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- PDB-2j0b: Structure of the catalytic domain of mouse Manic Fringe in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j0b
タイトルStructure of the catalytic domain of mouse Manic Fringe in complex with UDP and manganese
要素BETA-1,3-N-ACETYLGLUCOSAMINYLTRANSFERASE MANIC FRINGE
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / DEVELOPMENTAL PROTEIN / TRANSMEMBRANE / GOLGI APPARATUS / NOTCH SIGNALING / MEMBRANE / GLYCOPROTEIN / SIGNAL-ANCHOR
機能・相同性
機能・相同性情報


O-fucosylpeptide 3-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / O-fucosylpeptide 3-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / marginal zone B cell differentiation / regulation of Notch signaling pathway / pattern specification process / blastocyst formation / positive regulation of Notch signaling pathway / Golgi membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fringe / Fringe-like / Fringe-like / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A - #50 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase manic fringe
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Jinek, M. / Chen, Y.-W. / Clausen, H. / Cohen, S.M. / Conti, E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural Insights Into the Notch-Modifying Glycosyltransferase Fringe
著者: Jinek, M. / Chen, Y.-W. / Clausen, H. / Cohen, S.M. / Conti, E.
履歴
登録2006年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / reflns / reflns_shell
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 650 HELIX THE FOLLOWING HELIX RECORDS HAVE BEEN REMOVED AT AUTHORS REQUEST: HELIX 5 5 ILE A 82 GLN A ... HELIX THE FOLLOWING HELIX RECORDS HAVE BEEN REMOVED AT AUTHORS REQUEST: HELIX 5 5 ILE A 82 GLN A 84 5 HELIX 9 9 GLY A 197 ALA A 199 5

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-1,3-N-ACETYLGLUCOSAMINYLTRANSFERASE MANIC FRINGE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1445
ポリマ－31,5491
非ポリマー5944
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)161.760, 40.970, 38.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2048-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 BETA-1,3-N-ACETYLGLUCOSAMINYLTRANSFERASE MANIC FRINGE / MANIC FRINGE / O-FUCOSYLPEPTIDE 3-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINYLTRANSFERASE


分子量: 31549.287 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 45-321 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ENGINEERED MUTATION TO REMOVE GLYCOSYLATION SITE / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O09008, O-fucosylpeptide 3-beta-N-acetylglucosaminyltransferase

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非ポリマー , 5種, 89分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 109 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 185 TO GLN
Has protein modificationY
配列の詳細THE PROTEIN SEQUENCE ALIGNS WITH UNIPROT ENTRY O09008. THE SEQUENCE 42-44(GLY-PRO-MET) IN 2J0B IS ...THE PROTEIN SEQUENCE ALIGNS WITH UNIPROT ENTRY O09008. THE SEQUENCE 42-44(GLY-PRO-MET) IN 2J0B IS NOT PRESENT IN THE UNIPROT ENTRY BUT IS DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR. IN ADDITION, THERE IS A MUTATION AT RESIDUE 185 (ASN TO GLN)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
解説: LIGAND SOAK, STRUCTURE OBTAINED THROUGH FOURIER DIFFERENCE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M POTASSIUM SULFATE, 20% PEG 3350, pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9195
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9195 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→81.6 Å / Num. obs: 15588 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.1→80.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 8.307 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 781 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.18 14817 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.04 Å20 Å20 Å2
2--0.55 Å20 Å2
3---0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→80.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1942 0 32 85 2059
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222035
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021383
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7731.9782777
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0753.0043352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4745242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.88223.29791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.38415324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3311513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02423
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2140.21491
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.2997
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.21062
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.220.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2480.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0451.51216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2671.5485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93321967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7583824
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.414.5809
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 84 -
Rwork0.191 1087 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.686 Å / Origin y: -0.189 Å / Origin z: 34.727 Å
111213212223313233
T-0.0599 Å20.0127 Å2-0.0014 Å2--0.1267 Å20.0023 Å2---0.1135 Å2
L3.2746 °20.0705 °20.5172 °2-1.0801 °2-0.0138 °2--1.1202 °2
S0.0037 Å °0.0003 Å °-0.1809 Å °0.0273 Å °-0.0067 Å °0.037 Å °0.0382 Å °-0.1125 Å °0.0031 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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