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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j4t | ||||||
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タイトル | Biological and Structural Features of Murine Angiogenin-4, an Angiogenic Protein | ||||||
![]() | ANGIOGENIN-4 | ||||||
![]() | HYDROLASE / ANGIOGENESIS / ENDONUCLEASE / DIFFERENTIATION / CANCER / NUCLEASE / RIBONUCLEASE / DEVELOPMENTAL PROTEIN / PROTEIN SYNTHESIS INHIBITOR / PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / RNA nuclease activity / secretory granule / response to bacterium / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / endonuclease activity ...加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / RNA nuclease activity / secretory granule / response to bacterium / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / endonuclease activity / nucleic acid binding / defense response to bacterium / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / nucleolus / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Crabtree, B. / Holloway, D.E. / Baker, M.D. / Acharya, K.R. / Subramanian, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biological and Structural Features of Murine Angiogenin-4, an Angiogenic Protein 著者: Crabtree, B. / Holloway, D.E. / Baker, M.D. / Acharya, K.R. / Subramanian, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2bwkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.84183, 0.53951, -0.01558), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16578.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: INITIAL, TWINNED CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (8 MG ML IN WATER) AND RESERVOIR (25 % PEG 3350, 0.2 M LI2SO4, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5). THESE CRYSTALS WERE ...詳細: INITIAL, TWINNED CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (8 MG ML IN WATER) AND RESERVOIR (25 % PEG 3350, 0.2 M LI2SO4, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5). THESE CRYSTALS WERE USED TO SEED PREEQUILIBRATED DROPS CONTAINING 4 MG ML PROTEIN, 20 % PEG 3350, 0.05 M LI2SO4, 0.09 M TRIS-HCL, PH 8.5. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 17076 / % possible obs: 74.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.08 % / Biso Wilson estimate: 26.471 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 0.9 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 49.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BWK 解像度: 2.02→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.00923 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: RESIDUES A1, A3, A50, A87, A96, B1, B53, B58, B59 TRUNCATED TO ALA DUE TO POOR DENSITY
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原子変位パラメータ | Biso mean: 39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.02→2.11 Å / Total num. of bins used: 8
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