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- PDB-2is3: Crystal Structure of Escherichia coli RNase T -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2is3
タイトルCrystal Structure of Escherichia coli RNase T
要素Ribonuclease T
キーワードHYDROLASE / RNase / ribonuclease / exoribonuclease / exonuclease / nuclease / stable RNA maturation / tRNA end-turnover
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / DNA replication proofreading / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / cellular response to UV / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding ...rRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / DNA replication proofreading / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / cellular response to UV / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / DNA damage response / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease T / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zuo, Y. / Wang, Y. / Malhotra, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of RNase T, an Exoribonuclease Involved in tRNA Maturation and End Turnover.
著者: Zuo, Y. / Zheng, H. / Wang, Y. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Malhotra, A. / Minor, W.
履歴
登録2006年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease T
B: Ribonuclease T
C: Ribonuclease T
D: Ribonuclease T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,75317
ポリマ－95,5044
非ポリマー1,24913
水00
1
A: Ribonuclease T
B: Ribonuclease T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4249
ポリマ－47,7522
非ポリマー6727
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area16450 Å2
手法PISA
2
C: Ribonuclease T
D: Ribonuclease T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3288
ポリマ－47,7522
非ポリマー5766
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area17800 Å2
手法PISA
3
A: Ribonuclease T
B: Ribonuclease T
C: Ribonuclease T
D: Ribonuclease T
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)774,020136
ポリマ－764,03032
非ポリマー9,991104
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation6_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area108100 Å2
ΔGint-2125 kcal/mol
Surface area229390 Å2
手法PISA
4
A: Ribonuclease T
B: Ribonuclease T
C: Ribonuclease T
D: Ribonuclease T
ヘテロ分子

A: Ribonuclease T
B: Ribonuclease T
C: Ribonuclease T
D: Ribonuclease T
ヘテロ分子

A: Ribonuclease T
B: Ribonuclease T
C: Ribonuclease T
D: Ribonuclease T
ヘテロ分子

A: Ribonuclease T
B: Ribonuclease T
C: Ribonuclease T
D: Ribonuclease T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)387,01068
ポリマ－382,01516
非ポリマー4,99552
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area50910 Å2
ΔGint-1063 kcal/mol
Surface area117830 Å2
手法PISA
5
A: Ribonuclease T
B: Ribonuclease T
ヘテロ分子

C: Ribonuclease T
D: Ribonuclease T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,75317
ポリマ－95,5044
非ポリマー1,24913
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
Buried area10610 Å2
ΔGint-252 kcal/mol
Surface area31570 Å2
手法PISA
6


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10060 Å2
ΔGint-246 kcal/mol
Surface area32130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)213.140, 213.140, 149.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
詳細The biological assembly of RNase T is a homodimer. The four subunits in this structure form two homodimers: chains A and B form one homodimer; chains C and D form another homodimer.

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要素

#1: タンパク質
Ribonuclease T / Exoribonuclease T / RNase T


分子量: 23875.932 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: rnt / プラスミド: pUC19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P30014, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2.3 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9786, 0.9788
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月26日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97861
20.97881
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 31325 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.696 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CBASSデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.1→29.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 33.831 / SU ML: 0.264 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.121 / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23143 1418 5.1 %RANDOM
Rwork0.1955 ---
obs0.19735 26264 88.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.366 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å20 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3---0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6039 0 65 0 6104
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0226235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3691.9468465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9435775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.7223.601286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.48315973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4981539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2930
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024750
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.23067
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.24366
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1030.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0151.53937
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2226192
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84132544
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9894.52273
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 42 -
Rwork0.291 937 -
obs--43.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0262-0.29080.23273.524-1.06741.7604-0.17040.41130.3431-0.10910.0362-0.1403-0.36950.30760.1342-0.1509-0.00970.0935-0.02870.043-0.201134.304464.430734.1406
21.96890.66370.60661.20551.50376.51230.0172-0.2769-0.10350.0425-0.08640.0543-0.18650.00320.0692-0.2998-0.00470.1586-0.34670.0215-0.2159132.75451.508456.5835
33.80840.4441-0.36924.7664-1.02111.87930.07090.30830.3746-0.03020.00460.1538-0.5353-0.1348-0.0756-0.17320.05640.1254-0.0599-0.0076-0.0961105.550167.332941.9047
42.9455-1.2594-1.59891.49331.17653.0938-0.07680.341-0.3607-0.19180.05610.4172-0.0156-0.27250.0207-0.201-0.07050.0417-0.0248-0.0116-0.027785.389355.50953.3246
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 2097 - 209
2X-RAY DIFFRACTION2BB7 - 2117 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3CC7 - 2097 - 209
4X-RAY DIFFRACTION4DD10 - 20910 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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