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- PDB-2j4w: Structure of a Plasmodium vivax apical membrane antigen 1-Fab F8.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j4w
タイトルStructure of a Plasmodium vivax apical membrane antigen 1-Fab F8.12.19 complex
要素
  • (FAB FRAGMENT OF MONOCLONAL ANTIBODY F8.12.19) x 2
  • APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / IMMUNOGLOBULIN C REGION / MEMBRANE / TRANSMEMBRANE / HYPOTHETICAL PROTEIN / ANTIBODY CROSS-REACTIVITY / SURFACE ACTIVE PROTEIN / MALARIA VACCINE CANDIDATE / APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ighg protein / Ig-like domain-containing protein / Apical membrane antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種PLASMODIUM VIVAX (マラリア 病原虫)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Igonet, S. / Vulliez-Le Normand, B. / Faure, G. / Riottot, M.M. / Kocken, C.H.M. / Thomas, A.W. / Bentley, G.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Cross-Reactivity Studies of an Anti-Plasmodium Vivax Apical Membrane Antigen 1 Monoclonal Antibody: Binding and Structural Characterisation.
著者: Igonet, S. / Vulliez-Le Normand, B. / Faure, G. / Riottot, M.M. / Kocken, C.H.M. / Thomas, A.W. / Bentley, G.A.
履歴
登録2006年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年3月11日Group: Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12020年3月18日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count ..._pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 2.22023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1
H: FAB FRAGMENT OF MONOCLONAL ANTIBODY F8.12.19
L: FAB FRAGMENT OF MONOCLONAL ANTIBODY F8.12.19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,8373
ポリマ－98,8373
非ポリマー00
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area21700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.787, 171.787, 44.748
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1 / PLASMODIUM VIVAX APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1


分子量: 51361.934 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PLASMODIUM VIVAX (マラリア 病原虫)
株: SAL I / プラスミド: PHIL-S1 / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: Q9TY14
#2: 抗体 FAB FRAGMENT OF MONOCLONAL ANTIBODY F8.12.19 / ANTIGEN-BINDING FRAGMENT FAB / HEAVY CHAIN


分子量: 24189.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MONOCLONAL ANTIBODY ISOTYPE IS IGG1, KAPPA / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 参照: UniProt: Q569B4*PLUS
#3: 抗体 FAB FRAGMENT OF MONOCLONAL ANTIBODY F8.12.19 / ANTIGEN-BINDING FRAGMENT FAB / LIGHT CHAIN


分子量: 23285.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MONOCLONAL ANTIBODY ISOTYPE IS IGG1, KAPPA / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 参照: UniProt: Q5XFY8*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, SER 136 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ASN 184 TO ASP ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, SER 136 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ASN 184 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ASN 399 TO GLU
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.63 %
結晶化pH: 4.4
詳細: PVAMA1 AND FAB-F8.12.19 WERE MIXED IN A 1:1 STOICHIOMETRIC RATIO AND LEFT TO INCUBATE FOR 4 HOURS AT ROOM TEMPERATURE TO FORM THE ANTIBODY-ANTIGEN COMPLEX BEFORE MIXING WITH CRYSTALLISATION ...詳細: PVAMA1 AND FAB-F8.12.19 WERE MIXED IN A 1:1 STOICHIOMETRIC RATIO AND LEFT TO INCUBATE FOR 4 HOURS AT ROOM TEMPERATURE TO FORM THE ANTIBODY-ANTIGEN COMPLEX BEFORE MIXING WITH CRYSTALLISATION SCREENING BUFFERS. CRYSTALS USED FOR DIFFRACTION MEASUREMENTS WERE OBTAINED AS FOLLOWS. THE CRYSTALLISATION BUFFER IN THE RESERVOIR COMPRISED 10% PEG 6000 AND 0.1 M SODIUM ACETATE BUFFERED TO PH 4.4. THE CRYSTALLISATION DROP WAS PREPARED BY ADDING 0.8 MICROLITRES OF THE CRYSTALLISATION BUFFER TO 0.8 MICROLITRES OF THE PVAMA1-FAB COMPLEX, GIVING A FINAL PROTEIN CONCENTRATION OF 3.9 MG/ML.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 26533 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.93 / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2IGF, 1W8K

2igf

1w8k


解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 7.612 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FAB LIGHT AND HEAVY CHAINS ARE NUMBERED ACCORDING TO THE KABAT CONVENTION. ANTIGEN RESIDUES D43 TO D420 AND RESIDUES D455 TO D487 ARE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FAB LIGHT AND HEAVY CHAINS ARE NUMBERED ACCORDING TO THE KABAT CONVENTION. ANTIGEN RESIDUES D43 TO D420 AND RESIDUES D455 TO D487 ARE DISSORDERED IN THE CRYSTAL STRUCTURE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1335 5.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.19 24858 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.57 Å2-1.28 Å20 Å2
2---2.57 Å20 Å2
3---3.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3606 0 0 155 3761
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223717
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8931.955063
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4165469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.55823.986148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.32515589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.8521517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022817
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.21515
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.22482
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2330.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.50422406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.62233832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5473.51513
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.50841231
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.391 94
Rwork0.311 1558

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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