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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j1n | ||||||
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タイトル | osmoporin OmpC | ||||||
![]() | OUTER MEMBRANE PROTEIN C | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / BETA-BARREL / ION TRANSPORT / OSMOPORIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() intermembrane phospholipid transfer / porin activity / pore complex / cell outer membrane / virus receptor activity / monoatomic ion transmembrane transport / receptor-mediated virion attachment to host cell / DNA damage response / metal ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Basle, A. / Storici, P. / Rummel, G. / Rosenbusch, J.P. / Schirmer, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Osmoporin Ompc from E. Coli at 2.0 A. 著者: Basle, A. / Rummel, G. / Storici, P. / Rosenbusch, J.P. / Schirmer, T. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 224.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 178.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 61.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2omfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38336.242 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-D12 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | FORMS PASSIVE DIFFUSION PORES WHICH ALLOW SMALL MOLECULAR WEIGHT HYDROPHILIC MATERIALS ACROSS THE ...FORMS PASSIVE DIFFUSION PORES WHICH ALLOW SMALL MOLECULAR WEIGHT HYDROPHILI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % |
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結晶化 | 詳細: 25 MG/ML OMPC IN 25 MM TRIS-HCL (PH 8.0), 0.5 M NACL, 1.8 % (W/W) N-OCTYL-2- HYDROXYETHYLSULFOXIDE (C8HESO), 0.3 % (V/V) OCTYL-POLYOXYETHYLENE (OCTYL-POE) WERE EQUILIBRATED AGAINST A ...詳細: 25 MG/ML OMPC IN 25 MM TRIS-HCL (PH 8.0), 0.5 M NACL, 1.8 % (W/W) N-OCTYL-2- HYDROXYETHYLSULFOXIDE (C8HESO), 0.3 % (V/V) OCTYL-POLYOXYETHYLENE (OCTYL-POE) WERE EQUILIBRATED AGAINST A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 25 MM TRIS-HCL (PH 8.0), 0.5 M NACL AND 28% PEG2000. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.906 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→35.85 Å / Num. obs: 88072 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): -10 / 冗長度: 3.06 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.67 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→1.98 Å / 冗長度: 3.01 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.55 / % possible all: 85.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2OMF 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.039 / SU ML: 0.075 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THIS ENTRY CONTAINS ATOMS WITH ZERO OCCUPANCY FOR WHICH B-FACTORS HAVE BEEN SET TO 20.0.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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