PDB-2ixf: Crystal structure of the ATPase domain of TAP1 with ATP (D645Q, Q...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ixf

タイトル

Crystal structure of the ATPase domain of TAP1 with ATP (D645Q, Q678H mutant)

要素

ANTIGEN PEPTIDE TRANSPORTER 1

キーワード

HYDROLASE / MEMBRANE / TRANSPORT / ABC PROTEIN TRANSPORT / NUCLEOTIDE-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / tapasin binding / ABC-type antigen peptide transporter / ABC-type peptide antigen transporter activity / TAP complex / TAP1 binding / oligopeptide export from mitochondrion / TAP2 binding / peptide antigen transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Procko, E. / Ferrin-O'Connell, I. / Ng, S.-L. / Gaudet, R.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: Distinct Structural and Functional Properties of the ATPase Sites in an Asymmetric Abc Transporter.
著者: Procko, E. / Ferrin-O'Connell, I. / Ng, S.-L. / Gaudet, R.

履歴

登録	2006年7月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ixf.cif.gz	230.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ixf.ent.gz	183.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ixf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2ixf_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ixf_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	2ixf_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	2ixf_validation.cif.gz	37.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/2ixf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/2ixf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ixeSC 2ixgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4c2p-d 1wmr-1 6f73-1 4c2q-d 1khg-d 1j0b-2 4gxq-1 3kfc-1 3gde-d 6m7f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (10) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (10)

登録構造単位

A: ANTIGEN PEPTIDE TRANSPORTER 1

B: ANTIGEN PEPTIDE TRANSPORTER 1

C: ANTIGEN PEPTIDE TRANSPORTER 1

D: ANTIGEN PEPTIDE TRANSPORTER 1

ヘテロ分子

121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ANTIGEN PEPTIDE TRANSPORTER 1

B: ANTIGEN PEPTIDE TRANSPORTER 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ANTIGEN PEPTIDE TRANSPORTER 1

D: ANTIGEN PEPTIDE TRANSPORTER 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.269, 108.917, 123.561
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 470 - 718 / Label seq-ID: 7 - 255

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	C	C
2	2	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.9998, 0.00385, 0.01969), (-0.00449, -0.99946, -0.03261), (0.01956, -0.03269, 0.99927)	41.55157, 26.49411, -0.05401
2	given	(0.99725, -0.07116, 0.02047), (0.07221, 0.99581, -0.05606), (-0.0164, 0.05739, 0.99822)	-2.25715, 51.8215, 1.61842
3	given	(-0.99755, 0.06981, -0.00404), (-0.06965, -0.99708, -0.03119), (-0.00621, -0.03084, 0.99951)	43.91716, -26.04229, -2.11583

#1: タンパク質	ANTIGEN PEPTIDE TRANSPORTER 1 / TAP1 / APT1 / PEPTIDE TRANSPORTER TAP1 / ATP-BINDING CASSETTE SUB-FAMILY B MEMBER 2 分子量: 29506.486 Da / 分子数: 4 / 断片: ATPASE DOMAIN, RESIDUES 465-725 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: TRANSPORTER ASSOCIATED WITH ANTIGEN PROCESSING 1 (TAP1) 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PET21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P36370
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 968 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 645 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 678 TO HIS ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 645 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 678 TO HIS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 645 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLN 678 TO HIS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ASP 645 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLN 678 TO HIS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ASP 645 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLN 678 TO HIS
配列の詳細	RESIDUE 464 IS THE START METHIONINE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION WITH THE RESERVOIR CONTAINING 0.75 M TRI-SODIUM CITRATE PH 8.0 .

