PDB-2ix6: SHORT CHAIN SPECIFIC ACYL-COA OXIDASE FROM ARABIDOPSIS THALIANA, ACX4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ix6

タイトル

SHORT CHAIN SPECIFIC ACYL-COA OXIDASE FROM ARABIDOPSIS THALIANA, ACX4

要素

ACYL-COENZYME A OXIDASE 4, PEROXISOMAL

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FAD / ACX4 / FLAVIN / PEROXISOME / GLYOXYSOME / FATTY ACID METABOLISM / LIPID METABOLISM / ACYL-COA OXIDASE / ELECTRON TRANSFER / FLAVOPROTEIN / BETA-OXIDATION

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-CoA oxidase / glyoxysome / acyl-CoA oxidase activity / short-chain fatty acid metabolic process / salicylic acid binding / acyl-CoA dehydrogenase activity / embryo development ending in seed dormancy / fatty acid beta-oxidation / peroxisome / flavin adenine dinucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Mackenzie, J. / Pedersen, L. / Arent, S. / Henriksen, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Controlling Electron Transfer in Acyl-Coa Oxidases and Dehydrogenases: A Structural View.
著者: Mackenzie, J. / Pedersen, L. / Arent, S. / Henriksen, A.

履歴

登録	2006年7月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ix6.cif.gz	440.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ix6.ent.gz	359.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ix6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ix6_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ix6_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	2ix6_validation.xml.gz	81 KB	表示
CIF形式データ	2ix6_validation.cif.gz	106.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/2ix6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/2ix6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ix5SC 1is2 1w07 2ddh 2fon S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ix5-d 1dof-d 5zw2-1 2mzh-d 1gqk-d 3oib-2 1gqi-d 6wy8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ACYL-COENZYME A OXIDASE 4, PEROXISOMAL

B: ACYL-COENZYME A OXIDASE 4, PEROXISOMAL

C: ACYL-COENZYME A OXIDASE 4, PEROXISOMAL

D: ACYL-COENZYME A OXIDASE 4, PEROXISOMAL

E: ACYL-COENZYME A OXIDASE 4, PEROXISOMAL

F: ACYL-COENZYME A OXIDASE 4, PEROXISOMAL

ヘテロ分子

300 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ACYL-COENZYME A OXIDASE 4, PEROXISOMAL

C: ACYL-COENZYME A OXIDASE 4, PEROXISOMAL

ヘテロ分子

A: ACYL-COENZYME A OXIDASE 4, PEROXISOMAL

C: ACYL-COENZYME A OXIDASE 4, PEROXISOMAL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
200 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ACYL-COENZYME A OXIDASE 4, PEROXISOMAL

D: ACYL-COENZYME A OXIDASE 4, PEROXISOMAL

E: ACYL-COENZYME A OXIDASE 4, PEROXISOMAL

F: ACYL-COENZYME A OXIDASE 4, PEROXISOMAL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
200 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	198.600, 198.600, 150.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
5	2	E
6	2	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	17 - 432
2	1	1	1	B	17 - 432
3	1	1	1	C	17 - 432
4	1	1	1	D	17 - 432
5	1	1	1	E	17 - 432
6	1	1	1	F	17 - 432
1	1	2	1	A	800 - 801
2	1	2	1	B	800 - 801
3	1	2	1	C	800 - 801
4	1	2	1	D	800 - 801
5	1	2	1	E	800 - 801
6	1	2	1	F	800 - 801

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	ACYL-COENZYME A OXIDASE 4, PEROXISOMAL / ACYL-COA OXIDASE / AOX 4 / SHORT-CHAIN ACYL-COA OXIDASE / SAOX / ATCX4 / G6P / ATG6 分子量: 49208.371 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) 解説: ARABIDOPSIS BIOLOGICAL RESOURCE CENTER / プラスミド: PET24A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96329, acyl-CoA oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
配列の詳細	A C-TERMINAL HIS-TAG WAS INCLUDED IN THE CLONING PROCEDURE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化	pH: 7 詳細: 0.1 M BIS-TRIS-PROPANE PH 7.0, 6% PEG8000, 8% GLYCEROL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.008
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.9→30 Å / Num. obs: 27647 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.2 % / B_iso Wilson estimate: 25.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 3.9→4.1 Å / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IX5

