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- PDB-2j76: Solution structure and RNA interactions of the RNA recognition mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j76
タイトルSolution structure and RNA interactions of the RNA recognition motif from eukaryotic translation initiation factor 4B
要素EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4B
キーワードTRANSLATION / PROTEIN BIOSYNTHESIS / RNA RECOGNITION MOTIF / INITIATION FACTOR / RNA BINDING DOMAIN / RRM / RBD / RNP / RNA-BINDING / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 4F complex assembly / RNA strand-exchange activity / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / RNA strand annealing activity / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / formation of translation preinitiation complex / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulation of translational initiation ...eukaryotic translation initiation factor 4F complex assembly / RNA strand-exchange activity / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / RNA strand annealing activity / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / formation of translation preinitiation complex / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulation of translational initiation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / mTORC1-mediated signalling / ribosomal small subunit binding / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation initiation factor activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 4B / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 4B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE
データ登録者Fleming, K. / Ghuman, J. / Yuan, X.M. / Simpson, P. / Szendroi, A. / Matthews, S. / Curry, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Solution Structure and RNA Interactions of the RNA Recognition Motif from Eukaryotic Translation Initiation Factor 4B.
著者: Fleming, K. / Ghuman, J. / Yuan, X.M. / Simpson, P. / Szendroi, A. / Matthews, S. / Curry, S.
履歴
登録2006年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Other
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4581
ポリマ－11,4581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4B / EIF-4B / EIF4B


分子量: 11457.733 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM, RESIDUES 87-176 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P23588

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

試料状態温度: 310.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1
開発者: BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN
分類: 精密化
精密化ソフトェア番号: 1 / 詳細: REFINED WITH RDC MEASUREMENTS
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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