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年1月18日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→40 Å / Num. obs: 74956 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IXE

2ixe

解像度: 2→38.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 7.733 / SU ML: 0.126 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.258	3776	5 %	RANDOM
R_work	0.216	-	-	-
obs	0.218	71102	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7631	0	158	968	8757

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	8066
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5305
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.097	1.985	11006
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.911	3	12964
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.146	5	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.701	23.658	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.52	15	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.671	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	9053
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1609
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.172	0.2	5672
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	3874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	4150
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	798
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.11	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.178	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.156	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.453	1.5	6593
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.526	2	8104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.891	3	3401
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.375	4.5	2889
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3078	loose positional	0.26	5
1	2	B	3078	loose positional	0.26	5
2	1	C	3057	loose positional	0.27	5
2	2	D	3057	loose positional	0.27	5
1	1	A	3078	loose thermal	0.45	10
1	2	B	3078	loose thermal	0.45	10
2	1	C	3057	loose thermal	0.5	10
2	2	D	3057	loose thermal	0.5	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.274	277
R_work	0.256	5071

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6536	0.4181	1.3533	2.3023	0.5515	1.7543	0.0936	-0.1431	-0.1808	-0.085	-0.1133	0.3058	-0.0598	-0.2414	0.0196	-0.2058	-0.0209	0.0103	-0.1298	0.0613	-0.1729	-0.5187	6.2913	-16.9242
2	3.0573	-0.8657	1.317	3.8268	0.3667	1.3725	-0.0107	0.112	0.2221	-0.3582	-0.1015	0.2235	-0.1779	-0.0621	0.1122	-0.1413	0.0015	-0.0059	-0.1461	0.0293	-0.172	-2.2024	11.654	-22.7842
3	6.906	0.4149	-0.124	7.4636	-0.8073	3.5043	-0.1257	0.2342	0.1811	-0.1952	0.0838	0.1679	-0.1567	-0.2008	0.042	-0.1108	-0.02	0.0167	-0.2443	-0.0014	-0.1512	14.1075	30.6147	-23.9752
4	1.7207	0.8285	-0.2616	1.4795	1.0901	1.4084	0.2482	-0.5613	0.3275	0.0869	-0.1117	-0.051	-0.2278	-0.1664	-0.1365	-0.0949	0.0171	0.0875	-0.101	-0.0282	-0.1076	8.9759	21.0918	-10.0813
5	2.859	-0.2534	0.3222	4.405	2.8872	10.167	0.3376	-0.6864	-0.3393	0.7911	-0.065	-0.3078	0.4124	0.1807	-0.2726	-0.1067	-0.0805	0.0017	0.0311	0.1307	-0.0888	8.2299	4.9414	-1.5359
6	3.3432	0.7412	-0.7696	2.3976	-0.3359	1.6363	0.0933	-0.1236	0.1434	-0.0047	-0.1363	-0.2529	0.0639	0.1611	0.043	-0.1714	-0.0592	0.0126	-0.1563	-0.0176	-0.2323	41.8554	20.4056	-17.0553
7	3.1422	-0.9964	-1.3778	4.4758	-0.3723	1.435	-0.0101	0.1711	-0.1488	-0.3111	-0.0911	-0.2477	0.1664	0.0657	0.1013	-0.133	-0.0273	0.038	-0.1613	-0.0041	-0.2115	43.3212	15.3809	-23.0662
8	6.9305	1.5622	0.0555	7.2141	1.2615	3.6137	-0.1741	0.383	-0.1844	-0.2409	0.1364	-0.1679	0.1244	0.1742	0.0377	-0.1335	-0.018	0.0084	-0.241	-0.0103	-0.1852	26.8577	-3.3819	-24.653
