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- PDB-2j5i: Crystal Structure of Hydroxycinnamoyl-CoA Hydratase-Lyase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j5i
タイトルCrystal Structure of Hydroxycinnamoyl-CoA Hydratase-Lyase
要素(P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE) x 3
キーワードLYASE / VANILLIN / ALDOLASE / CROTONASE / HYDRATASE / COENZYME-A
機能・相同性
機能・相同性情報


feruloyl-CoA hydratase/lyase / feruloyl-CoA hydratase/lyase activity
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2850 / : / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2850 / : / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Helix non-globular / Special / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hydroxycinnamoyl-CoA hydratase-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Leonard, P.M. / Brzozowski, A.M. / Lebedev, A. / Marshall, C.M. / Smith, D.J. / Verma, C.S. / Walton, N.J. / Grogan, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: The 1.8 A Resolution Structure of Hydroxycinnamoyl- Coenzyme a Hydratase-Lyase (Hchl) from Pseudomonas Fluorescens, an Enzyme that Catalyses the Transformation of Feruloyl-Coenzyme a to Vanillin.
著者: Leonard, P.M. / Brzozowski, A.M. / Lebedev, A. / Marshall, C.M. / Smith, D.J. / Verma, C.S. / Walton, N.J. / Grogan, G.
履歴
登録2006年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
B: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
C: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
D: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
E: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
F: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
G: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
H: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
I: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
J: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
K: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
L: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)372,50212
ポリマ－372,50212
非ポリマー00
水33,5261861
1
A: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
B: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
C: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
D: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
E: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
F: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,2366
ポリマ－186,2366
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
G: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
H: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
I: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
J: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
K: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
L: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,2676
ポリマ－186,2676
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)154.238, 167.487, 130.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A2 - 249
2114B2 - 249
3114C2 - 249
4114D2 - 249
5114E2 - 249
6114F2 - 249
7114G2 - 249
8114H2 - 249
9114I2 - 249
10114J2 - 249
11114K2 - 249
12114L2 - 249

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要素

#1: タンパク質 P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE / HYDROXYCINNAMOYL-COENZYME-A HYDRATASE-LYASE


分子量: 31012.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌) / 株: AN103 / 解説: INSITUTES OF FOOD RESEARCH, NORWICH U.K. / プラスミド: PFI3009 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O69762, trans-feruloyl-CoA hydratase
#2: タンパク質
P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE / HYDROXYCINNAMOYL-COENZYME-A HYDRATASE-LYASE


分子量: 31044.613 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌) / 株: AN103 / 解説: INSITUTES OF FOOD RESEARCH, NORWICH U.K. / プラスミド: PFI3009 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O69762, trans-feruloyl-CoA hydratase
#3: タンパク質 P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE / HYDROXYCINNAMOYL-COENZYME-A HYDRATASE-LYASE


分子量: 31043.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌) / 株: AN103 / 解説: INSITUTES OF FOOD RESEARCH, NORWICH U.K. / プラスミド: PFI3009 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O69762, trans-feruloyl-CoA hydratase
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1861 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化pH: 5.6
詳細: PEG 20000 11% W/V PEG 550 MME 8% V/V 0.8M NA FORMATE BUTANE-1,4-DIOL 0,2% V/V 0.05M MES PH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 308927 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UIY

1uiy


解像度: 1.8→111.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 15557 5.1 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 292487 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.09 Å20 Å20 Å2
2--2.38 Å20 Å2
3----1.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→111.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23260 0 0 1861 25121
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02223227
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6391.96431502
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8652980
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.49523.994984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.55153987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.87815168
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.23510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.212012
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.216201
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.21836
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9671.514673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.634223433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.92438554
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5984.58050
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1716 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.240.5
2Bmedium positional0.240.5
3Cmedium positional0.220.5
4Dmedium positional0.260.5
5Emedium positional0.250.5
6Fmedium positional0.240.5
7Gmedium positional0.230.5
8Hmedium positional0.190.5
9Imedium positional0.190.5
10Jmedium positional0.190.5
11Kmedium positional0.190.5
12Lmedium positional0.230.5
1Amedium thermal1.852
2Bmedium thermal2.12
3Cmedium thermal1.792
4Dmedium thermal1.662
5Emedium thermal1.372
6Fmedium thermal1.912
7Gmedium thermal2.692
8Hmedium thermal1.52
9Imedium thermal1.82
10Jmedium thermal1.32
11Kmedium thermal1.272
12Lmedium thermal1.572
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.28 1165
Rwork0.229 20775

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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