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万見
- PDB-2j4t: Biological and Structural Features of Murine Angiogenin-4, an Ang... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j4t
タイトルBiological and Structural Features of Murine Angiogenin-4, an Angiogenic Protein
要素ANGIOGENIN-4
キーワードHYDROLASE / ANGIOGENESIS / ENDONUCLEASE / DIFFERENTIATION / CANCER / NUCLEASE / RIBONUCLEASE / DEVELOPMENTAL PROTEIN / PROTEIN SYNTHESIS INHIBITOR / PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA stabilization / angiogenin-PRI complex / tRNA-specific ribonuclease activity / negative regulation of translation in response to stress / signaling / response to yeast / antifungal humoral response / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / hematopoietic stem cell proliferation ...tRNA stabilization / angiogenin-PRI complex / tRNA-specific ribonuclease activity / negative regulation of translation in response to stress / signaling / response to yeast / antifungal humoral response / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / hematopoietic stem cell proliferation / cellular response to stress / rRNA transcription / basement membrane / positive regulation of phosphorylation / RNA nuclease activity / endocytic vesicle / peptide binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / response to hormone / secretory granule / receptor-mediated endocytosis / stress granule assembly / positive regulation of protein secretion / response to bacterium / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / cytoplasmic stress granule / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell migration / heparin binding / antibacterial humoral response / chromosome / actin cytoskeleton / ribosome binding / actin binding / endonuclease activity / angiogenesis / nucleic acid binding / response to hypoxia / cytoplasmic translation / defense response to bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / receptor ligand activity / copper ion binding / signaling receptor binding / innate immune response / hydrolase activity / positive regulation of cell population proliferation / nucleolus / signal transduction / protein homodimerization activity / : / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiogenin-4 / Angiogenin-4
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Crabtree, B. / Holloway, D.E. / Baker, M.D. / Acharya, K.R. / Subramanian, V.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Biological and Structural Features of Murine Angiogenin-4, an Angiogenic Protein
著者: Crabtree, B. / Holloway, D.E. / Baker, M.D. / Acharya, K.R. / Subramanian, V.
履歴
登録2006年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANGIOGENIN-4
B: ANGIOGENIN-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1562
ポリマ－33,1562
非ポリマー00
水1,36976
1
A: ANGIOGENIN-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5781
ポリマ－16,5781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ANGIOGENIN-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5781
ポリマ－16,5781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)97.472, 31.422, 95.471
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.84183, 0.53951, -0.01558), (0.53585, -0.83888, -0.09567), (-0.06468, 0.07219, -0.99529)
ベクター: 23.5868, 11.43896, 39.91283)

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要素

#1: タンパク質 ANGIOGENIN-4 / MOUSE ANGIOGENIN-4


分子量: 16578.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80Z85, UniProt: Q3TMQ6*PLUS, EC: 3.1.27.5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化pH: 8.5
詳細: INITIAL, TWINNED CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (8 MG ML IN WATER) AND RESERVOIR (25 % PEG 3350, 0.2 M LI2SO4, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5). THESE CRYSTALS WERE ...詳細: INITIAL, TWINNED CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (8 MG ML IN WATER) AND RESERVOIR (25 % PEG 3350, 0.2 M LI2SO4, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5). THESE CRYSTALS WERE USED TO SEED PREEQUILIBRATED DROPS CONTAINING 4 MG ML PROTEIN, 20 % PEG 3350, 0.05 M LI2SO4, 0.09 M TRIS-HCL, PH 8.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 17076 / % possible obs: 74.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.08 % / Biso Wilson estimate: 26.471 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 0.9 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 49.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BWK

2bwk


解像度: 2.02→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.00923 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: RESIDUES A1, A3, A50, A87, A96, B1, B53, B58, B59 TRUNCATED TO ALA DUE TO POOR DENSITY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 1035 6.1 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 12698 74.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.457 Å20 Å2-8.504 Å2
2--19.055 Å20 Å2
3----16.598 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1925 0 0 76 2001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.11 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 -6.1 %
Rwork0.3292 994 -
obs--49.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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