PDB-2iz5: FUNCTION AND STRUCTURE OF THE MOLYBDENUM COFACTOR CARRIER PROTEIN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2iz5

タイトル

FUNCTION AND STRUCTURE OF THE MOLYBDENUM COFACTOR CARRIER PROTEIN MCP FROM CHLAMYDOMONAS REINHARDTII

要素

MOCO CARRIER PROTEIN

キーワード

METAL TRANSPORT

機能・相同性

SLOG cluster4 / SLOG cluster4 family / : / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Molybdenum cofactor carrier protein

機能・相同性情報

生物種

CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Fischer, K. / Llamas, A. / Tejada-Jimenez, M. / Schrader, N. / Kuper, J. / Mendel, R.R. / Fernandez, E. / Schwarz, G.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Function and Structure of the Molybdenum Cofactor Carrier Protein from Chlamydomonas Reinhardtii.
著者: Fischer, K. / Llamas, A. / Tejada-Jimenez, M. / Schrader, N. / Kuper, J. / Ataya, F.S. / Galvan, A. / Mendel, R.R. / Fernandez, E. / Schwarz, G.

履歴

登録	2006年7月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2iz5.cif.gz	123.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2iz5.ent.gz	97.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2iz5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2iz5_validation.pdf.gz	462.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2iz5_full_validation.pdf.gz	484.1 KB	表示
XML形式データ	2iz5_validation.xml.gz	28.2 KB	表示
CIF形式データ	2iz5_validation.cif.gz	38.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/2iz5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/2iz5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2iz6C 2iz7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2iz7-1 3hcw-d 7cdv-d 2iz6-1 3ot6-2 4kmr-d 7cdx-d 6ndi-d 3dbi-1 1ygs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MOCO CARRIER PROTEIN

B: MOCO CARRIER PROTEIN

C: MOCO CARRIER PROTEIN

D: MOCO CARRIER PROTEIN

71.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.313, 75.881, 126.631
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	MOCO CARRIER PROTEIN 分子量: 17888.670 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: Q8RV61
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化	pH: 8 / 詳細: pH 8.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97962
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97962 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 53717 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 22.6
反射シェル	解像度: 2.38→2.48 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 88.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.29→65.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 17.408 / SU ML: 0.21 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.364 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS ARE PARTIALLY TRACED WITH ALA RESIDUES.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	1471	5.1 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
obs	0.218	27469	95.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→65.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4455	0	0	163	4618

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	4504
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4432
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.918	1.987	6108
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.954	3	10291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.773	5	630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.291	26.29	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.735	15	745
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.633	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	763
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5019
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	728
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	4475
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	2918
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.258	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.194	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.159	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.185	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.122	1.5	3966
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.341	2	4953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.009	3	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.091	4.5	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.29→2.35 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.301	84
R_work	0.248	1602

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.291	-0.7254	1.3609	3.9572	-0.8296	5.0731	-0.1671	-0.0329	0.3681	0.4158	-0.2202	-0.0043	-0.2053	0.0062	0.3873	-0.0647	0.0352	0.1169	-0.1571	-0.0494	-0.2048	19.4417	4.762	22.3764
2	4.2298	1.2346	0.1741	4.6548	0.4258	3.4261	-0.1398	0.0402	-0.4606	-0.0207	-0.0115	-0.0586	0.3746	0.2946	0.1513	-0.0395	-0.0096	-0.0454	-0.0552	-0.0035	-0.1641	23.7268	-8.5335	-14.6709
3	2.6913	0.516	-1.1731	1.2224	-0.4936	3.0072	-0.0299	-0.2607	0.1375	-0.0232	0.0082	0.3701	-0.0233	-0.0602	0.0217	-0.1173	-0.005	-0.0639	-0.0685	-0.0348	-0.0541	17.8522	-1.1552	-7.6211
4	3.4143	0.8147	0.431	5.6506	-0.7359	3.3224	-0.0803	-0.0389	0.6351	-0.1085	-0.1776	0.1294	-0.3576	-0.2051	0.2579	-0.0766	-0.0244	0.0542	-0.0892	-0.0229	-0.1324	45.7408	8.3076	-14.109
5	2.9561	0.7757	1.1644	2.264	0.0946	3.6034	0.0548	-0.1657	-0.007	-0.045	-0.0523	-0.299	0.0829	0.0179	-0.0026	-0.1189	0.0158	0.0203	-0.0394	0.0022	-0.0896	50.3004	1.6472	-6.425
6	5.2802	-1.042	-1.3508	3.7785	-0.164	3.279	-0.3244	-0.2108	-0.471	0.5122	0.0476	0.2373	0.1184	0.072	0.2768	0.0101	0.1101	-0.0378	-0.0759	0.0511	-0.1493	47.0958	-4.4574	23.4002
7	5.0106	-0.6708	-1.811	2.97	0.3459	3.2788	-0.0055	0.0696	0.2767	0.0825	0.1546	-0.1931	-0.0096	-0.0131	-0.1491	-0.127	0.0361	-0.0968	-0.0693	0.02	-0.1997	49.6145	3.7169	15.6829
8	3.7388	-0.46	2.5666	2.1572	0.8118	3.6865	0.0166	0.2089	-0.0286	0.097	-0.0406	0.2544	0.1798	-0.04	0.024	-0.116	-0.0309	0.1324	-0.0702	-0.0481	-0.1305	17.9783	-3.3108	14.5072

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	D	5 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	4 - 73
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	76 - 166
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 71
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	74 - 166
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	4 - 69
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	75 - 166
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	73 - 166

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