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- PDB-2j4j: Crystal structure of uridylate kinase from Sulfolobus solfataricu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j4j
タイトルCrystal structure of uridylate kinase from Sulfolobus solfataricus in complex with UMP and AMPPCP to 2.1 Angstrom resolution
要素URIDYLATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / NUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE / KINASE / UMP KINASE / ASPARTOKINASE FOLD / PYRIMIDINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS / PYRIMIDINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


UMP kinase / UMP kinase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / UDP biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Uridylate kinase, archaeal/spirochete, putative / Uridylate kinase / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4TC / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / : / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Uridylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Jensen, K.S. / Johansson, E. / Jensen, K.F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structural and Enzymatic Investigation of the Sulfolobus Solfataricus Uridylate Kinase Shows Competitive Utp Inhibition and the Lack of GTP Stimulation
著者: Jensen, K.S. / Johansson, E. / Jensen, K.F.
履歴
登録2006年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: URIDYLATE KINASE
B: URIDYLATE KINASE
C: URIDYLATE KINASE
D: URIDYLATE KINASE
E: URIDYLATE KINASE
F: URIDYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,46225
ポリマ－150,1016
非ポリマー5,36119
水6,071337
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)86.174, 126.438, 134.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNILEILE1AA2 - 42 - 4
211ASNASNILEILE1BB2 - 42 - 4
311ASNASNILEILE1CC2 - 42 - 4
411ASNASNILEILE1DD2 - 42 - 4
511ASNASNILEILE1EE2 - 42 - 4
611ASNASNILEILE1FF2 - 42 - 4
121LYSLYSGLUGLU1AA6 - 146 - 14
221LYSLYSGLUGLU1BB6 - 146 - 14
321LYSLYSGLUGLU1CC6 - 146 - 14
421LYSLYSGLUGLU1DD6 - 146 - 14
521LYSLYSGLUGLU1EE6 - 146 - 14
621LYSLYSGLUGLU1FF6 - 146 - 14
131LEULEUARGARG1AA23 - 2423 - 24
231LEULEUARGARG1BB23 - 2423 - 24
331LEULEUARGARG1CC23 - 2423 - 24
431LEULEUARGARG1DD23 - 2423 - 24
531LEULEUARGARG1EE23 - 2423 - 24
631LEULEUARGARG1FF23 - 2423 - 24
141LEULEUALAALA1AA30 - 4730 - 47
241LEULEUALAALA1BB30 - 4730 - 47
341LEULEUALAALA1CC30 - 4730 - 47
441LEULEUALAALA1DD30 - 4730 - 47
541LEULEUALAALA1EE30 - 4730 - 47
641LEULEUALAALA1FF30 - 4730 - 47
151TYRTYRLEULEU1AA50 - 8350 - 83
251TYRTYRLEULEU1BB50 - 8350 - 83
351TYRTYRLEULEU1CC50 - 8350 - 83
451TYRTYRLEULEU1DD50 - 8350 - 83
551TYRTYRLEULEU1EE50 - 8350 - 83
651TYRTYRLEULEU1FF50 - 8350 - 83
161ASPASPVALVAL1AA85 - 10985 - 109
261ASPASPVALVAL1BB85 - 10985 - 109
361ASPASPVALVAL1CC85 - 10985 - 109
461ASPASPVALVAL1DD85 - 10985 - 109
561ASPASPVALVAL1EE85 - 10985 - 109
661ASPASPVALVAL1FF85 - 10985 - 109
171GLYGLYSERSER1AA111 - 132111 - 132
271GLYGLYSERSER1BB111 - 132111 - 132
371GLYGLYSERSER1CC111 - 132111 - 132
471GLYGLYSERSER1DD111 - 132111 - 132
571GLYGLYSERSER1EE111 - 132111 - 132
671GLYGLYSERSER1FF111 - 132111 - 132
181THRTHRASNASN1AA134 - 140134 - 140
281THRTHRASNASN1BB134 - 140134 - 140
