PDB-2iw2: Crystal structure of human Prolidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2iw2

タイトル

Crystal structure of human Prolidase

要素

XAA-PRO DIPEPTIDASE

キーワード

HYDROLASE / METALLOCARBOXYPEPTIDASE / DISEASE MUTATION / XAA-PRO DIPEPTIDASE / DIPEPTIDASE / PEPTIDASE D / COLLAGEN DEGRADATION / METALLOAMINOPEPTIDASE / ENZYME / PROTEASE / PEPD GENE / MANGANESE / METAL- BINDING / METALLOPROTEASE / PHOSPHORYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / amino acid metabolic process / negative regulation of programmed cell death / metalloaminopeptidase activity / collagen catabolic process / metallocarboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Mueller, U. / Niesen, F.H. / Roske, Y. / Goetz, F. / Behlke, J. / Buessow, K. / Heinemann, U.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Prolidase: The Molecular Basis of Pd Disease
著者: Mueller, U. / Niesen, F.H. / Roske, Y. / Goetz, F. / Behlke, J. / Buessow, K. / Heinemann, U.

履歴

登録	2006年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2iw2.cif.gz	216.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2iw2.ent.gz	173.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2iw2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2iw2_validation.pdf.gz	431.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2iw2_full_validation.pdf.gz	434.7 KB	表示
XML形式データ	2iw2_validation.xml.gz	50.4 KB	表示
CIF形式データ	2iw2_validation.cif.gz	72.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/2iw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/2iw2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5mc0-d 6srf-d 5mc4-d 6qsb-d 5mby-d 6h2p-d 5m4q-d 5mc3-d 7e5c-2 2okn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: XAA-PRO DIPEPTIDASE

B: XAA-PRO DIPEPTIDASE

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.579, 108.518, 211.024
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.07789, 0.04202, -0.9961), (0.03623, -0.9983, -0.04495), (-0.9963, -0.03959, 0.07624)
ベクター: 164.9, 59, 155)

#1: タンパク質	XAA-PRO DIPEPTIDASE / PROLIDASE / X-PRO DIPEPTIDASE / PROLINE DIPEPTIDASE / IMIDODIPEPTIDASE 分子量: 54661.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) 解説: RZPD GERMAN RESOURCE CENTER CDNA CLONE MPMGP800M05547 器官: FOETAL BRAIN / プラスミド: RZPD CLONE ID PSFEP250H122 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SCS1/PRARE / 参照: UniProt: P12955, Xaa-Pro dipeptidase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 991 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	PARTICIPATES IN THE PEPTIDE BOND CLEAVAGE INVOLVIND A PROLYL OR HYDROXYPROLYL RESIDUE.
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.5 % 解説: NATIVE DATA STRUCTURE MODEL BASED ON STARTING MODEL AUTOBUILT BY RESOLVE USING SEMET-MAD DATASET
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: 0.7M NA-CITRATE, 0.01M NA-BORATE PH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9004
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年7月8日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI111 DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→30 Å / Num. obs: 103818 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 21.27 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE/RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.82→29.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 4.007 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.192	5189	5 %	RANDOM
R_work	0.157	-	-	-
obs	0.159	98613	97.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→29.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7434	0	5	991	8430

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	7681
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.362	1.95	10395
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.752	5	962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.739	23.159	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.276	15	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.81	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5906
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	3727
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	5243
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	794
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.284	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.226	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.715	1.5	4738
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.312	2	7627
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.423	3	3021
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.05	4.5	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.82→1.86 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.264	366
R_work	0.194	6898

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4709	0.0338	0.0893	0.5864	0.1006	0.3781	0.038	-0.0351	-0.0232	0.2026	-0.0031	-0.082	0.0413	0.0279	-0.0349	0.0649	0.0094	-0.0228	0.0866	-0.0203	-0.0142	90.965	34.543	95.235
2	0.9255	-0.1461	-0.2914	1.4454	-0.0534	1.0896	-0.0144	-0.089	-0.1203	0.3113	0.0206	-0.0304	0.1887	0.0351	-0.0062	0.105	0.0011	-0.0309	0.0689	-0.0229	-0.0513	88.094	31.193	100.607
3	0.4053	-0.004	-0.0062	0.7153	-0.1457	0.4681	0.0342	0.025	0.0812	-0.0071	0.0184	-0.0167	-0.0615	-0.024	-0.0526	0.0105	0.0231	0.0252	0.084	0.0041	0.0077	85.253	52.813	70.803
4	0.6246	0.0896	-0.1338	0.5378	-0.1161	0.3275	-0.004	0.0272	0.0717	-0.0202	0.0485	0.1418	-0.0212	-0.0589	-0.0445	-0.0057	0.0231	-0.0096	0.0769	0.0066	0.0357	63.035	24.863	71.201
5	0.9088	-0.3023	-0.0533	1.3485	-0.262	0.8355	-0.048	-0.0328	-0.0312	-0.01	0.0191	-0.129	0.0681	0.0363	0.0289	0.0243	0.0252	0.0145	0.0835	-0.0175	0.034	93.531	20.803	70.26
6	0.65	-0.0295	-0.0049	0.8549	-0.077	0.388	-0.0216	-0.0593	-0.1224	-0.009	0.0188	-0.0893	0.0902	0.0141	0.0028	0.0145	0.0416	0.0067	0.0668	-0.0048	0.0281	89.483	2.414	74.625

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 91
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	92 - 194
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	195 - 483
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	7 - 207
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	208 - 256
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	257 - 483

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