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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2iz5 | ||||||
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タイトル | FUNCTION AND STRUCTURE OF THE MOLYBDENUM COFACTOR CARRIER PROTEIN MCP FROM CHLAMYDOMONAS REINHARDTII | ||||||
要素 | MOCO CARRIER PROTEIN | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | SLOG cluster4 / SLOG cluster4 family / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Molybdenum cofactor carrier protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.29 Å | ||||||
データ登録者 | Fischer, K. / Llamas, A. / Tejada-Jimenez, M. / Schrader, N. / Kuper, J. / Mendel, R.R. / Fernandez, E. / Schwarz, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Function and Structure of the Molybdenum Cofactor Carrier Protein from Chlamydomonas Reinhardtii. 著者: Fischer, K. / Llamas, A. / Tejada-Jimenez, M. / Schrader, N. / Kuper, J. / Ataya, F.S. / Galvan, A. / Mendel, R.R. / Fernandez, E. / Schwarz, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2iz5.cif.gz | 123.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2iz5.ent.gz | 97.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2iz5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/2iz5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/2iz5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17888.670 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: Q8RV61 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 % |
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97962 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97962 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 53717 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 22.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.48 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 88.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.29→65.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 17.408 / SU ML: 0.21 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.364 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS ARE PARTIALLY TRACED WITH ALA RESIDUES.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.29→65.09 Å
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拘束条件 |
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