381THRTHRASNASN1CC134 - 140134 - 140
481THRTHRASNASN1DD134 - 140134 - 140
581THRTHRASNASN1EE134 - 140134 - 140
681THRTHRASNASN1FF134 - 140134 - 140
191ASPASPVALVAL1AA142 - 144142 - 144
291ASPASPVALVAL1BB142 - 144142 - 144
391ASPASPVALVAL1CC142 - 144142 - 144
491ASPASPVALVAL1DD142 - 144142 - 144
591ASPASPVALVAL1EE142 - 144142 - 144
691ASPASPVALVAL1FF142 - 144142 - 144
1101TYRTYRTYRTYR6AA145145
2101TYRTYRTYRTYR6BB145145
3101TYRTYRTYRTYR6CC145145
4101TYRTYRTYRTYR6DD145145
5101TYRTYRTYRTYR6EE145145
6101TYRTYRTYRTYR6FF145145
1111ASPASPPROPRO6AA148 - 149148 - 149
2111ASPASPPROPRO6BB148 - 149148 - 149
3111ASPASPPROPRO6CC148 - 149148 - 149
4111ASPASPPROPRO6DD148 - 149148 - 149
5111ASPASPPROPRO6EE148 - 149148 - 149
6111ASPASPPROPRO6FF148 - 149148 - 149
1121LEULEUPROPRO1AA157 - 159157 - 159
2121LEULEUPROPRO1BB157 - 159157 - 159
3121LEULEUPROPRO1CC157 - 159157 - 159
4121LEULEUPROPRO1DD157 - 159157 - 159
5121LEULEUPROPRO1EE157 - 159157 - 159
6121LEULEUPROPRO1FF157 - 159157 - 159
1131LEULEUTHRTHR1AA161 - 163161 - 163
2131LEULEUTHRTHR1BB161 - 163161 - 163
3131LEULEUTHRTHR1CC161 - 163161 - 163
4131LEULEUTHRTHR1DD161 - 163161 - 163
5131LEULEUTHRTHR1EE161 - 163161 - 163
6131LEULEUTHRTHR1FF161 - 163161 - 163
1141ASPASPLEULEU1AA165 - 166165 - 166
2141ASPASPLEULEU1BB165 - 166165 - 166
3141ASPASPLEULEU1CC165 - 166165 - 166
4141ASPASPLEULEU1DD165 - 166165 - 166
5141ASPASPLEULEU1EE165 - 166165 - 166
6141ASPASPLEULEU1FF165 - 166165 - 166
1151LYSLYSLEULEU1AA168 - 170168 - 170
2151LYSLYSLEULEU1BB168 - 170168 - 170
3151LYSLYSLEULEU1CC168 - 170168 - 170
4151LYSLYSLEULEU1DD168 - 170168 - 170
5151LYSLYSLEULEU1EE168 - 170168 - 170
6151LYSLYSLEULEU1FF168 - 170168 - 170
1161LEULEUSERSER1AA183 - 195183 - 195
2161LEULEUSERSER1BB183 - 195183 - 195
3161LEULEUSERSER1CC183 - 195183 - 195
4161LEULEUSERSER1DD183 - 195183 - 195
5161LEULEUSERSER1EE183 - 195183 - 195
6161LEULEUSERSER1FF183 - 195183 - 195
1171ILEILEILEILE1AA197197
2171ILEILEILEILE1BB197197
3171ILEILEILEILE1CC197197
4171ILEILEILEILE1DD197197
5171ILEILEILEILE1EE197197
6171ILEILEILEILE1FF197197
1181VALVALTYRTYR1AA199 - 204199 - 204
2181VALVALTYRTYR1BB199 - 204199 - 204
3181VALVALTYRTYR1CC199 - 204199 - 204
4181VALVALTYRTYR1DD199 - 204199 - 204
5181VALVALTYRTYR1EE199 - 204199 - 204
6181VALVALTYRTYR1FF199 - 204199 - 204
1191LYSLYSLEULEU1AA206 - 207206 - 207
2191LYSLYSLEULEU1BB206 - 207206 - 207
3191LYSLYSLEULEU1CC206 - 207206 - 207
4191LYSLYSLEULEU1DD206 - 207206 - 207
5191LYSLYSLEULEU1EE206 - 207206 - 207
6191LYSLYSLEULEU1FF206 - 207206 - 207
1201ILEILELEULEU1AA211 - 214211 - 214
2201ILEILELEULEU1BB211 - 214211 - 214
3201ILEILELEULEU1CC211 - 214211 - 214
4201ILEILELEULEU1DD211 - 214211 - 214
5201ILEILELEULEU1EE211 - 214211 - 214
6201ILEILELEULEU1FF211 - 214211 - 214
1211GLYGLYGLYGLY1AA216216
2211GLYGLYGLYGLY1BB216216
3211GLYGLYGLYGLY1CC216216
4211GLYGLYGLYGLY1DD216216
5211GLYGLYGLYGLY1EE216216
6211GLYGLYGLYGLY1FF216216
1221VALVALVALVAL1AA219 - 226219 - 226
2221VALVALVALVAL1BB219 - 226219 - 226
3221VALVALVALVAL1CC219 - 226219 - 226
4221VALVALVALVAL1DD219 - 226219 - 226
5221VALVALVALVAL1EE219 - 226219 - 226
6221VALVALVALVAL1FF219 - 226219 - 226
112COCOCOCO1AJ230
212COCOCOCO1BN230

