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- PDB-2itb: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE TRNA-(MS(2)IO(6)A)-HYDROXYLASE (P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2itb
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE TRNA-(MS(2)IO(6)A)-HYDROXYLASE (PP_2188) FROM PSEUDOMONAS PUTIDA KT2440 AT 2.05 A RESOLUTION
要素TRNA-(Ms(2)io(6)a)-hydroxylase, putative
キーワードOXIDOREDUCTASE / PUTATIVE ATTH / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-(2-methylthio-N-6-(cis-hydroxy)isopentenyl adenosine)-hydroxylase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
tRNA-hydroxylase MiaE / tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase (MiaE) / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PEROXIDE ION / Unknown ligand / Putative tRNA-(Ms(2)io(6)a)-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative tRNA-(ms(2)io(6)a)-hydroxylase (NP_744337.1) from Pseudomonas Putida KT2440 at 2.05 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRNA-(Ms(2)io(6)a)-hydroxylase, putative
B: TRNA-(Ms(2)io(6)a)-hydroxylase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,02325
ポリマ－46,7122
非ポリマー1,31123
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.274, 70.215, 84.285
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ILE / End label comp-ID: GLN / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 4 - 201 / Label seq-ID: 5 - 202

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 TRNA-(Ms(2)io(6)a)-hydroxylase, putative


分子量: 23356.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: KT2440 / 遺伝子: NP_744337.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88KV1

-
非ポリマー , 5種, 245分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.6 %
結晶化温度: 293 K
詳細: 30.0% Ethylene-Glycol, 0.1M NaAcetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9740, 0.9799, 0.9798
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月30日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9741
20.97991
30.97981
反射解像度: 2→28.796 Å / Num. obs: 23439 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.05-2.13.50.8170.9593516900.81799.9
2.1-2.163.50.6331.2591016870.633100
2.16-2.223.50.5041.5559916040.50499.9
2.22-2.293.50.4121.9544715610.41299.9
2.29-2.373.50.3742.1537115360.37499.9
2.37-2.453.50.3022.6512714680.302100
2.45-2.543.50.2493.1496814260.24999.8
2.54-2.653.50.2053.7482713940.205100
2.65-2.763.40.1654.6455613210.16599.9
2.76-2.93.40.1485.2435912680.14899.8
2.9-3.063.40.1146.6416912200.11499.9
3.06-3.243.40.0898.3387111410.089100
3.24-3.473.40.07110.1364510750.07199.9
3.47-3.743.30.05811.9337010130.05899.7
3.74-4.13.20.04614.529969360.04699.9
4.1-4.583.10.04215.126198460.04299.7
4.58-5.293.20.0451424777720.04599.6
5.29-6.483.40.0513.322486570.05100
6.48-9.173.30.03815.617005200.03899.8
9.17-28.82.90.03315.28843040.03396.7

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
SHELX位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.05→28.796 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 9.968 / SU ML: 0.14 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.186
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY 3. SEVENTEEN ETHYLENE GLYCOL MOLECULES FROM CRYSTALLIZATION SOLUTION ARE BUILT IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY 3. SEVENTEEN ETHYLENE GLYCOL MOLECULES FROM CRYSTALLIZATION SOLUTION ARE BUILT IN THE MODEL. 4. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 5. THE METAL IONS AT THE ACTIVE SITE WERE ASSIGNED AS IRON BASED ON AN X-RAY FLUORESCENCE SCAN AROUND FE EDGE, ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER PEAKS, AND COORDINATION. 6. A PEROXIDE ION (PER) IS TENTATIVELY ASSIGNED AT THE ACTIVE SITE OF CHAIN A. THE ASSIGNMENT IS BASED ON THE ENZYME FUNCTION AND THE ELECTRON DENSITY. HOWEVER, SPECTROSCOPIC DATA WERE NOT AVAILABLE. 7. IN SUBUNIT B, AN UNKNOWN LIGAND (UNL) IS BUILT IN NEAR FE BINDING SITE. THE DENSITY AT THE UNL SITE DIFFERS FROM DENSITY AT THE NCS RELATED SITE. 8. THERE IS AN UNKNOWN ELECTRON DENSITY NEAR RESIDUES CYS37 AND HIS196 ON THE PROTEIN SURFACE IN SUBUNIT A. THIS DENSITY WAS LEFT UNMODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1201 5.1 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.174 23393 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.129 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å20 Å20 Å2
2--1.32 Å20 Å2
3----2.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→28.796 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3063 0 78 222 3363
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0213192
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5991.9744295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85236937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.2815399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.63722.714140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.91915517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8291529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02650
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.3828
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.33136
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.51589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.51868
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.230.5290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1110.319
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2750.388
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2510.528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.13932037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6463803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.70253175
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.06981269
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.339111119
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2916 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.490.5
MEDIUM THERMAL1.062
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 96 -
Rwork0.225 1591 -
obs-1687 99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5644-0.08740.85921.65830.20922.1856-0.0870.15550.1387-0.2165-0.07260.1786-0.2374-0.21830.1596-0.03550.0536-0.0422-0.0184-0.0159-0.0391-8.919344.624941.7849
20.89210.102-0.97450.35270.01461.9743-0.02220.014-0.0616-0.0193-0.0097-0.02070.04750.01330.0319-0.0871-0.00390.0074-0.1106-0.0017-0.042216.95525.604541.5361
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA3 - 2014 - 202
22BB4 - 2015 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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