PDB-2j6k: N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j6k

タイトル

N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG)

要素

CD2-ASSOCIATED PROTEIN

キーワード

PROTEIN BINDING / PHOSPHORYLATION / ADAPTOR PROTEIN / EGFR DOWNREGULATION / SH3 / SH3 DOMAIN / SH3-BINDING / CD2 ASSOCIATED PROTEIN / CYTOSKELETAL REARRANGEMENTS / SURFACE ACTIVE PROTEIN / SIGNALING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

response to glial cell derived neurotrophic factor / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / transforming growth factor beta1 production / localization of cell / Rab protein signal transduction / negative regulation of transforming growth factor beta1 production / slit diaphragm / response to transforming growth factor beta / podocyte differentiation / immunological synapse formation ...response to glial cell derived neurotrophic factor / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / transforming growth factor beta1 production / localization of cell / Rab protein signal transduction / negative regulation of transforming growth factor beta1 production / slit diaphragm / response to transforming growth factor beta / podocyte differentiation / immunological synapse formation / endothelium development / nerve growth factor signaling pathway / cell-cell adhesion mediated by cadherin / collateral sprouting / protein heterooligomerization / renal albumin absorption / substrate-dependent cell migration, cell extension / membrane organization / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / cell-cell junction organization / filopodium assembly / podosome / Nephrin family interactions / clathrin binding / maintenance of blood-brain barrier / nuclear envelope lumen / cell leading edge / glucose import / filamentous actin / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / centriolar satellite / protein secretion / lymph node development / adipose tissue development / stress-activated MAPK cascade / ruffle / ERK1 and ERK2 cascade / actin filament polymerization / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / trans-Golgi network membrane / liver development / positive regulation of protein secretion / regulation of actin cytoskeleton organization / actin filament organization / synapse organization / protein catabolic process / response to virus / regulation of synaptic plasticity / response to insulin / neuromuscular junction / lipid metabolic process / structural constituent of cytoskeleton / fibrillar center / response to wounding / SH3 domain binding / positive regulation of protein localization to nucleus / male gonad development / actin filament binding / cell migration / actin cytoskeleton / late endosome / T cell receptor signaling pathway / growth cone / protein-containing complex assembly / vesicle / response to oxidative stress / negative regulation of neuron apoptotic process / cell population proliferation / cadherin binding / inflammatory response / cell cycle / cell division / axon / apoptotic process / dendrite / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 / OTHER / 解像度: 2.77 Å

データ登録者

Moncalian, G. / Cardenes, N. / Deribe, Y.L. / Spinola-Amilibia, M. / Dikic, I. / Bravo, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Atypical Polyproline Recognition by the Cms N- Terminal SH3 Domain.
著者: Moncalian, G. / Cardenes, N. / Deribe, Y.L. / Spinola-Amilibia, M. / Dikic, I. / Bravo, J.

履歴

登録	2006年9月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年7月5日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j6k.cif.gz	149.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j6k.ent.gz	122 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j6k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2j6k_validation.pdf.gz	499.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j6k_full_validation.pdf.gz	509.9 KB	表示
XML形式データ	2j6k_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	2j6k_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/2j6k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/2j6k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j6fC 2j6oC 2j7iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jm9-d 4rqm-2 6kg9-d 4ull-d 6s9y-3 6b29-3 1qkw-d 2ll4-d 2hy9-d 3m0q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

B: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

C: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

D: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

E: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

F: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

G: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

H: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

I: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

J: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

K: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

L: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

ヘテロ分子

89 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

9

I: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

10

J: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

11

K: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

12

L: CD2-ASSOCIATED PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.018, 120.018, 153.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1059- NA
2	1	I-1059- NA
3	1	I-2004- HOH
4	1	J-2011- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	E
4	1	F
5	1	K
6	1	L
1	2	C
2	2	D
3	2	G
4	2	H
5	2	I
6	2	J

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	1 - 60
2	1	1	3	B	1 - 60
3	1	1	3	E	1 - 60
4	1	1	3	F	1 - 60
5	1	1	3	K	1 - 60
6	1	1	3	L	1 - 60
1	1	2	3	C	1 - 60
2	1	2	3	D	1 - 60
3	1	2	3	G	1 - 60
4	1	2	3	H	1 - 60
5	1	2	3	I	1 - 60
6	1	2	3	J	1 - 60