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99999, -0.00216, 0.00324), (-0.00255, 0.99191, -0.12689), (-0.00294, -0.12689, -0.99191)141.51093, 9.03749, 138.7265
2given(0.69157, -0.42493, -0.58409), (0.36619, -0.49076, 0.79061), (-0.6226, -0.76065, -0.18379)85.68054, 11.24317, 167.07106
3given(-0.68432, -0.35994, 0.63415), (-0.34925, -0.60164, -0.71837), (0.6401, -0.71308, 0.286)98.96736, 167.51237, 44.29635
4given(0.68937, 0.36264, -0.6271), (-0.43301, -0.48771, -0.75805), (-0.58075, 0.79412, -0.17919)41.59177, 169.32841, 71.28992
5given(-0.68758, 0.44065, 0.57711), (0.44059, -0.37857, 0.81398), (0.57716, 0.81395, 0.06614)55.18678, -2.07822, -28.14243

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
URIDYLATE KINASE / UK / URIDINE MONOPHOSPHATE KINASE / UMP KINASE


分子量: 25016.873 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 2-227 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 株: P2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97ZE2, UMP kinase

-
非ポリマー , 6種, 356分子

#2: 化合物
ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE


分子量: 324.181 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
#3: 化合物
ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE


分子量: 505.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-4TC / P1-(5'-ADENOSINE)P4-(5'-URIDINE)-BETA,GAMMA-METHYLENE TETRAPHOSPHATE


分子量: 811.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N7O20P4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CRYSTALLIZED ENZYME WAS PREPARED WITH ONLY ONE MET RESIDUE IN THE N-TERMINAL, IN CONTRAST TO ...THE CRYSTALLIZED ENZYME WAS PREPARED WITH ONLY ONE MET RESIDUE IN THE N-TERMINAL, IN CONTRAST TO THE DATABASE SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PROTEIN SOLUTION (2UL) IN 10 MM TRIS/CL PH 7.6 WITH 4.6 MG/ML SSUMPK AND 2MM UMP. 2MM AMPPCP AND 5 MM MGCL2 MIXED WITH 2 UL MOTHER SOLUTION. MOTHER SOLUTION: 0.8 M 1,6-HEXANEDIOL, 5 MM COCL2, ...詳細: PROTEIN SOLUTION (2UL) IN 10 MM TRIS/CL PH 7.6 WITH 4.6 MG/ML SSUMPK AND 2MM UMP. 2MM AMPPCP AND 5 MM MGCL2 MIXED WITH 2 UL MOTHER SOLUTION. MOTHER SOLUTION: 0.8 M 1,6-HEXANEDIOL, 5 MM COCL2, AND 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.6. HANGING DROP VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.085
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月23日 / 詳細: VERTICALLY FOCUSING CYLINDRICAL MIRROR
放射モノクロメーター: SINGLE ASYMMETRICALLY CUT SI(111) CRYSTAL WITH HORIZONTAL DIFFRACTION PLANE
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.085 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→91.29 Å / Num. obs: 86630 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BMU - WITHOUT LIGANDS

2bmu


解像度: 2.1→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 5.208 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 4353 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.216 82168 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20 Å20 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----1.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10212 0 319 337 10868
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02210688
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5592.01614523
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.889323467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.96351294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.74724.171434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.049151915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7431572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21719
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X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3161.58469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.445210468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94934858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8524.54055
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2550tight positional0.030.05
12B2550tight positional0.030.05
13C2550tight positional0.030.05
14D2550tight positional0.030.05
15E2550tight positional0.040.05
16F2550tight positional0.030.05
21A1tight positional00.05
11A46loose positional0.265
12B46loose positional0.295
13C46loose positional0.525
14D46loose positional0.325
15E46loose positional0.695
16F46loose positional0.465
11A2550tight thermal0.20.5
12B2550tight thermal0.150.5
13C2550tight thermal0.150.5
14D2550tight thermal0.160.5
15E2550tight thermal0.180.5
16F2550tight thermal0.130.5
21A1tight thermal0.380.5
11A46loose thermal7.2410
12B46loose thermal7.1110
13C46loose thermal7.7910
14D46loose thermal11.4810
15E46loose thermal3.0210
16F46loose thermal7.2310
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.309 312
Rwork0.27 5977

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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