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- PDB-2j5d: NMR structure of BNIP3 transmembrane domain in lipid bicelles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j5d
タイトルNMR structure of BNIP3 transmembrane domain in lipid bicelles
要素BCL2/ADENOVIRUS E1B 19 KDA PROTEIN-INTERACTING PROTEIN 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MITOCHONDRION / TRANSMEMBRANE / TRANSMEMBRANE DOMAIN / BCL-2 / BNIP3 / MEMBRANE / HOMODIMER / APOPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of membrane potential / negative regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / cellular response to cobalt ion / mitochondrial outer membrane permeabilization / response to oxygen-glucose deprivation / autophagic cell death / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / negative regulation of mitochondrial fusion / positive regulation of autophagy of mitochondrion ...negative regulation of membrane potential / negative regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / cellular response to cobalt ion / mitochondrial outer membrane permeabilization / response to oxygen-glucose deprivation / autophagic cell death / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / negative regulation of mitochondrial fusion / positive regulation of autophagy of mitochondrion / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / mitochondrial protein catabolic process / autophagy of mitochondrion / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of protein-containing complex disassembly / negative regulation of programmed cell death / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / regulation of mitochondrial membrane permeability / regulation of aerobic respiration / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / oligodendrocyte differentiation / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of macroautophagy / response to axon injury / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / response to hyperoxia / positive regulation of autophagy / brown fat cell differentiation / cardiac muscle cell apoptotic process / reactive oxygen species metabolic process / mitochondrial membrane / response to bacterium / cerebral cortex development / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to mechanical stimulus / GTPase binding / nuclear envelope / cellular response to hypoxia / neuron apoptotic process / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / postsynaptic density / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / dendrite / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1020 / BNIP3 / BNIP3 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
BCL2/adenovirus E1B 19 kDa protein-interacting protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / TAD
データ登録者Bocharov, E.V. / Pustovalova, Y.E. / Volynsky, P.E. / Maslennikov, I.V. / Goncharuk, M.V. / Ermolyuk, Y.S. / Arseniev, A.S.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2007
タイトル: Unique dimeric structure of BNip3 transmembrane domain suggests membrane permeabilization as a cell death trigger.
著者: Bocharov, E.V. / Pustovalova, Y.E. / Pavlov, K.V. / Volynsky, P.E. / Goncharuk, M.V. / Ermolyuk, Y.S. / Karpunin, D.V. / Schulga, A.A. / Kirpichnikov, M.P. / Efremov, R.G. / Maslennikov, I.V. / Arseniev, A.S.
履歴
登録2006年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42020年1月15日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BCL2/ADENOVIRUS E1B 19 KDA PROTEIN-INTERACTING PROTEIN 3
B: BCL2/ADENOVIRUS E1B 19 KDA PROTEIN-INTERACTING PROTEIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8542
ポリマ－9,8542
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 200THE BEST TARGET FUNCTION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド BCL2/ADENOVIRUS E1B 19 KDA PROTEIN-INTERACTING PROTEIN 3 / BNIP3 TM


分子量: 4926.933 Da / 分子数: 2 / 断片: HOMODIMERIC TRANSMEMBRANE DOMAIN, RESIDUES 146-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: MITOCHONDIONAL PROTEIN FROM BCL-2 FAMILY / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q12983
配列の詳細WE STUDIED BNIP3 FRAGMENT ARG146-SER190 WHICH CONTAINS THE TRANSMEMBRANE SEGMENT WITH ADJACENT REGION

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-HSQC
1213D-15N-EDITED- NOESY
1313D-15N-EDITED-TOCSY
14113C-HSQC
1513D-13C-EDITED- NOESY
1613D (H)CCH-TOCSY
1712D- NOESY
1812D-TOCSY
1912D-ROESY
1101HNCA
1111HN(CO)CA
1121HN(CA)CB
1131CBCA(CO)NH
1141HBHA(CO)NH
11512D-15N- 13C-F1-FILT.-F3-SEPAR.- NOESY-HSQC
11613D-13C-F1-FILT. -F3-SEPAR.-NOESY-HSQC
NMR実験の詳細Text: THE FIRST 12 AND THE LAST 4 STRUCTERES DIFFER IN HIS173 TAUTOMERIC FORM WITH PROTONATED NE OR ND, RESPECTIVELY.

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試料調製

詳細内容: 95% H2O/ 5% D2O
試料状態イオン強度: 20 mM / pH: 5.1 / 圧: 1.0 atm / 温度: 313.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
GROMACSLINDAHL精密化
CYANA構造決定
精密化手法: TAD / ソフトェア番号: 1
詳細: NMR-DERIVED STRUCTURES OF BNIP3 TM DIMERIC WERE RELAXATED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT LIPID DMPC BILAYER USING NMR CONSTRAINTS THERE ARE SLOW CONFORMATIONAL EXCHANGE IN HYDROGEN BOND ...詳細: NMR-DERIVED STRUCTURES OF BNIP3 TM DIMERIC WERE RELAXATED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT LIPID DMPC BILAYER USING NMR CONSTRAINTS THERE ARE SLOW CONFORMATIONAL EXCHANGE IN HYDROGEN BOND NET OF (SER172, HIS173)2 CLUSTER ON THE DIMERIZATION INTERFACE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: THE BEST TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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