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- PDB-2iz3: Solution structure of human beta-microseminoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iz3
タイトルSolution structure of human beta-microseminoprotein
要素BETA-MICROSEMINOPROTEIN
キーワードINHIBITOR / POLYMORPHISM / ALTERNATIVE SPLICING
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular space / nucleus
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #590 / Beta-microseminoprotein / Beta-microseminoprotein (PSP-94) / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-microseminoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / ANNEALING
データ登録者Ghasriani, H. / Teilum, K. / Johnsson, Y. / Fernlund, P. / Drakenberg, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Solution Structure of Human and Porcine Beta-Microseminoprotein
著者: Ghasriani, H. / Teilum, K. / Johnsson, Y. / Fernlund, P. / Drakenberg, T.
履歴
登録2006年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月15日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-MICROSEMINOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9551
ポリマ－10,9551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200LOW ENERGY AND NO VIOLATIONS > 0.5 A
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 BETA-MICROSEMINOPROTEIN / PROSTATE SECRETED SEMINAL PLASMA PROTEIN / PROSTATE SECRETORY PROTEIN PSP94 / PSP-94 / IGBF / PN44 ...PROSTATE SECRETED SEMINAL PLASMA PROTEIN / PROSTATE SECRETORY PROTEIN PSP94 / PSP-94 / IGBF / PN44 / IMMUNOGLOBULIN-BINDING FACTOR / SEMINAL PLASMA BETA-INHIBIN


分子量: 10955.430 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 21-114 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: PROSTATE / プラスミド: PET30 XA/LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): NOVABLUE / 参照: UniProt: P08118
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: NOESY
NMR実験の詳細Text: NOE-RESTRAINTS WERE COLLECTED FROM 3D-15N-EDITED NOESY, 3D-1EC-EDITED NOESY AND 2D NOESY SPECTRA

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試料調製

詳細内容: 90% WATER/10% D2O
試料状態pH: 6 / 温度: 310.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
Xplor-NIHCLORE精密化
Xplor-NIH構造決定
精密化手法: ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOW ENERGY AND NO VIOLATIONS > 0.5 A
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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