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	CD2-ASSOCIATED PROTEIN / CAS LIGAND WITH MULTIPLE SH3 DOMAINS / ADAPTER PROTEIN CMS 分子量: 7412.285 Da / 分子数: 12 / 断片: SH3, RESIDUES 1-62 / 由来タイプ: 組換発現詳細: N-TERMINAL SH3 DOMAIN (SH3A) OF CD2- ASSOCIATED PROTEIN (CD2AP) OR CAS LIGAND WITH MULTIPLE SRC HOMOLOGY 3 DOMAINS (CMS) 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA (DE3) PLYS / 参照: UniProt: Q9Y5K6
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化	pH: 6.1 詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 130 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月30日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.76→47.3 Å / Num. obs: 27491 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.47 % / B_iso Wilson estimate: 62.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.98
反射シェル	解像度: 2.76→2.79 Å / 冗長度: 3.26 % / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / % possible all: 81

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
TRUNCATE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.77→94.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.853 / SU B: 28.857 / SU ML: 0.277 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.887 / ESU R Free: 0.367 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.274	1385	5.08 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
obs	0.211	27491	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.468 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.468 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.935 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.77→94.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5712	0	2	95	5809

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	5894
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.465	1.955	7948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.473	5	695
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.808	24.889	360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.522	15	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.133	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	828
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4589
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.324	0.2	3900
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	205
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.205	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.312	1.5	3396
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.733	2	5496
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.629	3	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.719	4.5	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	223	tight positional	0.08	0.05
1	2	B	223	tight positional	0.07	0.05
1	3	E	223	tight positional	0.06	0.05
1	4	F	223	tight positional	0.05	0.05
1	5	K	223	tight positional	0.05	0.05
1	6	L	223	tight positional	0.05	0.05
2	1	C	221	tight positional	0.06	0.05
2	2	D	221	tight positional	0.07	0.05
2	3	G	221	tight positional	0.06	0.05
2	4	H	221	tight positional	0.06	0.05
2	5	I	221	tight positional	0.06	0.05
2	6	J	221	tight positional	0.06	0.05
1	1	A	223	loose positional	0.63	5
1	2	B	223	loose positional	0.43	5
1	3	E	223	loose positional	0.41	5
1	4	F	223	loose positional	0.42	5
1	5	K	223	loose positional	0.38	5
1	6	L	223	loose positional	0.46	5
2	1	C	213	loose positional	0.6	5
2	2	D	213	loose positional	0.5	5
2	3	G	213	loose positional	0.81	5
2	4	H	213	loose positional	0.37	5
2	5	I	213	loose positional	0.47	5
2	6	J	213	loose positional	0.49	5
1	1	A	223	tight thermal	0.12	0.5
1	2	B	223	tight thermal	0.09	0.5
1	3	E	223	tight thermal	0.1	0.5
1	4	F	223	tight thermal	0.09	0.5
1	5	K	223	tight thermal	0.09	0.5
1	6	L	223	tight thermal	0.08	0.5
2	1	C	221	tight thermal	0.11	0.5
2	2	D	221	tight thermal	0.1	0.5
2	3	G	221	tight thermal	0.08	0.5
2	4	H	221	tight thermal	0.09	0.5
2	5	I	221	tight thermal	0.08	0.5
2	6	J	221	tight thermal	0.09	0.5
1	1	A	223	loose thermal	2.1	10
1	2	B	223	loose thermal	2.16	10
1	3	E	223	loose thermal	1.6	10
1	4	F	223	loose thermal	2.01	10
1	5	K	223	loose thermal	2.27	10
1	6	L	223	loose thermal	1.61	10
2	1	C	213	loose thermal	2.09	10
2	2	D	213	loose thermal	1.86	10
2	3	G	213	loose thermal	1.74	10
2	4	H	213	loose thermal	1.93	10
2	5	I	213	loose thermal	1.64	10
2	6	J	213	loose thermal	1.89	10

