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- PDB-2j0q: The crystal structure of the Exon Junction Complex at 3.2 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j0q
タイトルThe crystal structure of the Exon Junction Complex at 3.2 A resolution
要素
  • 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
  • ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX48
  • PROTEIN CASC3
  • PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG
  • RNA-BINDING PROTEIN 8A
キーワードHYDROLASE / MRNA PROCESSING / MRNA SPLICING / MRNA TRANSPORT / NUCLEAR PROTEIN / DEAD-BOX HELICASE / RNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


exon-exon junction subcomplex mago-y14 / negative regulation of selenocysteine incorporation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / cellular response to selenite ion / selenocysteine insertion sequence binding / exon-exon junction complex / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / intracellular mRNA localization / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / negative regulation of excitatory postsynaptic potential ...exon-exon junction subcomplex mago-y14 / negative regulation of selenocysteine incorporation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / cellular response to selenite ion / selenocysteine insertion sequence binding / exon-exon junction complex / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / intracellular mRNA localization / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of mRNA processing / Deadenylation of mRNA / embryonic cranial skeleton morphogenesis / poly(A) binding / mRNA 3'-end processing / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / U2-type catalytic step 1 spliceosome / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / exploration behavior / associative learning / mRNA export from nucleus / ribonucleoprotein complex binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / positive regulation of translation / mRNA splicing, via spliceosome / ISG15 antiviral mechanism / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / RNA stem-loop binding / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / regulation of translation / nuclear membrane / postsynapse / RNA helicase activity / negative regulation of translation / nuclear speck / RNA helicase / neuronal cell body / mRNA binding / dendrite / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mago nashi protein / Mago nashi / Protein CASC3 / CASC3/Barentsz eIF4AIII binding / CASC3/Barentsz eIF4AIII binding / Btz domain / Mago nashi protein / RNA-binding motif protein 8 / RBM8, RNA recognition motif / Mago nashi superfamily ...Mago nashi protein / Mago nashi / Protein CASC3 / CASC3/Barentsz eIF4AIII binding / CASC3/Barentsz eIF4AIII binding / Btz domain / Mago nashi protein / RNA-binding motif protein 8 / RBM8, RNA recognition motif / Mago nashi superfamily / Mago nashi protein / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / RNA / RNA (> 10) / Protein CASC3 / Eukaryotic initiation factor 4A-III / Protein mago nashi homolog / RNA-binding protein 8A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Bono, F. / Ebert, J. / Lorentzen, E. / Conti, E.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of the Exon Junction Complex Reveals How It Maintains a Stable Grip on Mrna.
著者: Bono, F. / Ebert, J. / Lorentzen, E. / Conti, E.
履歴
登録2006年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX48
B: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX48
C: PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG
D: RNA-BINDING PROTEIN 8A
E: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
F: PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG
G: RNA-BINDING PROTEIN 8A
H: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
I: PROTEIN CASC3
T: PROTEIN CASC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,96414
ポリマ－197,90310
非ポリマー1,0614
水181
1
A: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX48
C: PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG
D: RNA-BINDING PROTEIN 8A
E: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
T: PROTEIN CASC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4827
ポリマ－98,9525
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12990 Å2
ΔGint-57.8 kcal/mol
Surface area28310 Å2
手法PISA
2
B: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX48
F: PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG
G: RNA-BINDING PROTEIN 8A
H: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
I: PROTEIN CASC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4827
ポリマ－98,9525
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12830 Å2
ΔGint-59.3 kcal/mol
Surface area27880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.150, 161.240, 193.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22F
13D
23G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 440
2111B1 - 440
1121C1 - 300
2121F1 - 300
1131D1 - 300
2131G1 - 300

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99741, -0.00966, 0.07122), (-0.00979, -0.99995, 0.00152), (0.07121, -0.00221, -0.99746)
ベクター: -2.9803, 58.15499, 96.91725)

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 ABCFDGIT

#1: タンパク質 ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX48 / EIF4AIII RNA-HELICASE / DEAD BOX PROTEIN 48 / EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-LIKE NUK-34 / HNMP ...EIF4AIII RNA-HELICASE / DEAD BOX PROTEIN 48 / EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-LIKE NUK-34 / HNMP 265 / NUCLEAR MATRIX PROTEIN 265 / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4A ISOFORM 3


分子量: 46799.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38919
#2: タンパク質 PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG / MGN


