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- PDB-2j4r: Structural Study of the Aquifex aeolicus PPX-GPPA enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j4r
タイトルStructural Study of the Aquifex aeolicus PPX-GPPA enzyme
要素EXOPOLYPHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / PPGPP / AQUIFEX AEOLICUS / STRINGENT RESPONSE / EXOPOLYPHOSPHATASE / GUANOSINE PENTAPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate diphosphatase activity / pyrophosphatase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ppx/GppA phosphatase / Ppx/GppA phosphatase family / Exopolyphosphatase. Domain 2 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / Exopolyphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Kristensen, O.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure of the Ppx/Gppa Phosphatase from Aquifex Aeolicus in Complex with the Alarmone Ppgpp
著者: Kristensen, O. / Ross, B. / Gajhede, M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Structural Characterization of the Stringent Response Related Exopolyphosphatase-Guanosine Pentaphosphate Phosphohydrolase Protein Family
著者: Kristensen, O. / Laurberg, M. / Liljas, A. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M.
履歴
登録2006年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXOPOLYPHOSPHATASE
B: EXOPOLYPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6003
ポリマ－69,9972
非ポリマー6031
水3,045169
1
A: EXOPOLYPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6022
ポリマ－34,9981
非ポリマー6031
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: EXOPOLYPHOSPHATASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9981
ポリマ－34,9981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.460, 70.460, 223.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.98603, 0.01721, 0.16569), (0.02173, 0.99944, 0.02548), (-0.16516, 0.02872, -0.98585)
ベクター: -60.31409, -0.46948, -39.36101)

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要素

#1: タンパク質 EXOPOLYPHOSPHATASE / GUANOSINE PENTAPHOSPHATE PHOSPHOHYDROLASE


分子量: 34998.434 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 7-310 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア) / プラスミド: PET28-A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O67040
#2: 化合物 ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / guanosine tetraphosphate;ppGpp / ppGpp


タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N5O17P4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 19 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 19 TO ASN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化詳細: SODIUM ACETATE, MES, MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.085
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.085 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→74.54 Å / Num. obs: 85915 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 35.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.71→2.86 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T6C

1t6c


解像度: 2.71→61.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 1874853.94 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 439 2.5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 17621 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.7665 Å2 / ksol: 0.328112 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.224 Å2-5.98 Å20 Å2
2---0.224 Å20 Å2
3---0.449 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→61.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4792 0 36 169 4997
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.391.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.032.5
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 61 2.3 %
Rwork0.278 2571 -
obs--89.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3G4P_CNS_PRODRG.PARAMG4P_CNS_PRODRG.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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