PDB-2iry: Crystal Structure of the Polymerase Domain from Mycobacterium tub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2iry

タイトル

Crystal Structure of the Polymerase Domain from Mycobacterium tuberculosis Ligase D with dGTP and Manganese.

要素

DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

キーワード

TRANSFERASE / POLYMERASE / PRIMASE / LIGASE / NHEJ / dGTP

機能・相同性

機能・相同性情報

: / ribonucleotide binding / DNA ligase activity / DNA ligase (ATP) / DNA ligase (ATP) activity / DNA ligation / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA primase activity / DNA replication, synthesis of primer / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Brissett, N.C. / Pitcher, R.S. / Doherty, A.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure and function of a mycobacterial NHEJ DNA repair polymerase.
著者: Pitcher, R.S. / Brissett, N.C. / Picher, A.J. / Andrade, P. / Juarez, R. / Thompson, D. / Fox, G.C. / Blanco, L. / Doherty, A.J.

履歴

登録	2006年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2iry.cif.gz	140.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2iry.ent.gz	108.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2iry.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2iry_validation.pdf.gz	1018 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2iry_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	2iry_validation.xml.gz	30 KB	表示
CIF形式データ	2iry_validation.cif.gz	45.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/2iry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/2iry	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2iruC 2irxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2iru-1 3pp0-2 3ujk-d 6qas-2 2azr-d 4f1o-d 5jbc-d 1w87-2 3i7z-d 2bsa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

B: DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

ヘテロ分子

66.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	41.221, 75.870, 95.809
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.59, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965 分子量: 32825.148 Da / 分子数: 2 / 断片: LigD Polymerase Domain (residues 1-300) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: Rv0938 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P71571, UniProt: P9WNV3*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 659 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Na Hepes, 0.01M MnCl2, 10%(v/v) iso-propanol, 20% PEG 4000, 0.01M dGTP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月16日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→40.49 Å / Num. obs: 56549 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 20.26114 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.78→1.88 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 8240 / R_sym value: 0.237 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.78→40.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 4.806 / SU ML: 0.082 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23034	2868	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18206	-	-	-
obs	0.18453	53660	99.96 %	-
all	-	56528	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.099 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4 Å²	0 Å²	-0.17 Å²
2-	-	-0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→40.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4362	0	53	659	5074

