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万見
- PDB-2j4d: Cryptochrome 3 from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j4d
タイトルCryptochrome 3 from Arabidopsis thaliana
要素CRYPTOCHROME DASH
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / CRYPTOCHROME / FLAVOPROTEIN / FAD / MITOCHONDRION / PLASTID / CHROMOPHORE / CHLOROPLAST / TRANSIT PEPTIDE / BLUE-LIGHT RESPONSE
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreactive repair / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / photoreceptor activity / FAD binding / chloroplast / mitochondrion / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Cryptochrome DASH / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase ...Cryptochrome DASH / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 5,10-METHENYL-6,7,8-TRIHYDROFOLIC ACID / Cryptochrome DASH, chloroplastic/mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Klar, T. / Pokorny, R. / Batschauer, A. / Essen, L.-O.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Cryptochrome 3 from Arabidopsis Thaliana: Structural and Functional Analysis of its Complex with a Folate Light Antenna
著者: Klar, T. / Pokorny, R. / Moldt, J. / Batschauer, A. / Essen, L.-O.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Cryptochrome 3 from Arabidopsis Thaliana
著者: Pokorny, R. / Klar, T. / Essen, L.-O. / Batschauer, A.
履歴
登録2006年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRYPTOCHROME DASH
B: CRYPTOCHROME DASH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,1516
ポリマ－120,6652
非ポリマー2,4864
水13,457747
1
A: CRYPTOCHROME DASH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5763
ポリマ－60,3331
非ポリマー1,2432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CRYPTOCHROME DASH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5763
ポリマ－60,3331
非ポリマー1,2432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.298, 116.782, 135.024
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.88463, 0.39435, 0.24881), (0.40088, 0.37066, 0.8378), (0.23816, 0.84089, -0.48599)
ベクター: 35.1292, 41.44744, -84.5062)

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要素

#1: タンパク質 CRYPTOCHROME DASH / CRYPTOCHROME 3


分子量: 60332.621 Da / 分子数: 2
断片: MATURE PROTEIN WITHOUT PLASTID IMPORT SEQUENCE, RESIDUES 45-569
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
プラスミド: PQE-60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15-PREP4 / 参照: UniProt: Q84KJ5
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MHF / 5,10-METHENYL-6,7,8-TRIHYDROFOLIC ACID / (6R)-5,10-メチレンテトラヒドロ葉酸


分子量: 457.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N7O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化pH: 4.6
詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 85 MM NA-CITRATE PH 4.6, 170 MM NH4-ACETATE, 21.5 W/V-% PEG 4000 AND 7.5 V/V-% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8125
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8125 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 93259 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.47 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 85.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NP7

1np7


解像度: 1.9→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2214 1420 1.5 %SHELL-WISE
Rwork0.1886 ---
obs0.1886 93157 97.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BULK / Bsol: 48.4007 Å2 / ksol: 0.357165 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.036 Å20 Å2
3----0.007 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8119 0 172 747 9038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.574
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 71 1.5 %
Rwork0.319 4692 -
obs--85.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4COFACS.PARAMCOFACS.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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