j85 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/2j85	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2x4i-2 3d1b-1 3ffu-d 2zvb-d 3s8i-d 2iee-1 2zvc-d 6b15-3 1p28-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: STIV B116

B: STIV B116

28.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.573, 83.317, 89.501
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	STIV B116 分子量: 14409.745 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SULFOLOBUS TURRETED ICOSAHEDRAL VIRUS (ウイルス) 株: ISOLATE YNPRC179 解説: STIV WAS ISOLATED FROM SULFOLOBUS SPECIES IN ACIDIC HOT SPRINGS (PH 2.9-3.9, 72-92 DEGREES C) IN THE RABBIT CREEK THERMAL AREA WITHIN MIDWAY GEYSER BASIN INYELLOWSTONE NATIONAL PARK (RICE, ET ...解説: STIV WAS ISOLATED FROM SULFOLOBUS SPECIES IN ACIDIC HOT SPRINGS (PH 2.9-3.9, 72-92 DEGREES C) IN THE RABBIT CREEK THERMAL AREA WITHIN MIDWAY GEYSER BASIN INYELLOWSTONE NATIONAL PARK (RICE, ET AL. PNAS. MAY 18, 2004 VOL. 101 NO. 20. PP. 7716-7720.) プラスミド: PEXP14-STIVB116 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q6Q0K9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	C-TERMINUS 6XHIS TAG WAS ADDED DURING CLONING.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.4 % 解説: DATA WERE COLLECTED DURING RAPIDATA 2004 COURSE AT NSLS.
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 6.5 MG/ML PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION IN 0.1 M TRIS-HCL (PH 8.0), 1.95 M NH4H2PO4 AT 17 DEGREES C.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.97946
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月27日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 14911 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.39→29.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 12.526 / SU ML: 0.152 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS GROUP SELECTIONS WERE MADE WITH THE AID OF TLS MOTION DETERMINATION SERVER. PAINTER AND MERRITT. 2005. ACTA CRYST D61, 465-471. CHAIN A ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	758	5.1 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
obs	0.21	14067	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.61 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→29.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1878	0	0	72	1950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.352	1.971	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.83	3.003	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.26	5	231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.727	25.934	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.992	15	385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.28	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	297
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2067
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	347
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	327
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	877
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.356	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.181	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.12	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.052	1.5	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.393	2	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.048	3	796
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.142	4.5	689
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.39→2.45 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.222	53
R_work	0.225	982

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0645	0.6462	-1.1532	0.6221	-1.6618	5.274	0.0259	-0.0523	-0.0268	0.1357	-0.0559	-0.021	-0.0551	0.2287	0.0301	0.1521	0.0171	-0.0162	0.1166	0.0334	0.1131	43.4436	43.698	19.5156
2	1.8821	-0.5503	-0.4512	3.6822	-0.8629	4.6721	-0.0507	-0.0586	-0.1298	0.0593	-0.3673	-0.4433	0.3501	0.9069	0.418	0.0168	0.06	0.0156	0.1901	0.0981	0.0879	54.4297	42.2972	14.5873
3	3.7134	-1.2461	-2.9851	28.2425	10.9742	8.1877	-0.1728	-0.2836	-0.0369	1.1242	0.2402	-0.0146	0.3958	0.1512	-0.0674	0.1973	0.0085	-0.0297	0.2231	0.0571	0.111	44.6821	43.6076	20.7553
4	5.3062	3.2905	-1.9613	5.0497	0.3417	2.5238	-0.1194	-0.0242	-0.7506	-0.7104	-0.3786	-0.2287	1.1917	0.6278	0.498	0.362	0.2696	0.0396	0.0079	0.006	0.205	50.4232	26.7003	9.0048
5	3.4407	0.5665	-1.1379	4.0228	-2.1383	5.2833	-0.124	-0.1996	-0.0519	-0.2089	0.2051	0.1112	0.3518	-0.1809	-0.0811	0.1885	-0.029	-0.0075	0.1994	0.0864	0.1243	39.9433	39.842	18.7345
6	0.1772	0.2947	-0.9021	1.4376	-2.1045	4.978	-0.0141	0.2086	-0.0061	-0.2076	0.1584	0.0405	0.2491	-0.2522	-0.1443	0.1208	0.001	-0.0061	0.1641	0.0262	0.0946	35.5398	33.4977	29.3291
7	2.2652	0.4223	0.4352	2.4614	0.6241	2.915	0.0901	-0.1019	0.0871	0.1475	-0.0216	-0.0827	-0.0962	-0.0122	-0.0684	0.1267	0.0198	0.0215	0.1321	-0.0058	0.1121	34.7334	33.4679	45.8828
8	3.2484	-0.4215	2.1571	2.326	-1.0555	3.3763	0.0453	0.1443	-0.0708	-0.1397	0.0077	0.0731	0.107	-0.0212	-0.053	0.1255	0.001	0.0212	0.1441	-0.006	0.12	39.9596	25.8242	40.0193
9	46.4548	-11.3096	-6.5821	21.7375	-3.9332	17.341	0.1056	1.7427	-1.082	-0.3186	-0.978	-0.6586	0.5869	0.8983	0.8724	0.1492	-0.0096	-0.0129	0.1576	0.0399	0.1552	53.4896	31.8119	39.0161
10	2.7304	-2.2528	1.481	2.7043	-1.5055	2.1882	-0.1436	-0.179	0.2781	0.2923	0.099	-0.262	-0.2514	0.062	0.0446	0.1503	-0.0131	0.0073	0.0923	-0.0006	0.1382	48.8939	34.1595	45.5519

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	41 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	76 - 86
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	87 - 108
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	109 - 119
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 24
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	25 - 46
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	47 - 84
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	85 - 89
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	90 - 118

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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