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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2isd | |||||||||
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タイトル | PHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C-DELTA1 FROM RAT | |||||||||
![]() | PHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C, ISOZYME DELTA1 | |||||||||
![]() | LIPID DEGRADATION / PHOSPHORIC DIESTER HYDROLASE / HYDROLASE / TRANSDUCER / CALCIUM-BINDING / PHOSPHOLIPASE C / PHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / response to prostaglandin F / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / phosphoinositide phospholipase C / positive regulation of norepinephrine secretion / phosphatidylinositol phosphate binding / response to aluminum ion / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / phosphatidic acid binding ...Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / response to prostaglandin F / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / phosphoinositide phospholipase C / positive regulation of norepinephrine secretion / phosphatidylinositol phosphate binding / response to aluminum ion / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / phosphatidic acid binding / phospholipase C activity / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-dependent phospholipid binding / GTPase activating protein binding / labyrinthine layer blood vessel development / phosphatidylinositol-mediated signaling / response to hyperoxia / lipid catabolic process / release of sequestered calcium ion into cytosol / : / regulation of cytosolic calcium ion concentration / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / mitochondrial membrane / phospholipid binding / response to peptide hormone / response to calcium ion / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / angiogenesis / G protein-coupled receptor signaling pathway / calcium ion binding / enzyme binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Essen, L.-O. / Perisic, O. / Williams, R.L. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a mammalian phosphoinositide-specific phospholipase C delta. 著者: Essen, L.O. / Perisic, O. / Cheung, R. / Katan, M. / Williams, R.L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 240.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 191.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 396.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 429.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70574.516 Da / 分子数: 2 / 変異: DELTA(1-132) DELETION VARIANT / 由来タイプ: 組換発現 詳細: CATALYTICALLY-ACTIVE DELETION VARIANT THAT LACKS AN N-TERMINAL PH DOMAIN 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.8 / 詳細: pH 5.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 12 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月2日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.86 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→53.1 Å / Num. obs: 103157 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.8 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 95.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 420859 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection Rfree: 3814 / Rfactor obs: 0.227 / Rfactor Rfree: 0.283 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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