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万見
- PDB-2iww: Structure of the monomeric outer membrane porin OmpG in the open ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iww
タイトルStructure of the monomeric outer membrane porin OmpG in the open and closed conformation
要素OUTER MEMBRANE PROTEIN G
キーワードION CHANNEL / TRANSMEMBRANE / OUTER MEMBRANE / PORIN / MEMBRANE / TRANSPORT / ION TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate transmembrane transport / oligosaccharide transporting porin activity / maltose transporting porin activity / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane porin G / Outer membrane protein G (OmpG) / monomeric porin ompg / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Outer membrane porin G
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Yildiz, O. / Vinothkumar, K.R. / Goswami, P. / Kuehlbrandt, W.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Structure of the Monomeric Outer-Membrane Porin Ompg in the Open and Closed Conformation.
著者: Yildiz, O. / Vinothkumar, K.R. / Goswami, P. / Kuhlbrandt, W.
履歴
登録2006年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 16-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 17-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 14-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 15-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OUTER MEMBRANE PROTEIN G
B: OUTER MEMBRANE PROTEIN G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,33219
ポリマ－65,8732
非ポリマー4,45817
水66737
1
A: OUTER MEMBRANE PROTEIN G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,68511
ポリマ－32,9371
非ポリマー2,74910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: OUTER MEMBRANE PROTEIN G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6468
ポリマ－32,9371
非ポリマー1,7107
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.380, 71.140, 191.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNPROPROAA4 - 545 - 55
21ASNASNPROPROBB4 - 545 - 55
12THRTHRASNASNAA64 - 17865 - 179
22THRTHRASNASNBB64 - 17865 - 179
13GLUGLUASPASPAA187 - 215188 - 216
23GLUGLUASPASPBB187 - 215188 - 216
14ARGARGGLNGLNAA235 - 259236 - 260
24ARGARGGLNGLNBB235 - 259236 - 260
15ASPASPPHEPHEAA267 - 280268 - 281
25ASPASPPHEPHEBB267 - 280268 - 281

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要素

#1: タンパク質 OUTER MEMBRANE PROTEIN G / OMPG


分子量: 32936.527 Da / 分子数: 2 / 断片: TRANSMEMBRANE BETA-BARREL, RESIDUES 22-301 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76045
#2: 糖
ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#4: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: 100 MM NA-CITRATE PH 5.6 150 MM NACL 12% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9764
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9764 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 188983 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 1.75 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.7→19.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / SU B: 11.749 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.624 / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 1342 5 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs0.248 25487 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2 Å20 Å20 Å2
2---2.04 Å20 Å2
3---4.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4596 0 304 37 4937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225047
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8361.9796837
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9563.017840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.8935552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.51524.161298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.38915680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5371530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021140
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.21119
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2180.23529
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2120.22173
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1010.22907
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2710.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.89633440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.71854354
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.38462838
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.45572483
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3254 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.030.05
tight thermal0.090.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.362 97
Rwork0.305 1839

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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