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4526
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.414	1.979	6194
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.987	5	573
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.396	22.678	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.432	15	703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.01	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	709
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3420
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	2213
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	3065
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.206	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.184	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.794	1.5	2930
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.254	2	4611
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.098	3	1830
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.191	4.5	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.78→1.826 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	188	-
R_work	0.249	3931	-
obs	-	3931	99.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8028	0.3077	0.3314	1.1621	0.0294	0.9369	-0.0332	0.0163	0.0097	-0.1345	-0.0144	-0.0796	-0.0293	-0.0107	0.0477	0.003	-0.0028	-0.0003	0.004	0.0062	0.0102	2.059	46.362	24.395
2	1.1864	-0.061	0.3228	1.3646	0.6124	2.3512	-0.0035	0.0484	-0.0874	-0.0534	-0.0305	0.0752	0.1117	-0.1806	0.034	-0.0043	-0.0156	-0.016	-0.0108	-0.0011	0.0039	-6.335	39.978	18.373
3	2.3698	0.0424	0.0153	2.3174	-1.9193	4.8356	0.0808	-0.0225	-0.027	-0.2029	-0.0217	0.0604	0.2835	0.1018	-0.0591	0.0886	-0.0277	-0.0092	-0.0284	0.0003	0.0709	-3.42	24.974	30.652
4	2.7832	-0.0574	0.581	6.969	-0.5529	1.6387	0.0812	-0.0831	-0.3566	0.0035	-0.0456	0.0181	0.4451	0.0958	-0.0356	0.0779	0.0163	-0.0162	-0.0506	0.0411	0.0451	2.045	21.767	35.457
5	0.6452	-0.3589	0.6881	1.1316	-2.7858	20.3953	0.0805	-0.0316	-0.0855	-0.3641	0.2496	0.072	1.1234	-0.4503	-0.33	0.0943	-0.1051	-0.0646	-0.058	0.0423	-0.0094	-8.54	16.102	37.958
6	17.1759	-4.5345	10.8922	39.3545	28.6358	59.4614	-0.1606	0.6149	1.0687	-0.517	-1.6412	3.0049	-3.5184	-4.0035	1.8018	0.2041	0.1288	0.0101	0.2369	0.091	0.2694	-15.683	25.494	45.022
7	0.1482	0.1989	-0.1992	1.9397	-0.8023	1.3096	0.054	-0.115	0.012	0.1098	-0.0654	-0.0017	0.1749	-0.1168	0.0113	0.0117	-0.0271	-0.0217	0.0024	0.0092	-0.0159	-2.103	32.072	36.43
8	3.3236	1.4454	0.4524	4.0155	-0.4899	1.5477	0.1202	-0.3063	-0.267	0.2542	-0.0926	-0.4968	0.0787	0.2602	-0.0276	-0.0345	0.0176	-0.0594	-0.0093	0.0566	0.0243	10.778	34.032	36.438
9	0.8894	-0.2925	0.0983	1.2833	-0.1122	0.8893	0.0445	-0.0472	-0.0759	0.0585	-0.0524	0.0059	0.0686	0.0182	0.0079	-0.0094	-0.0214	-0.0163	0.0205	0.0074	0.0019	-18.39	-19.522	21.524
10	1.6099	0.8818	0.5088	2.1067	1.5267	2.0293	-0.0106	-0.0581	0.1575	0.0378	-0.0724	0.1338	-0.209	-0.0035	0.083	-0.0139	-0.0261	0.011	0.0218	-0.0227	0.0041	-29.256	-13.66	30.756
11	0.4011	0.1942	-0.0723	3.0113	0.5012	1.8965	0.0218	-0.0687	0.0237	0.0685	-0.0305	0.2388	-0.2138	-0.1265	0.0087	0.0017	-0.0155	-0.0024	0.0268	-0.0013	0.0078	-24.355	-10.131	27.755
12	1.9189	-0.0742	0.166	3.0539	-3.2639	7.7503	0.0699	0.0638	0.0635	0.1861	0.0042	0.0884	-0.3133	0.0721	-0.074	0.0806	-0.0165	-0.0234	-0.0424	-0.0022	0.0565	-21.712	2.595	16.815
13	2.6803	-0.8554	-0.3761	6.826	-0.0518	0.6124	0.0598	0.0201	0.2383	0.0989	-0.029	-0.2775	-0.3039	0.0355	-0.0308	0.0942	-0.0812	-0.0213	-0.0225	0.0369	0.0151	-16.075	5.954	14.667
14	0.5557	-0.2202	0.0802	2.0815	-3.0886	11.235	0.0589	0.0845	0.0894	0.1249	0.2215	0.2344	-0.129	-0.4802	-0.2804	0.0492	0.0222	-0.0081	0.0035	0.0259	-0.0003	-27.914	8.134	8.666
15	1.2131	0.1125	0.1494	1.4468	-0.4483	1.7956	0.0624	0.1415	0.0764	-0.0779	-0.0806	-0.0884	-0.1312	0.0256	0.0181	-0.0006	-0.0153	-0.0076	0.0083	0.0002	0.0187	-17.394	-8.399	13.372
16	1.9971	-1.3353	-0.0612	3.0919	0.0781	2.7918	0.1105	0.2235	0.2497	-0.2763	-0.1508	-0.3452	-0.1859	0.4848	0.0404	-0.057	-0.0637	0.0173	0.0426	0.039	0.0139	-7.536	-7.021	12.145

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 63	5 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	64 - 115	64 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	116 - 159	116 - 159
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	160 - 188	160 - 188
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	189 - 215	189 - 215
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	216 - 223	216 - 223
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	224 - 262	224 - 262
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	263 - 292	263 - 292
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	9 - 63	9 - 63
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	64 - 86	64 - 86
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	87 - 120	87 - 120
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	121 - 159	121 - 159
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	160 - 190	160 - 190
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	191 - 236	191 - 236
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	237 - 261	237 - 261
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	262 - 291	262 - 291

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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