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- PDB-2j7z: Crystal Structure of recombinant Human Stromal Cell-Derived Facto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j7z
タイトルCrystal Structure of recombinant Human Stromal Cell-Derived Factor- 1alpha
要素STROMAL CELL-DERIVED FACTOR 1 ALPHA
キーワードGROWTH FACTOR / ALTERNATIVE SPLICING / CXCR4 / CYTOKINE / REFOLDING / CHEMOTAXIS / SDF-1ALPHA
機能・相同性
機能・相同性情報


chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / regulation of actin polymerization or depolymerization / telencephalon cell migration / chemokine receptor binding / response to ultrasound / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of vasculature development ...chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / regulation of actin polymerization or depolymerization / telencephalon cell migration / chemokine receptor binding / response to ultrasound / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of vasculature development / positive regulation of dopamine secretion / Signaling by ROBO receptors / induction of positive chemotaxis / integrin activation / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to chemokine / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte chemotaxis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / blood circulation / positive regulation of calcium ion import / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / animal organ regeneration / positive regulation of T cell migration / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of neuron differentiation / axon guidance / adult locomotory behavior / cell chemotaxis / growth factor activity / defense response / response to virus / response to peptide hormone / intracellular calcium ion homeostasis / neuron migration / chemotaxis / integrin binding / : / G alpha (i) signalling events / Estrogen-dependent gene expression / response to hypoxia / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stromal cell-derived factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Ryu, E.K. / Kim, T.G. / Kwon, T.H. / Jung, I.D. / Ryu, D.W. / Park, Y.-M. / Ahn, K. / Ban, C.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Recombinant Human Stromal Cell-Derived Factor-1Alpha.
著者: Ryu, E.K. / Kim, T.G. / Kwon, T.H. / Jung, I.D. / Ryu, D. / Park, Y. / Kim, J. / Ahn, K.H. / Ban, C.
履歴
登録2006年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STROMAL CELL-DERIVED FACTOR 1 ALPHA
B: STROMAL CELL-DERIVED FACTOR 1 ALPHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9572
ポリマ－15,9572
非ポリマー00
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)35.215, 56.675, 71.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 STROMAL CELL-DERIVED FACTOR 1 ALPHA / SDF-1 / CXCL12 / PRE-B CELL GROWTH-STIMULATING FACTOR / PBSF


分子量: 7978.460 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 22-89 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P48061
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.08 %

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 15982 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 14.3 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QG7

1qg7


解像度: 1.95→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 1068 9.8 %
Rwork0.2133 --
obs0.2133 10504 96.1 %
溶媒の処理Bsol: 61.9145 Å2 / ksol: 0.391864 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.099 Å20 Å20 Å2
2--1.519 Å20 Å2
3---5.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1118 0 0 99 1217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d1.65
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.74
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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