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- PDB-2iwt: Thioredoxin h2 (HvTrxh2) in a mixed disulfide complex with the ta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iwt
タイトルThioredoxin h2 (HvTrxh2) in a mixed disulfide complex with the target protein BASI
要素
  • ALPHA-AMYLASE/SUBTILISIN INHIBITOR
  • THIOREDOXIN H ISOFORM 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / PROTEASE INHIBITOR / DISULFIDE REDUCTASE / BASI / AMY2 / REDOX / THIOREDOXIN / SUBSTRATE RECOGNITION / DISULFIDE INTERMEDIATE / ALPHA-AMYLASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) ...Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Alpha-amylase/subtilisin inhibitor / Thioredoxin h isoform 2
類似検索 - 構成要素
生物種HORDEUM VULGARE (オオムギ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Maeda, K. / Hagglund, P. / Finnie, C. / Svensson, B. / Henriksen, A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Structural Basis for Target Protein Recognition by the Protein Disulfide Reductase Thioredoxin.
著者: Maeda, K. / Hagglund, P. / Finnie, C. / Svensson, B. / Henriksen, A.
#1: ジャーナル: Proteomics / 年: 2005
タイトル: Identification of Thioredoxin H-Reducible Disulphides in Proteomes by Differential Labelling of Cysteines: Insight Into Recognition and Regulation of Proteins in Barley Seeds by Thioredoxin H
著者: Maeda, K. / Finnie, C. / Svensson, B.
履歴
登録2006年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOREDOXIN H ISOFORM 2
B: ALPHA-AMYLASE/SUBTILISIN INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7474
ポリマ－34,3692
非ポリマー3782
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.148, 76.148, 129.432
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 THIOREDOXIN H ISOFORM 2 / THIOREDOXIN H2


分子量: 13445.537 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DISULFIDE LINK BETWEEN MOL A C46 AND MOL B C148 / 由来: (組換発現) HORDEUM VULGARE (オオムギ) / Variant: BARKE / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q7XZK2
#2: タンパク質 ALPHA-AMYLASE/SUBTILISIN INHIBITOR / BARLEY ALFA-AMYLASE SUBTILISIN INHIBITOR / BASI


分子量: 20923.406 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DISULFIDE LINK BETWEEN MOL A C46 AND MOL B C148 / 由来: (組換発現) HORDEUM VULGARE (オオムギ) / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P07596
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 49 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 166 TO SER
配列の詳細N-TERMINAL SEQUENCE DISCREPANCIES IN BOTH MOLECULES ARE THE RESULT OF SEQUENCE MODIFICATIONS ...N-TERMINAL SEQUENCE DISCREPANCIES IN BOTH MOLECULES ARE THE RESULT OF SEQUENCE MODIFICATIONS INTRODUCED FOR E. COLI EXPRESSION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化pH: 5 / 詳細: 0.1 M CITRIC ACID PH 5.0, 12% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月7日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→65.65 Å / Num. obs: 16933 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AVA AND UNPUBLISHED STRUCTURE OF BARLEY TRXH2

1ava


解像度: 2.3→24.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1634340.4 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 840 4.8 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 17377 98.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.7789 Å2 / ksol: 0.306568 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.25 Å20 Å20 Å2
2--10.04 Å20 Å2
3----16.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2245 0 26 125 2396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.46
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.71.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.292
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.012.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 142 5 %
Rwork0.325 2690 -
obs--99.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CIT_CNS.PARCIT_CNS.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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