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万見
- PDB-2iw5: Structural Basis for CoREST-Dependent Demethylation of Nucleosome... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iw5
タイトルStructural Basis for CoREST-Dependent Demethylation of Nucleosomes by the Human LSD1 Histone Demethylase
要素
  • LYSINE-SPECIFIC HISTONE DEMETHYLASE 1
  • REST COREPRESSOR 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/TRANSCRIPTION REGULATOR / OXIDOREDUCTASE-TRANSCRIPTION REGULATOR COMPLEX / OXIDOREDUCTASE-REPRESSOR COMPLEX / HISTONE DEMETHYLASE / FAD / LSD1 / COREST / REPRESSOR / TRANSCRIPTION REGULATION / HOST-VIRUS INTERACTION / CHROMATIN DEMETHYLATION / NUCLEAR PROTEIN / PHOSPHORYLATION / CHROMATIN REGULATOR / NUCLEOSOMES / TRANSCRIPTION / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / neuron maturation ...positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / neuron maturation / muscle cell development / positive regulation of neural precursor cell proliferation / MRF binding / regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA repair complex / negative regulation of DNA binding / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of neuroblast proliferation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of stem cell proliferation / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase complex / histone demethylase activity / positive regulation of cell size / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to fungicide / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / cellular response to cAMP / transcription repressor complex / negative regulation of protein binding / erythrocyte differentiation / epigenetic regulation of gene expression / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of protein ubiquitination / HDACs deacetylate histones / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / promoter-specific chromatin binding / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / cellular response to gamma radiation / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / transcription corepressor activity / cellular response to UV / p53 binding / flavin adenine dinucleotide binding / regulation of protein localization / chromatin organization / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / oxidoreductase activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1880 / : / Helical region in REST corepressor / : / Histone lysine-specific demethylase / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1880 / : / Helical region in REST corepressor / : / Histone lysine-specific demethylase / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / SANT domain profile. / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / AMMONIUM ION / Lysine-specific histone demethylase 1A / REST corepressor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Yang, M. / Gocke, C.B. / Luo, X. / Borek, D. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Otwinowski, Z. / Yu, H.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Structural Basis for Corest-Dependent Demethylation of Nucleosomes by the Human Lsd1 Histone Demethylase
著者: Yang, M. / Gocke, C.B. / Luo, X. / Borek, D. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Otwinowski, Z. / Yu, H.
履歴
登録2006年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.32019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSINE-SPECIFIC HISTONE DEMETHYLASE 1
B: REST COREPRESSOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6479
ポリマ－100,5532
非ポリマー1,0947
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)120.354, 178.222, 234.932
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 LYSINE-SPECIFIC HISTONE DEMETHYLASE 1 / AMINE OXIDASE FLAVIN-CONTAINING DOMAIN PROTEIN 2 / BRAF35-HDAC COMPLEX PROTEIN BHC110


分子量: 74126.781 Da / 分子数: 1
断片: SWIRM DOMAIN, AMINE OXIDASE DOMAIN AND LINKER, RESIDUES 171-836
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: MJ23 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O60341, 酸化還元酵素
#2: タンパク質 REST COREPRESSOR 1 / PROTEIN COREST


分子量: 26425.729 Da / 分子数: 1
断片: FRAGMENT OF SANT1, LINKER REGION AND SANT2 DOMAIN, RESIDUES 286-482
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: MJ65 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9UKL0

