PDB-2j69: Bacterial dynamin-like protein BDLP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j69

タイトル

Bacterial dynamin-like protein BDLP

要素

BACTERIAL DYNAMIN-LIKE PROTEIN

キーワード

HYDROLASE / DYNAMIN / FZO / FZL / GTPASE

機能・相同性

機能・相同性情報

dynamin GTPase / mitochondrial fusion / GTPase activity / lipid binding / GTP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

NOSTOC PUNCTIFORME (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Low, H.H. / Lowe, J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: A Bacterial Dynamin-Like Protein
著者: Low, H.H. / Lowe, J.

履歴

登録	2006年9月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j69.cif.gz	508.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j69.ent.gz	425.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j69.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/2j69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/2j69	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j68C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6asv-d 1ijs-d 1zt4-d 4nyj-d 5u0u-d 6d5v-d 6nn3-d 6cuo-d 1qxp-1 5lk7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BACTERIAL DYNAMIN-LIKE PROTEIN

B: BACTERIAL DYNAMIN-LIKE PROTEIN

C: BACTERIAL DYNAMIN-LIKE PROTEIN

D: BACTERIAL DYNAMIN-LIKE PROTEIN

315 kDa, 4 ポリマー
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1

A: BACTERIAL DYNAMIN-LIKE PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: BACTERIAL DYNAMIN-LIKE PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: BACTERIAL DYNAMIN-LIKE PROTEIN

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4

D: BACTERIAL DYNAMIN-LIKE PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	214.289, 218.596, 151.198
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 134.81, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	3 - 695
2	1	1	4	B	3 - 695
3	1	1	4	C	3 - 695
4	1	1	4	D	3 - 695

NCS oper:

ID	Code	Matrix
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(1), (1), (1)
3	given	(1), (1), (1)
4	given	(1), (1), (1)

#1: タンパク質	BACTERIAL DYNAMIN-LIKE PROTEIN 分子量: 78717.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) NOSTOC PUNCTIFORME (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B2IZD3*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 69 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 86547 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 40.373 / SU ML: 0.338 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.334 / ESU R Free: 0.416 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.281	4869	5 %	RANDOM
R_work	0.236	-	-	-
obs	0.238	92114	98.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.67 Å²	0 Å²	-1.19 Å²
2-	-	1.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21500	0	0	0	21500

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	21788
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.208	1.963	29416
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.166	5	2672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.816	24.681	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.288	15	3964
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.715	15	172
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	3292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	16560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	10062
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	14830
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	653
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.196	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.17	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.496	3.5	13617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.874	4	21464
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.621	5	8964
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.068	6.5	7952
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5363 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.13	0.5
2	B	medium positional	0.14	0.5
3	C	medium positional	0.14	0.5
4	D	medium positional	0.13	0.5
1	A	medium thermal	0.13	2
2	B	medium thermal	0.14	2
3	C	medium thermal	0.13	2
4	D	medium thermal	0.14	2

LS精密化シェル

解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.396	381
R_work	0.342	6711

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0156	-0.1002	0.17	1.2014	-0.8727	1.9349	0.1247	0.0566	0.0806	-0.2254	-0.1399	-0.0439	-0.0425	-0.0635	0.0151	-0.0471	0.0879	-0.0353	-0.0849	0.0957	-0.0695	54.6041	20.2934	9.6447
2	0.0078	0.0565	-0.1214	1.1694	-0.867	1.8884	0.1151	-0.0574	-0.0631	0.1971	-0.1407	-0.0453	0.0731	-0.0474	0.0256	-0.0438	-0.0726	0.0262	-0.0739	0.0853	-0.096	54.4163	-21.2635	-9.6555
3	1.9083	-0.8815	0.1864	1.1864	-0.0705	0.0185	0.0189	-0.0631	-0.0351	-0.0515	-0.1423	-0.2299	0.0739	0.057	0.1234	-0.0852	0.0925	-0.0293	-0.077	0.1037	-0.0307	97.8168	-21.2657	52.6642
4	1.8003	-0.8102	-0.1248	1.1397	0.098	0.0109	0.0173	-0.0477	0.0695	-0.0576	-0.1282	0.1947	-0.0464	-0.0524	0.1109	-0.089	0.0832	0.0329	-0.0616	-0.0617	-0.0523	117.093	20.2872	52.7548

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 695
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 695
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 695
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 695

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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