2ix5

解像度: 3.9→171.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.851 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.861 / SU B: 93.008 / SU ML: 0.613 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.838 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS HAVE BEEN EXCLUDED FROM THE MODEL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	3015	9.6 %	RANDOM
R_work	0.247	-	-	-
obs	0.247	28462	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.55 Å²	0.27 Å²	0 Å²
2-	-	0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.9→171.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19098	0	318	0	19416

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	19866
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.88	1.987	26994
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.761	5	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.632	24.609	768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.211	15	3342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.001	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	14736
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	9750
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.293	0.2	13947
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.199	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.036	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.028	1.5	12776
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.043	2	19938
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.062	3	8448
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.092	4.5	7056
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3184	tight positional	0.01	0.05
1	2	B	3184	tight positional	0.01	0.05
1	3	C	3184	tight positional	0.01	0.05
1	4	D	3184	tight positional	0.01	0.05
1	5	E	3184	tight positional	0.01	0.05
1	6	F	3184	tight positional	0.01	0.05
2	1	A	53	tight positional	0.01	0.05
2	2	B	53	tight positional	0.01	0.05
2	3	C	53	tight positional	0.01	0.05
2	4	D	53	tight positional	0.01	0.05
2	5	E	53	tight positional	0.01	0.05
2	6	F	53	tight positional	0.01	0.05
1	1	A	3184	tight thermal	0.01	0.5
1	2	B	3184	tight thermal	0.01	0.5
1	3	C	3184	tight thermal	0.01	0.5
1	4	D	3184	tight thermal	0.01	0.5
1	5	E	3184	tight thermal	0.01	0.5
1	6	F	3184	tight thermal	0.01	0.5
2	1	A	53	tight thermal	0.02	0.5
2	2	B	53	tight thermal	0.01	0.5
2	3	C	53	tight thermal	0.01	0.5
2	4	D	53	tight thermal	0.01	0.5
2	5	E	53	tight thermal	0.01	0.5
2	6	F	53	tight thermal	0.02	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.9→4 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.272	201
R_work	0.246	2099

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5215	-0.3959	0.6881	1.0379	-0.7129	3.8241	0.0242	0.1859	-0.0694	-0.1775	-0.0053	0.1082	0.1861	0.1697	-0.0189	-0.5488	0.0035	0.0318	-0.4841	0.0777	-0.31	23.2681	-5.5725	4.9719
2	1.7687	0.5389	-1.6984	1.4872	-0.4191	4.8071	-0.0378	0.4036	0.0789	-0.3112	0.0875	-0.0551	0.0463	-0.3085	-0.0497	-0.3559	-0.0497	0.0695	-0.2423	-0.0832	-0.305	87.2522	36.5819	-36.8914
3	1.7966	-0.5311	0.244	2.8779	-0.016	1.8045	0.0898	0.1621	-0.3272	0.004	-0.083	-0.2793	0.5518	0.8303	-0.0068	-0.4533	0.2471	0.0691	0.1325	0.1082	-0.2533	53.8644	-16.5985	12.362
4	2.1187	-0.0584	-0.4466	2.4693	0.6987	4.112	0.0392	-0.337	-0.0773	0.3951	0.0916	-0.3014	0.1391	0.4431	-0.1307	-0.2446	-0.0318	-0.0424	-0.2271	-0.0422	-0.2526	98.1825	33.3767	3.2378
5	4.0647	0.0503	-0.85	0.9659	-0.3287	2.0773	-0.2822	0.2874	-0.4223	-0.2503	0.2196	0.1575	0.5413	-0.5862	0.0626	0.0232	-0.2885	0.1206	-0.1268	-0.2159	-0.1566	68.0467	10.4022	-29.118
6	2.2938	-0.0706	0.0382	2.7622	0.0798	4.3953	0.0285	-0.1666	-0.773	0.3434	0.1221	-0.6599	1.1483	1.1049	-0.1506	0.4834	0.2165	0.0264	-0.0959	0.0271	0.1738	100.0273	0.6734	-4.2877

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 432
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	17 - 432
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	17 - 432
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	17 - 432
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	17 - 432
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	17 - 432

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)