PDB-2it3: Structure of PH1069 protein from Pyrococcus horikoshii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2it3

タイトル

Structure of PH1069 protein from Pyrococcus horikoshii

要素

UPF0130 protein PH1069

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Hypothetical protein / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNAPhe 7-[(3-amino-3-carboxypropyl)-4-demethylwyosine37-N4]-methyltransferase / wybutosine biosynthetic process / tRNA methyltransferase activity / tRNA methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Lokanath, N.K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of PH1069 protein from Pyrococcus horikoshii
著者: Lokanath, N.K. / Kunishima, N.

履歴

登録	2006年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2it3.cif.gz	95.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2it3.ent.gz	74.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2it3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/2it3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/2it3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2it2C 2drvS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2drv-d 2it2-d 6fhz-d 5jrz-d 6n9n-1 4xa9-7 5cb1-1 6krt-1 5cyz-d 1i6x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: pho001001069.3

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UPF0130 protein PH1069

B: UPF0130 protein PH1069

47.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.673, 57.951, 167.416
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	UPF0130 protein PH1069 分子量: 23544.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: O58796
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.28 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.6 / 詳細: MES, NaCl, pH 6.6, microbatch, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月12日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 22932 / Num. obs: 22800 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 29.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2DRV

2drv

解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 17.026 / SU ML: 0.197 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27	1162	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24	-	-	-
obs	0.24	21932	99 %	-
all	-	22800	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.693 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.75 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3176	0	0	258	3434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	3226
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.352	1.971	4321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.632	5	389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.269	23.862	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.033	15	665
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.251	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.253	0.2	1671
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.327	0.2	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.22	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.283	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.25	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.517	1.5	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.086	2	3134
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.481	3	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.286	4.5	1187

LS精密化シェル

解像度: 2.119→2.173 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	73	-
R_work	0.253	1311	-
obs	-	-	94.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 37.2995 Å / Origin y: 20.5334 Å / Origin z: 62.9046 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0636 Å²	0.0157 Å²	-0.0004 Å²	-	-0.0059 Å²	0.0061 Å²	-	-	-0.0421 Å²
L	0.556 °²	0.0088 °²	0.1866 °²	-	0.5644 °²	-0.1805 °²	-	-	0.5447 °²
S	0.0149 Å °	0.0212 Å °	0.0185 Å °	-0.133 Å °	-0.0494 Å °	-0.0346 Å °	-0.0031 Å °	0.005 Å °	0.0345 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 200	4 - 200
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	5 - 198	5 - 198

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)