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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ivz | ||||||
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タイトル | Structure of TolB in complex with a peptide of the colicin E9 T- domain | ||||||
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![]() | PROTEIN TRANSPORT/HYDROLASE / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / PROTEIN TRANSPORT / BACTERIOCIN TRANSPORT / TOLB / COLICIN / PLASMID / NUCLEASE / HYDROLASE / TRANSPORT / ANTIBIOTIC / PERIPLASMIC / BACTERIOCIN / NATIVELY DISORDERED PROTEINS / PROTEIN TRANSPORT-HYDROLASE COMPLEX / ENDONUCLEASE / ANTIMICROBIAL / TRANSLOCATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to bacteriocin / regulation of membrane invagination / bacteriocin transport / extrachromosomal circular DNA / protein import / cell division site / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / endonuclease activity / killing of cells of another organism ...cellular response to bacteriocin / regulation of membrane invagination / bacteriocin transport / extrachromosomal circular DNA / protein import / cell division site / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / endonuclease activity / killing of cells of another organism / periplasmic space / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / protein domain specific binding / cell division / protein-containing complex binding / protein-containing complex / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Loftus, S.R. / Walker, D. / Mate, M.J. / Bonsor, D.A. / James, R. / Moore, G.R. / Kleanthous, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Competitive Recruitment of the Periplasmic Translocation Portal Tolb by a Natively Disordered Domain of Colicin E9 著者: Loftus, S.R. / Walker, D. / Mate, M.J. / Bonsor, D.A. / James, R. / Moore, G.R. / Kleanthous, C. #1: ![]() タイトル: Structure of the Escherichia Coli Tolb Protein Determined by MAD Methods at 1.95 A Resolution 著者: Abergel, C. / Bouveret, E. / Claverie, J.-M. / Brown, K. / Rigal, A. / Lazdunski, C. / Benedetti, H. #2: ![]() タイトル: The Structure of Tolb, an Essential Component of the Tol-Dependent Translocation System, and its Protein-Protein Interaction with the Translocation Domain of Colicin E9. 著者: Carr, S. / Penfold, C.N. / Bamford, V. / James, R. / Hemmings, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 338.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 274.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1c5kS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47196.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1607.553 Da / 分子数: 4 / Fragment: T-DOMAIN, RESIDUES 32-47 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: P09883, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | PARTICIPATES IN THE UPTAKE OF GROUP A COLOCINS IN A TONB INDEPENDENT MANNER.THE PEPTIDE WHICH COMES ...PARTICIPAT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 24% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000, 80 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→144 Å / Num. obs: 102162 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1C5K 解像度: 2→144.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 3.705 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.76 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→144.34 Å
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拘束条件 |
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