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- PDB-2j2f: The T199D Mutant of Stearoyl Acyl Carrier Protein Desaturase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j2f
タイトルThe T199D Mutant of Stearoyl Acyl Carrier Protein Desaturase from Ricinus Communis (Castor Bean)
要素ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSFER / FOUR-HELIX BUNDLE / LIPID SYNTHESIS / TRANSIT PEPTIDE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / NADP / CHLOROPLAST / DI-RON ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase / : / stearoyl-[ACP] desaturase activity / stearoyl-CoA 9-desaturase activity / chloroplast stroma / defense response / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fatty acid desaturase type 2, conserved site / Fatty acid desaturases family 2 signature. / Fatty acid desaturase, type 2 / Fatty acid desaturase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種RICINUS COMMUNIS (トウゴマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Guy, J.E. / Abreu, I.A. / Moche, M. / Lindqvist, Y. / Whittle, E. / Shanklin, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: A Single Mutation in the Castor {Delta}9-18:0- Desaturase Changes Reaction Partitioning from Desaturation to Oxidase Chemistry.
著者: Guy, J.E. / Abreu, I.A. / Moche, M. / Lindqvist, Y. / Whittle, E. / Shanklin, J.
履歴
登録2006年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE
B: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE
C: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE
D: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE
E: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE
F: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,97418
ポリマ－250,3046
非ポリマー67012
水2,846158
1
A: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE
F: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6586
ポリマ－83,4352
非ポリマー2234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE
C: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6586
ポリマ－83,4352
非ポリマー2234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
D: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE
E: ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6586
ポリマ－83,4352
非ポリマー2234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)82.049, 145.768, 193.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21B
31A
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111C18 - 363
2111B18 - 363
3111A18 - 363
4111D18 - 363
5111E18 - 363
6111F18 - 363
1211C370 - 371
2211B370 - 371
3211A370 - 371
4211D370 - 371
5211E370 - 371
6211F370 - 371
1311C373 - 374
2311B373 - 374
3311A373 - 374
4311D373 - 374
5311E373 - 374
6311F373 - 374

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99992, -0.01121, 0.00623), (-0.01154, 0.99845, -0.05437), (-0.00561, -0.05443, -0.9985)-74.23451, -2.06941, -53.65149
2given(0.99991, 0.01311, -0.00051), (0.00702, -0.50213, 0.86477), (0.01108, -0.86469, -0.50218)54.66861, 28.85051, -36.5457
3given(-0.99975, -0.0139, 0.01767), (-0.00775, -0.52444, -0.85141), (0.0211, -0.85133, 0.5242)-101.28857, -18.0007, -8.26376
4given(0.99975, 0.02158, 0.00494), (0.0154, -0.5176, -0.85548), (-0.01591, 0.85535, -0.51781)27.38794, -16.59148, -44.3969
5given(-0.99997, -0.00806, -0.00213), (0.00182, -0.46076, 0.88752), (-0.00813, 0.88749, 0.46076)-129.26241, 28.91237, -18.00307

-
要素

#1: タンパク質
ACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DESATURASE / STEAROYL ACP DESATURASE / DELTA 9 STEAROYL-ACYL CARRIER PROTEIN DESATURASE


分子量: 41717.297 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 34-396 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RICINUS COMMUNIS (トウゴマ) / プラスミド: PET9D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22337, EC: 1.14.99.6
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 232 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 232 TO ASP ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 232 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 232 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, THR 232 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, THR 232 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, THR 232 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, THR 232 TO ASP
配列の詳細MUTANT - T199D

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化pH: 5.4
詳細: 0.08M CACODYLATE PH 5.4 0.2M MAGNESIUM ACETATE 75MM AMMONIUM SULFATE 16-18% PEG 4000 0.2% BOG

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→40 Å / Num. obs: 68082 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AFR

1afr


解像度: 2.65→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 31.663 / SU ML: 0.321 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.383 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 3388 5.1 %RANDOM
Rwork0.24 ---
obs0.242 68033 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.51 Å20 Å20 Å2
2---1.08 Å20 Å2
3---3.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16885 0 12 158 17055
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02217290
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.95523417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.50752075
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.92923.771875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.554153015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.90715144
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.22489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.29149
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.212099
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2611
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3760.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3190.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3881.510644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.483216842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.84437513
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0994.56575
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2801 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Ctight positional0.060.05
2Btight positional0.050.05
3Atight positional0.050.05
4Dtight positional0.060.05
5Etight positional0.050.05
6Ftight positional0.050.05
1Ctight thermal0.120.5
2Btight thermal0.120.5
3Atight thermal0.10.5
4Dtight thermal0.120.5
5Etight thermal0.110.5
6Ftight thermal0.110.5
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.328 246
Rwork0.316 4669
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.87970.0175-0.17412.77681.75061.9560.2119-0.61791.5781-0.34760.1572-0.3715-0.86290.1274-0.3692-0.0173-0.04070.1502-0.0798-0.34490.5891-63.993929.7572-12.2226
21.7466-0.24790.73732.719-1.96632.0082-0.21110.28620.75770.325-0.0693-0.0116-0.62720.18450.2805-0.1603-0.0314-0.1123-0.22560.0527-0.0543-10.654729.0617-42.6778
31.7951-0.16230.70081.1537-0.68512.62950.18180.813-0.1454-0.7256-0.15850.10290.72940.3972-0.02340.07440.141-0.0611-0.0192-0.0677-0.258-8.92122.8778-56.8619
42.25710.42180.03733.74651.20070.735-0.11140.4971-0.5972-0.69670.0349-0.16940.0398-0.04720.0765-0.1228-0.03550.0789-0.1562-0.1113-0.1613-37.9508-22.6826-41.3969
51.90780.91330.14262.8866-0.35071.03360.2673-0.8491-0.57811.0385-0.3501-0.28050.3394-0.06330.08280.1275-0.1268-0.02770.0560.1109-0.1161-36.0182-22.5172-11.6049
63.46960.0292-0.20342.08820.91872.60560.0049-1.83180.05751.09890.2116-0.32410.71080.2129-0.21640.16380.1-0.11140.5793-0.0916-0.1877-65.44034.17053.3204
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 363
2X-RAY DIFFRACTION1A370 - 371
3X-RAY DIFFRACTION2B19 - 363
4X-RAY DIFFRACTION2B370 - 371
5X-RAY DIFFRACTION3C19 - 363
6X-RAY DIFFRACTION3C370 - 371
7X-RAY DIFFRACTION4D19 - 363
8X-RAY DIFFRACTION4D370 - 371
9X-RAY DIFFRACTION5E19 - 363
10X-RAY DIFFRACTION5E370 - 371
11X-RAY DIFFRACTION6F19 - 363
12X-RAY DIFFRACTION6F370 - 371

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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