PDB-2j6c: crystal structure of AFV3-109, a highly conserved protein from cr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j6c

タイトル

crystal structure of AFV3-109, a highly conserved protein from crenarchaeal viruses

要素

AFV3-109

キーワード

VIRAL PROTEIN / VIRUS / ACIDIANUS / SULFOLOBUS / CRENARCHAEA

機能・相同性

Uncharacterised protein PF08960, DUF1874 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

ACIDIANUS FILAMENTOUS VIRUS 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Keller, J. / Leulliot, N. / Cambillau, C. / Campanacci, V. / Porciero, S. / Prangishvili, D. / Cortez, D. / Quevillon-Cheruel, S. / Van Tilbeurgh, H.

引用

ジャーナル: Virol J. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Afv3-109, a Highly Conserved Protein from Crenarchaeal Viruses.
著者: Keller, J. / Leulliot, N. / Cambillau, C. / Campanacci, V. / Porciero, S. / Prangishvili, D. / Forterre, P. / Cortez, D. / Quevillon-Cheruel, S. / Van Tilbeurgh, H.

履歴

登録	2006年9月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j6c.cif.gz	61.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j6c.ent.gz	45.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j6c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2j6c_validation.pdf.gz	438.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j6c_full_validation.pdf.gz	440 KB	表示
XML形式データ	2j6c_validation.xml.gz	8.9 KB	表示
CIF形式データ	2j6c_validation.cif.gz	12 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/2j6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/2j6c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j6bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xif-d 3pwq-5 6xqf-d 4f21-2 6l63-1 4myk-d 1mve-d 3zcg-d 1v0h-d 2ghh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AFV3-109

ヘテロ分子

12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AFV3-109

ヘテロ分子

A: AFV3-109

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.770, 83.528, 33.989
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2006- HOH
2	1	A-2014- HOH

#1: タンパク質	AFV3-109 分子量: 12337.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ACIDIANUS FILAMENTOUS VIRUS 1 (ウイルス) 株: 3 / プラスミド: PET9 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	pH: 8 / 詳細: 25% PEG 4000, 0.1M NAAC, 0.1M TRIS-HCL PH 8.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 16423 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 59 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.02 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 79.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→58.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 2.57 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	1211	5.1 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
obs	0.186	22711	81.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.75 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→58.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	866	0	6	173	1045

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	884
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	602
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.391	1.994	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.818	3	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.954	5	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.471	25.714	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.681	15	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	2.669	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	934
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.265	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	622
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	434
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.101	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.232	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.141	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.499	1.5	702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.717	2	883
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.077	3	389
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.058	4.5	310
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.33 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.4	53
R_work	0.352	991

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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