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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ixr | ||||||
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タイトル | BipD of Burkholderia Pseudomallei | ||||||
要素 | MEMBRANE ANTIGEN | ||||||
キーワード | TOXIN / BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI / BIPD / TTSS / T3SS / TYPE 3 SECRETION SYSTEM | ||||||
機能・相同性 | IpaD-like / IpaD-like / Type III secretion systems tip complex components / BipD-like superfamily / Type III secretion systems tip complex components / Up-down Bundle / extracellular region / Mainly Alpha / Translocator protein BipD 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Roversi, P. / Johnson, S. / Field, T. / Deane, J.E. / Galyov, E.E. / Lea, S.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2007 タイトル: Self-chaperoning of the type III secretion system needle tip proteins IpaD and BipD. 著者: Steven Johnson / Pietro Roversi / Marianela Espina / Andrew Olive / Janet E Deane / Susan Birket / Terry Field / William D Picking / Ariel J Blocker / Edouard E Galyov / Wendy L Picking / Susan M Lea / 要旨: Bacteria expressing type III secretion systems (T3SS) have been responsible for the deaths of millions worldwide, acting as key virulence elements in diseases ranging from plague to typhoid fever. ...Bacteria expressing type III secretion systems (T3SS) have been responsible for the deaths of millions worldwide, acting as key virulence elements in diseases ranging from plague to typhoid fever. The T3SS is composed of a basal body, which traverses both bacterial membranes, and an external needle through which effector proteins are secreted. We report multiple crystal structures of two proteins that sit at the tip of the needle and are essential for virulence: IpaD from Shigella flexneri and BipD from Burkholderia pseudomallei. The structures reveal that the N-terminal domains of the molecules are intramolecular chaperones that prevent premature oligomerization, as well as sharing structural homology with proteins involved in eukaryotic actin rearrangement. Crystal packing has allowed us to construct a model for the tip complex that is supported by mutations designed using the structure. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006 タイトル: Expression, Purification, Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Bipd, a Component of the Burkholderia Pseudomallei Type III Secretion System. 著者: Roversi, P. / Johnson, S. / Field, T. / Deane, J.E. / Galyov, E.E. / Lea, S.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ixr.cif.gz | 63.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ixr.ent.gz | 46.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ixr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ixr_validation.pdf.gz | 428.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ixr_full_validation.pdf.gz | 440.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ixr_validation.xml.gz | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ixr_validation.cif.gz | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/2ixr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/2ixr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33087.219 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 10-310 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌) 株: 10276 解説: PUBLIC HEALTH LABORATORY SERVICE, COLINDALE, LONDON, UK プラスミド: PGEXBIPD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q63K37 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE GS INITIAL RESIDUES COME FROM THE TAG, THE SEQUENCE STARTS AT BIPD RESIDUE 10 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % 解説: TWO PT ATOMS WERE FOUND IN K2PTCL4 ANOMALOUS DIFFERENCE PATTERSON MAPS USING SHELXD. THESE PT SITES ALLOWED LOCATION OF THE SE ATOMS IN A SEMET DERIVATIVE ANOMALOUS FOURIER DIFFERENCE MAP USING SHARP. |
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: 1 M TRISODIUM CITRATE, 10 MM SODIUM BORATE PH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9778 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9778 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→38.1 Å / Num. obs: 10013 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 3.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 18.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6→40 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO 詳細: TNT WAS DRIVEN BY MAXIMUM LIKELIHOOD USING BUSTER BETA 1.0.3
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 51 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å
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拘束条件 |
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