LS精密化シェル

解像度: 12.31→94.49 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.465	17
R_work	0.402	308

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2103	-0.37	-2.4187	2.6966	-0.4828	4.8675	-0.143	-0.3273	-0.1286	0.2082	0.1006	-0.0957	0.2231	0.0257	0.0424	-0.1621	0.0072	-0.0188	-0.1949	0.0088	-0.1651	48.5971	48.3474	1.1372
2	4.3326	-0.4857	0.094	5.5161	1.3375	6.9256	-0.1197	0.3366	-0.0573	-0.3584	0.0734	0.0269	0.0711	-0.4821	0.0462	-0.1673	-0.0262	-0.0156	-0.1031	-0.0377	-0.179	48.0745	48.4468	-23.4999
3	4.2715	0.2461	0.2389	9.0289	1.3874	6.7386	-0.1843	0.3572	-0.0097	0.0268	0.0437	-0.4319	0.2403	0.3852	0.1406	-0.1603	0.0404	0.0225	-0.1049	-0.0105	-0.1422	-23.9334	18.9935	9.0316
4	2.2137	-0.1372	0.3375	7.074	-0.4844	4.1734	-0.0084	0.1711	-0.2286	-0.2639	-0.0938	0.3349	0.2671	-0.4783	0.1022	-0.1586	-0.0273	-0.0113	-0.1264	0.0115	-0.1354	-45.8755	29.8072	8.0248
5	7.1933	0.1181	1.7167	7.0892	-5.131	8.7844	0.0771	-0.1584	-0.0277	0.1553	0.0565	0.4973	0.0858	-0.6952	-0.1335	-0.0935	-0.0331	0.0315	-0.1085	-0.0312	-0.1882	22.3238	17.2553	-47.3331
6	3.5305	-1.0064	0.5348	6.3547	-0.7566	6.2017	0.0849	-0.0709	0.024	0.2423	-0.1529	0.0596	-0.4015	0.2552	0.0679	-0.1038	-0.0489	0.0034	-0.132	-0.0447	-0.172	33.1061	39.308	-46.3563
7	8.6881	0.7415	-3.1904	7.7932	0.6001	8.6217	0.417	0.0436	0.8881	-0.1668	-0.0139	0.2966	-0.6049	-0.0592	-0.4032	-0.1706	0.0589	0.0718	-0.1385	0.0898	0.1901	10.772	56.0852	16.7467
8	7.607	1.0317	-0.7544	4.8324	0.6285	7.5681	-0.1744	0.2907	-0.1423	-0.3849	0.2411	0.3779	0.3236	-0.109	-0.0667	-0.1338	-0.0388	-0.0439	-0.0918	0.0456	-0.1092	-0.3896	34.0708	17.4207
9	7.1697	0.7622	-0.2422	6.4623	0.4609	5.7176	0.2471	-0.3908	0.1096	0.3812	-0.1459	0.2715	-0.2583	-0.1234	-0.1012	-0.0635	-0.0092	-0.0037	-0.1397	-0.0502	-0.147	0.9562	16.2892	-5.2966
10	10.0258	-0.518	0.9257	4.0359	0.5151	5.7009	0.062	0.0171	0.2123	-0.0953	-0.1324	-0.1446	-0.3601	-0.0296	0.0705	-0.0786	0.0188	-0.052	-0.2156	-0.0161	-0.1729	0.9354	16.2242	-29.6519
11	7.4384	0.9199	2.1644	7.9443	0.3552	2.9672	-0.071	-0.4332	-0.4669	0.4874	0.1492	-0.0251	0.2596	0.0313	-0.0783	-0.0861	0.0642	0.0478	-0.1002	0.0396	-0.1263	29.4834	67.1593	-38.012
12	6.0553	1.0921	1.759	12.1591	2.9317	5.0656	-0.1942	-0.7355	0.3145	0.6882	-0.1608	1.4356	-0.2129	-0.5423	0.3549	0.0281	0.0665	0.1911	0.0972	0.042	0.1521	7.5225	78.2947	-38.5514

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 58
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 58
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 58
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 58
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 58
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 58
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 58
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	2 - 58
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	2 - 58
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	2 - 58
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	2 - 58

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)