分子量: 17189.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61326
#3: タンパク質 RNA-BINDING PROTEIN 8A / Y14 / RNA-BINDING MOTIF PROTEIN 8A / RIBONUCLEOPROTEIN RBM8A / RNA-BINDING PROTEIN Y14 / BINDER OF ...Y14 / RNA-BINDING MOTIF PROTEIN 8A / RIBONUCLEOPROTEIN RBM8A / RNA-BINDING PROTEIN Y14 / BINDER OF OVCA1-1 / BOV-1


分子量: 12701.285 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 66-174 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y5S9
#5: タンパク質 PROTEIN CASC3 / BARENTSZ / CANCER SUSCEPTIBILITY CANDIDATE GENE 3 PROTEIN / METASTATIC LYMPH NODE PROTEIN 51 MLN 51 ...BARENTSZ / CANCER SUSCEPTIBILITY CANDIDATE GENE 3 PROTEIN / METASTATIC LYMPH NODE PROTEIN 51 MLN 51 PROTEIN BARENTSZ PROTEIN / BTZ


分子量: 17713.482 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 137-286 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15234

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 EH

#4: RNA鎖 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'


分子量: 4547.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 5分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化詳細: 10% PEG 4000, 200 MM AMMONIUM ACETATE, 10 MM CACL2, NA CACODYLATE PH 6.5 .

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 34926 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Rsym value: 0.24 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.68 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1FUU, 1FUK, AND 1P27

1fuu

1fuk

1p27


解像度: 3.2→46.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.843 / SU B: 49.443 / SU ML: 0.416 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.525 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1747 5 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.235 33179 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20 Å2
2---0.81 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→46.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10919 242 64 1 11226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02211464
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210334
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2871.98915561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.815323952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.77251362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.34523.681546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.051151934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6571591
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21730
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022352
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.22472
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.210715
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.25436
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.26528
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1440.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3871.57400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.631210958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.58835140
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0784.54603
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A5989tight positional0.020.05
12B5989tight positional0.020.05
21C2274tight positional0.020.05
22F2274tight positional0.020.05
31D1309tight positional0.010.05
32G1309tight positional0.010.05
11A5989tight thermal0.030.5
12B5989tight thermal0.030.5
21C2274tight thermal0.030.5
22F2274tight thermal0.030.5
31D1309tight thermal0.020.5
32G1309tight thermal0.020.5
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 130 -
Rwork0.37 2455 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.11990.5747-0.05371.3495-0.40241.39-0.018-0.0789-0.1610.0947-0.04460.09080.1767-0.0940.0625-0.25360.02390.0483-0.170.0315-0.1564-0.95122.2925.807
22.0382-0.7681-1.01132.64221.18493.22240.04560.1575-0.0277-0.14810.0152-0.331-0.03270.2932-0.0607-0.344-0.00480.0206-0.19950.0524-0.213515.40536.54110.133
30.923-0.2755-0.17571.7361-0.31541.46580.0294-0.00680.17080.091-0.0344-0.1849-0.24430.14940.0049-0.2828-0.00130.0583-0.22920.0294-0.22529.3760.37627.319
41.49381.321-0.64333.7946-0.7344.82440.181-0.103-0.22250.3985-0.1934-1.0908-0.07180.59610.0124-0.0817-0.0021-0.13260.00170.06940.132822.87448.88542.544
50.7237-0.4298-0.19432.4235-0.04151.17540.0740.00930.11670.0851-0.10380.2648-0.1853-0.13960.0299-0.1361-0.03840.0043-0.1578-0.0193-0.196-2.30635.88671.067
61.62770.61620.58982.49050.40372.48870.0011-0.11070.01690.56570.0433-0.4733-0.09320.2768-0.04450.0134-0.0704-0.0778-0.13890.0498-0.154712.74521.4787.879
71.6941-0.12130.35012.5198-0.80821.51130.10350.0543-0.08520.0587-0.1042-0.23380.26940.12520.0007-0.2475-0.0464-0.0379-0.21670.0337-0.25677.756-2.22870.173
80.3054-1.1303-0.31194.5965-0.06343.90160.1735-0.01940.3116-0.4057-0.3445-1.05070.30540.5550.1709-0.13550.02880.07910.01680.0730.113722.3329.14555.881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 257
2X-RAY DIFFRACTION2A258 - 411
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 146
4X-RAY DIFFRACTION4D66 - 154
5X-RAY DIFFRACTION5B20 - 257
6X-RAY DIFFRACTION6B258 - 411
7X-RAY DIFFRACTION7F4 - 146
8X-RAY DIFFRACTION8G66 - 154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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