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- PDB-2j0u: The crystal structure of eIF4AIII-Barentsz complex at 3.0 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j0u
タイトルThe crystal structure of eIF4AIII-Barentsz complex at 3.0 A resolution
要素
  • (ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX48) x 2
  • PROTEIN CASC3
キーワードHYDROLASE / ATP-BINDING / DNA-BINDING / NUCLEAR PROTEIN / RRNA PROCESSING / DEAD-BOX HELICASE / NUCLEOTIDE-BINDING / EJC / HELICASE / RNA-BINDING / ACETYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of selenocysteine incorporation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / cellular response to selenite ion / selenocysteine insertion sequence binding / exon-exon junction complex / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / intracellular mRNA localization / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / Deadenylation of mRNA ...negative regulation of selenocysteine incorporation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / cellular response to selenite ion / selenocysteine insertion sequence binding / exon-exon junction complex / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / intracellular mRNA localization / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / Deadenylation of mRNA / embryonic cranial skeleton morphogenesis / poly(A) binding / mRNA 3'-end processing / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / U2-type catalytic step 1 spliceosome / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / exploration behavior / associative learning / mRNA export from nucleus / ribonucleoprotein complex binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of translation / ISG15 antiviral mechanism / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / mRNA splicing, via spliceosome / RNA stem-loop binding / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / regulation of translation / nuclear membrane / RNA helicase activity / postsynapse / negative regulation of translation / nuclear speck / RNA helicase / neuronal cell body / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein CASC3 / CASC3/Barentsz eIF4AIII binding / CASC3/Barentsz eIF4AIII binding / Btz domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase ...Protein CASC3 / CASC3/Barentsz eIF4AIII binding / CASC3/Barentsz eIF4AIII binding / Btz domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein CASC3 / Eukaryotic initiation factor 4A-III
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Bono, F. / Ebert, J. / Lorentzen, E. / Conti, E.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of the Exon Junction Complex Reveals How It Mantains a Stable Grip on Mrna
著者: Bono, F. / Ebert, J. / Lorentzen, E. / Conti, E.
履歴
登録2006年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX48
B: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX48
T: PROTEIN CASC3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,9133
ポリマ－98,9133
非ポリマー00
水00
1
A: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX48
T: PROTEIN CASC3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1502
ポリマ－56,1502
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX48


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7631
ポリマ－42,7631
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.760, 107.190, 243.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B
15A
25B
16A
26B
17A
27B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROHISHISAA38 - 1381 - 101
21PROPROHISHISBB38 - 1381 - 101
12ILEILELYSLYSAA150 - 195113 - 158
22ILEILELYSLYSBB150 - 195113 - 158
13ALAALAGLUGLUAA280 - 295243 - 258
23ALAALAGLUGLUBB280 - 295243 - 258
14ARGARGLEULEUAA316 - 331279 - 294
24ARGARGLEULEUBB316 - 331279 - 294
15VALVALILEILEAA346 - 365309 - 328
25VALVALILEILEBB346 - 365309 - 328
16GLUGLUASPASPAA199 - 270162 - 233
26GLUGLUASPASPBB199 - 270162 - 233
17VALVALMETMETAA378 - 405341 - 368
27VALVALMETMETBB378 - 405341 - 368

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.03527, -0.96627, -0.25511), (-0.99798, 0.02056, 0.06011), (-0.05284, 0.25672, -0.96504)
ベクター: 0.46485, -9.18389, 61.89357)

-
要素

#1: タンパク質 ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX48 / EIF4AIII RNA-HELICASE / DEAD BOX PROTEIN 48 / EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-LIKE NUK-34 / NUCLEAR ...EIF4AIII RNA-HELICASE / DEAD BOX PROTEIN 48 / EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-LIKE NUK-34 / NUCLEAR MATRIX PROTEIN 265 / HNMP 265 / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4A ISOFORM 3


分子量: 42793.316 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 37-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38919
#2: タンパク質 ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX48 / EIF4AIII RNA-HELICASE / DEAD BOX PROTEIN 48 / EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-LIKE NUK-34 / NUCLEAR ...EIF4AIII RNA-HELICASE / DEAD BOX PROTEIN 48 / EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-LIKE NUK-34 / NUCLEAR MATRIX PROTEIN 265 / HNMP 265 / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4A ISOFORM 3


分子量: 42763.223 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 37-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38919
#3: タンパク質 PROTEIN CASC3 / BARENTSZ / CANCER SUSCEPTIBILITY CANDIDATE GENE 3 PROTEIN / METASTATIC LYMPH NODE PROTEIN 51 / MLN ...BARENTSZ / CANCER SUSCEPTIBILITY CANDIDATE GENE 3 PROTEIN / METASTATIC LYMPH NODE PROTEIN 51 / MLN 51 PROTEIN / BARENTSZ PROTEIN / BTZ


分子量: 13356.604 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 137-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15234

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化詳細: 700 MM DI AMMONIUM TARTRATE, 100 MM NA ACETATE PH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→15 Å / Num. obs: 18221 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 86.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FUU, 1FUK, 1P27

1fuu

1fuk

1p27


解像度: 3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.814 / SU B: 62.301 / SU ML: 0.523 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.548 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.328 903 5 %RANDOM
Rwork0.273 ---
obs0.276 17157 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å20 Å20 Å2
2--1.18 Å20 Å2
3----1.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5139 0 0 0 5139
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225219
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024975
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.9417128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.959311376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.8865713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.06723.676185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.87915719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6331528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025992
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021055
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2580.21460
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.25331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1960.22658
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.23207
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2169
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2560.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4571.54525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.53325615
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.71631877
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.114.51513
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11292tight positional0.030.05
2523tight positional0.060.05
3212tight positional0.030.05
4119tight positional0.030.05
5340tight positional0.030.05
6914tight positional0.060.05
7356tight positional0.030.05
11292tight thermal0.060.5
2523tight thermal0.050.5
3212tight thermal0.040.5
4119tight thermal0.050.5
5340tight thermal0.060.5
6914tight thermal0.070.5
7356tight thermal0.050.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.434 58
Rwork0.357 1118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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