9	2.8067	0.7919	0.1067	0.8294	-0.7138	1.8961	0.2256	-0.5335	-0.2854	0.1512	-0.113	0.0794	0.0718	0.2532	-0.1125	-0.1487	-0.0191	-0.0324	-0.1286	0.0127	-0.1814	32.2317	5.5968	-10.4385
10	2.4277	0.3581	-0.2987	5.6711	-4.2997	8.0261	0.4277	-0.8231	0.4409	0.7782	-0.2811	0.5101	-0.5981	-0.1967	-0.1466	-0.0095	-0.1923	0.0352	0.1043	-0.1368	-0.1381	33.7266	22.0823	-1.3206
11	2.1706	-0.2128	0.9669	2.3271	0.0366	2.1501	0.1701	-0.1757	-0.1765	0.0263	-0.1123	0.2887	-0.014	-0.4017	-0.0577	-0.185	-0.0352	0.0059	-0.0695	0.0837	-0.1577	-1.0462	-46.6217	-15.9254
12	2.4303	-2.3359	1.4153	4.7761	-0.1623	1.3911	0.1206	0.1999	0.155	-0.2294	-0.2231	0.1547	-0.1141	-0.1501	0.1025	-0.1604	0.0028	0.0095	-0.0652	0.0397	-0.1631	-2.6583	-41.1456	-22.1543
13	9.0959	2.4342	-0.9554	3.7583	-0.1194	3.8254	-0.166	0.1051	-0.1804	-0.2016	0.0617	-0.0017	-0.0102	-0.0855	0.1043	-0.1203	-0.0034	0.0152	-0.2493	-0.0052	-0.1409	15.3192	-24.0185	-24.3634
14	5.9051	2.287	0.003	1.05	0.6704	2.7263	0.5114	-0.6668	0.8103	0.0686	-0.051	-0.0094	-0.4788	-0.1271	-0.4604	-0.0451	-0.0133	0.1646	-0.0912	-0.0207	-0.0074	9.409	-32.1778	-9.4725
15	2.9389	0.9207	0.2844	2.7506	1.6322	8.6949	0.2839	-0.5302	-0.3199	0.3697	-0.184	-0.2911	0.3055	0.2205	-0.0999	-0.1107	-0.1046	0.006	0.0141	0.1412	-0.1271	6.8984	-48.2994	-0.3823
16	2.3619	0.6291	-0.744	3.4341	-0.5555	2.4868	0.2429	-0.417	0.0565	0.195	-0.3258	-0.4806	-0.0341	0.4174	0.0829	-0.1516	-0.0831	0.015	-0.037	0.0117	-0.1248	41.9039	-34.8508	-15.6909
17	2.5667	-1.2145	-1.5781	4.8344	-0.398	1.6461	0.1269	-0.0277	-0.3101	-0.2116	-0.3605	-0.4512	0.1062	0.2157	0.2336	-0.1627	-0.0174	0.0361	-0.0667	0.034	-0.0624	43.9806	-40.3457	-21.7252
18	8.8714	2.3667	0.6102	3.4061	0.0542	3.3163	-0.2361	-0.05	-0.2434	-0.3126	-0.0038	-0.2612	0.1173	0.1969	0.2399	-0.1125	0.0298	0.0461	-0.2285	0.0403	-0.0906	25.7962	-57.7055	-23.8411
19	7.2496	2.6765	-2.0003	1.192	-1.3871	2.6154	0.2564	-1.0469	-0.8663	0.1442	-0.3131	-0.2093	0.0909	0.5072	0.0567	-0.1128	-0.0047	-0.0672	0.0237	0.0851	-0.0431	31.4059	-49.056	-9.0309
20	5.7241	1.6309	-0.8636	4.0274	-1.6653	8.7245	0.6576	-1.0735	0.3413	1.024	-0.8668	0.3902	-0.29	-0.1961	0.2092	0.1085	-0.3019	0.0334	0.2434	-0.1131	-0.136	33.2933	-33.2567	-0.4986

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	470 - 519
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	520 - 564
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	565 - 638
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	639 - 683
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	684 - 719
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	470 - 519
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	520 - 564
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	565 - 638
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	639 - 683
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	684 - 719
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	470 - 519
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	520 - 564
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	565 - 638
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	639 - 683
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	684 - 719
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	470 - 519
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	520 - 563
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	566 - 638
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	639 - 683
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	684 - 719

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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