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- PDB-2itl: The origin binding domain of the SV40 large T antigen bound to th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2itl
タイトルThe origin binding domain of the SV40 large T antigen bound to the functional pen palindrome DNA (23 bp)
要素
  • (24-nt PEN element of the SV40 DNA origin) x 2
  • large T antigen
キーワードDNA binding protein/DNA / DNA binding protein / DNA binding protein-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA 3'-5' helicase / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / helicase activity / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA 3'-5' helicase / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / helicase activity / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA replication / hydrolase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Replication Protein E1; Chain: A, / Large T antigen, polyomaviridae / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding ...Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Replication Protein E1; Chain: A, / Large T antigen, polyomaviridae / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Large T antigen / Large T antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Simian virus 40 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Bochkareva, E. / Seitova, A. / Bochkarev, A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Structure of the origin-binding domain of simian virus 40 large T antigen bound to DNA
著者: Bochkareva, E. / Martynowski, D. / Seitova, A. / Bochkarev, A.
履歴
登録2006年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
W: 24-nt PEN element of the SV40 DNA origin
C: 24-nt PEN element of the SV40 DNA origin
A: large T antigen
B: large T antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5174
ポリマ－45,5174
非ポリマー00
水5,531307
1
W: 24-nt PEN element of the SV40 DNA origin
C: 24-nt PEN element of the SV40 DNA origin
A: large T antigen
B: large T antigen

W: 24-nt PEN element of the SV40 DNA origin
C: 24-nt PEN element of the SV40 DNA origin
A: large T antigen
B: large T antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0348
ポリマ－91,0348
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)83.196, 64.096, 79.177
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a dsDNA fragment bound by four OBDs

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要素

#1: DNA鎖 24-nt PEN element of the SV40 DNA origin


分子量: 7397.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 24-nt PEN element of the SV40 DNA origin


分子量: 7357.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 large T antigen


分子量: 15380.704 Da / 分子数: 2 / Fragment: Origin binding domain (residues 131-259) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Simian virus 40 (ウイルス) / 属: Polyomavirus / 株: 776 / 遺伝子: large T antigen / プラスミド: pET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P03070, UniProt: Q98ZP7*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.35 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20 mM di-ammonium hydrogen citrate, 20% PEG 3000, and 10 mM MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1di-ammonium hydrogen citrate11
2PEG 300011
3MgCl211
4di-ammonium hydrogen citrate12
5PEG 300012
6MgCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9176 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9176 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→40 Å / Num. all: 42961 / Num. obs: 42961 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / Num. unique all: 4204 / Rsym value: 0.213 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CHESSF1データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IPR

2ipr


解像度: 1.65→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.384 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25061 2161 5 %RANDOM
Rwork0.2013 ---
obs0.20378 40799 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.282 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1921 979 0 307 3207
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222521
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.462.2063507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6685233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.17622.64487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.15915345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0231510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.21039
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21691
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2230
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.360.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2631.51201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.04521911
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.77431663
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.34.51596
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.01232864
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.1123322
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.05532409
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 170 -
Rwork0.25 2925 -
obs--97.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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