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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ive | ||||||
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タイトル | Structure of protoporphyrinogen oxidase from Myxococcus xanthus | ||||||
要素 | PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE / PORPHYRIN BIOSYNTHESIS / CHLOROPHYLL BIOSYNTHESIS / FAD / PORPHYRIA / FLAVOPROTEIN / HEME BIOSYNTHESIS / HAEM BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phytoene dehydrogenase activity / protoporphyrinogen oxidase / oxygen-dependent protoporphyrinogen oxidase activity / carotenoid biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MYXOCOCCUS XANTHUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Corradi, H.R. / Corrigall, A.V. / Boix, E. / Mohan, C.G. / Sturrock, E.D. / Meissner, P.N. / Acharya, K.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Crystal Structure of Protoporphyrinogen Oxidase from Myxococcus Xanthus and its Complex with the Inhibitor Acifluorfen. 著者: Corradi, H.R. / Corrigall, A.V. / Boix, E. / Mohan, C.G. / Sturrock, E.D. / Meissner, P.N. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ive.cif.gz | 185.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ive.ent.gz | 145.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ive.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/2ive ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/2ive | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.68436, 0.72908, 0.01024), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50396.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MYXOCOCCUS XANTHUS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P56601 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | PROTOPORPH | 配列の詳細 | THE FIRST MET IN THE PPOX SEQUENCE WAS REPLACED BY THE HIS TAG IN THE CONSTRUCT, BUT THIS RESIDUE ...THE FIRST MET IN THE PPOX SEQUENCE WAS REPLACED BY THE HIS TAG IN THE CONSTRUCT, BUT THIS RESIDUE WAS NOT OBSERVED IN THE STRUCTURE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.85 % |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 0.1M TRIS/HCL PH 7.5, 1.5M AMMONIUM SULPHATE, 20% GLYCEROL, 1% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.978 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→74.3 Å / Num. obs: 41382 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SEZ 解像度: 2.7→74.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / SU B: 12.894 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.496 / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 87-93 IN BOTH MOLECULES COULD NOT BE MODELLED VERY ACCURATELY DUE TO LOTS OF NOISE IN THE MAPS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→74.33 Å
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拘束条件 |
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