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非ポリマー , 5種, 85分子

#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CONSTRUCT USED CONTAINS A LINKER: (MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRGSEFGR) FROM THE CLONING PROCEDURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, 20 DEGREES. DROP: 0.8 MICRO-LITERS OF PROTEIN (10 MG/ML IN 25 MM HEPES, PH 7.4, 200 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM PMSF, 5 MM DTT) PLUS 0.8 MICRO-LITERS OF ...詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, 20 DEGREES. DROP: 0.8 MICRO-LITERS OF PROTEIN (10 MG/ML IN 25 MM HEPES, PH 7.4, 200 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM PMSF, 5 MM DTT) PLUS 0.8 MICRO-LITERS OF CRYSTALLIZATION SOLUTION (0.8 M LITHIUM SULFATE, 0.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.4 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 5.6, 10 MM DTT). RESERVOIR: 1 ML OF CRYSTALLIZATION SOLUTION. CRYSTALS APPEARED WITHIN 12 HOURS AND GREW TO THEIR FINAL SIZE WITHIN 10 DAYS. CRYO-PROTECTION SOLUTION: RESERVOIR SOLUTION PLUS 23 PERCENT (V/V) GLYCEROL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97959
検出器タイプ: CUSTOM / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97959 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→49.87 Å / Num. obs: 75117 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 70.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 39.3
反射 シェル解像度: 2.57→2.61 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 60.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.57→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 12.484 / SU ML: 0.133 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1498 2 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.204 73416 93.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.11 Å20 Å20 Å2
2---2.12 Å20 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6293 0 69 78 6440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226490
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4481.9748802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8615797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.22424.475295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.993151130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3351542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.22790
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.24461
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1040.2210
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.150.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1170.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5991.54075
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.00926437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3532717
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2114.52365
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.63 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 64 -
Rwork0.363 3511 -
obs--61.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.36470.46052.08313.2490.29186.4921-0.05840.5147-0.2876-0.484-0.1701-0.66230.64491.16580.2284-0.03540.19450.2855-0.0850.1396-0.136676.685250.96445.6154
22.11490.00390.31311.2972-0.07562.3194-0.131-0.321-0.26690.2822-0.3738-0.5228-0.06910.6470.5049-0.20240.0056-0.0441-0.23990.2042-0.261572.236657.956932.5899
32.88664.8436-2.69538.1348-4.56922.81090.0885-0.0846-0.1036-0.1325-0.1194-0.11760.1989-0.13020.03080.5423-0.05870.38060.44530.33960.697431.86412.264658.288
41.7110.4511-0.04192.5658-1.05482.5877-0.0866-0.4718-0.10340.5023-0.2539-0.2103-0.28010.24870.3405-0.1565-0.0237-0.0299-0.29450.0774-0.3963.662261.995737.568
51.4412-1.02990.4453.7026-0.54142.9748-0.03420.23310.0076-0.664-0.3391-0.0202-0.04690.20160.3734-0.13270.0136-0.011-0.4090.0578-0.401661.671865.936512.1176
62.5012.8059-2.98617.8099-7.747910.02020.08970.18650.18390.29410.56940.7977-0.5192-0.6974-0.6591-0.0149-0.04370.25260.1090.23190.231135.414832.395451.2154
76.3515.266-0.07866.5583-0.88444.33740.24680.722-0.63931.53590.5362-2.17870.41130.8131-0.78290.00140.0025-0.00130.00280.00460.000728.1108-13.339670.8583
81.3606-2.5365-4.878422.51341.926220.3797-0.27530.7511-0.1593-0.4349-0.2061-0.5061-0.79150.04910.48140.0591-0.05670.16310.01690.00440.05712.8496-27.134464.6406
99.27066.5133-1.03319.043-2.202830.7383-0.20561.6886-0.1224-1.25430.3703-0.5143-0.52041.0102-0.16470.06740.20260.31080.02960.05920.048315.3989-25.568456.7813
1011.05059.311727.832176.1094-14.539391.24321.1651-0.84272.7574-2.3827-3.08124.1345-0.7005-1.08561.91610.00350.0003-0.00350.00110.0012-0.0014.7064-16.985656.6912
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A171 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2A275 - 385
3X-RAY DIFFRACTION3A386 - 516
4X-RAY DIFFRACTION4A517 - 775
5X-RAY DIFFRACTION5A776 - 836
6X-RAY DIFFRACTION6B308 - 358
7X-RAY DIFFRACTION7B359 - 383
8X-RAY DIFFRACTION8B384 - 396
9X-RAY DIFFRACTION9B397 - 431
10X-RAY DIFFRACTION10B432 - 440

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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