PDB-2is5: Crystal structure of 3 residues truncated version of protein NMB1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2is5

タイトル

Crystal structure of 3 residues truncated version of protein NMB1012 from Neisseria meningitides

要素

Hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Neisseria meningitidis MC58 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

TtsA-like, Glycoside hydrolase family 108 domain / Peptidoglycan binding domain / Glycosyl hydrolase 108 / Predicted Peptidoglycan domain / Chitosanase, subunit A; domain 1 / Chitosanase, subunit A, domain 1 / Lysozyme-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Chang, C. / Li, H. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 3 residues truncated version of protein NMB1012 from Neisseria meningitides
著者: Chang, C. / Li, H. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2is5.cif.gz	138.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2is5.ent.gz	109.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2is5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/2is5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/2is5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ikb
類似構造データ	1n4p-2 7c0q-1 4lns-1 6k60-1 2i71-2 5de2-d 3n29-d 3vmn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC83859.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein

B: Hypothetical protein

C: Hypothetical protein

D: Hypothetical protein

ヘテロ分子

75.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.744, 79.789, 65.605
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Hypothetical protein 分子量: 18716.338 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 株: serogroup B / 遺伝子: NMB1012 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivatives / 参照: UniProt: Q7DDI9
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.48 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20 % PEG 3000, Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月13日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 55262 / Num. obs: 55262 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 46.8
反射シェル	解像度: 1.85→1.87 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 4.32 / Num. unique all: 1369 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→39.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 5.914 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22877	2811	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19665	-	-	-
all	0.1983	52424	-	-
obs	0.1983	52424	99.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.921 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.95 Å²	0 Å²	-0.76 Å²
2-	-	0.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4606	0	26	413	5045

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	4793
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.436	1.918	6473
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.536	5	595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.946	22.72	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.784	15	751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.054	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	675
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3765
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	2357
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	357
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.258	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.252	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.962	1.5	3023
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.267	2	4628
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.41	3	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.325	4.5	1839
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.901 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	202	-
R_work	0.23	3704	-
obs	-	-	96.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7336	0.2818	-0.0347	4.3425	0.2552	2.797	-0.0556	0.3114	-0.2438	-0.3833	-0.0493	0.1369	0.1514	-0.1062	0.1049	-0.1147	0.0082	-0.0189	-0.0384	0.0005	-0.0266	13.993	25.735	17.204
2	1.296	-0.1866	0.3614	1.7498	-0.774	2.4281	-0.0801	0.099	0.0752	0.006	0.0387	-0.0386	-0.2129	0.1383	0.0415	-0.0871	0.002	-0.019	-0.045	0.026	0.0144	20.361	33.411	31.798
3	2.0416	0.3466	0.655	8.92	-1.9932	1.5046	-0.061	0.343	0.089	-0.1294	-0.0248	-0.4307	-0.0192	0.2674	0.0859	-0.1945	-0.0047	-0.031	-0.048	0.0068	-0.0622	31.04	24.284	32.998
4	4.8578	1.5326	0.778	5.4195	0.9113	5.0787	0.0478	-0.0937	0.1026	0.3337	0.1401	-0.6043	-0.2863	0.7349	-0.1878	-0.1391	-0.0338	-0.1218	0.0447	-0.041	0.0091	49.141	20.736	61.103
5	1.2669	-0.5221	0.575	2.9948	1.0287	3.9653	0.0227	0.0299	-0.0212	0.2864	0.0226	-0.1901	0.2141	0.1256	-0.0453	-0.0832	-0.002	-0.0261	-0.0598	-0.0202	0.0114	34.509	15.91	53.06
6	1.5877	-0.0111	-0.5679	4.3437	-1.2757	2.4251	0.0412	0.0967	0.0235	0.2678	-0.0458	-0.5066	-0.0519	0.289	0.0046	-0.1887	-0.0104	-0.0562	-0.0445	-0.0284	-0.0006	36.701	21.105	41.379
7	4.2702	-1.7738	-1.7399	8.0808	6.6214	7.7576	-0.679	-0.6744	-0.0269	2.0173	0.976	-0.6849	1.5817	0.5596	-0.297	0.2985	0.2615	-0.1793	-0.0242	-0.0926	-0.0999	29.05	29.879	77.082
8	2.3518	-1.1774	-0.4081	3.8217	1.5178	2.4137	-0.0381	-0.1874	0.2724	0.1595	0.1687	-0.1468	-0.2341	-0.0838	-0.1306	-0.0739	0.007	-0.0052	-0.0385	-0.0578	0.0206	24.314	34.813	62.124
9	3.4273	1.7072	0.3445	4.6393	0.3783	1.6142	-0.1247	-0.2006	0.1689	0.2564	0.0995	0.151	-0.0562	-0.2652	0.0252	-0.1086	0.0301	0.0026	0.0489	-0.0031	-0.0383	12.249	28.386	61.538
10	6.2005	-1.3511	-0.3678	2.2397	0.6419	5.5433	0.2324	0.1996	0.1279	-0.2443	-0.143	0.0347	-0.2995	-0.6695	-0.0894	-0.211	0.0127	-0.0352	0.0642	0.0172	-0.0699	-6.245	24.181	34.244
11	2.2613	0.806	0.0937	1.4468	-0.7471	2.7916	0.0214	-0.1251	-0.1806	0.0058	0.0597	0.1361	0.2228	-0.2751	-0.0811	-0.1252	-0.018	-0.0001	-0.0178	0.0067	0.0471	6.979	18.008	43.067
12	2.9555	1.2598	-0.063	7.6079	-0.2039	4.6511	-0.1276	-0.0969	0.1297	0.1911	0.068	0.3196	-0.1163	-0.528	0.0596	-0.229	0.0211	0.0002	0.0033	-0.0074	-0.101	5.607	25.494	53.941

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 71	3 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	72 - 119	73 - 120
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	120 - 163	121 - 164
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	2 - 71	3 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	72 - 119	73 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	120 - 162	121 - 163
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	2 - 71	3 - 72
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	72 - 119	73 - 120
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	120 - 162	121 - 163
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	3 - 71	4 - 72
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	D	72 - 119	73 - 120
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	120 - 164	121 - 165

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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