PDB-2j6b: crystal structure of AFV3-109, a highly conserved protein from cr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j6b

タイトル

crystal structure of AFV3-109, a highly conserved protein from crenarchaeal viruses

要素

AFV3-109

キーワード

VIRAL PROTEIN / SULFOLOBUS / ACIDIANUS / VIRUS / CRENARCHAEA

機能・相同性

Uncharacterised protein PF08960, DUF1874 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

ACIDIANUS FILAMENTOUS VIRUS 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Keller, J. / Leulliot, N. / Cambillau, C. / Campanacci, V. / Porciero, S. / Prangishvili, D. / Cortez, D. / Quevillon-Cheruel, S. / Van Tilbeurgh, H.

引用

ジャーナル: Virol J. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Afv3-109, a Highly Conserved Protein from Crenarchaeal Viruses.
著者: Keller, J. / Leulliot, N. / Cambillau, C. / Campanacci, V. / Porciero, S. / Prangishvili, D. / Forterre, P. / Cortez, D. / Quevillon-Cheruel, S. / Van Tilbeurgh, H.

履歴

登録	2006年9月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j6b.cif.gz	67 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j6b.ent.gz	50.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j6b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2j6b_validation.pdf.gz	419.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j6b_full_validation.pdf.gz	421.1 KB	表示
XML形式データ	2j6b_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	2j6b_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/2j6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/2j6b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j6cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2j6c-1 1h9p-d 2aie-d 1lob-5 4qbg-d 3o0x-2 1g3r-d 6lbm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AFV3-109

12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AFV3-109

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.564, 77.564, 37.303
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2037- HOH
2	1	A-2103- HOH

#1: タンパク質	AFV3-109 分子量: 12337.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ACIDIANUS FILAMENTOUS VIRUS 1 (ウイルス) 株: 3 / プラスミド: PET9 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化	pH: 4 / 詳細: 30% PEG4000, 0.2M NAAC, PH 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→20 Å / Num. obs: 31813 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.9 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.3→67.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 1.505 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.192	1610	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16	-	-	-
obs	0.161	30242	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.22 Å²	0.11 Å²	0 Å²
2-	-	0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→67.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	866	0	0	305	1171

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	888
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	601
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.42	1.99	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.813	3	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.059	5	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.544	25.714	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.668	15	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	3.554	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	948
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	154
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	627
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	423
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	481
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	252
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.191	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.269	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.143	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.302	1.5	728
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.414	2	895
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.61	3	385
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.4	4.5	307
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.33 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.233	121
R_work	0.219	2191

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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