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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2iro | ||||||||||||||||||
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タイトル | The NMR Structures of (rGCUGAGGCU)2 and (rGCGGAUGCU)2 | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(P*![]() RNA / RNA INTERNAL LOOPS / SHEARED GA PAIRS / SHEARED GU PAIRS / NON CANONICAL PAIRS / THERMODYNAMICS | 機能・相同性 | RNA | ![]() 手法 | 溶液NMR / simulated annealing, restrained molecular dynamics | ![]() Tolbert, B.S. | ![]() ![]() タイトル: NMR Structures of (rGCUGAGGCU)(2) and (rGCGGAUGCU)(2): Probing the Structural Features That Shape the Thermodynamic Stability of GA Pairs(,). 著者: Tolbert, B.S. / Kennedy, S.D. / Schroeder, S.J. / Krugh, T.R. / Turner, D.H. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 172.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 142.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 314.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2887.767 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: natural abundance 13C-1H and 15N-1H HSQC |
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試料調製
詳細 | 内容: 1 mM Duplex, 80 mM NaCl, 0.5 mM Na2EDTA, 10 mM sodium phosphate, pH 5.5, 90%H2O, 10%D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | pH: 5.18 / 温度: 278 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: structures validated by chemical back calculation using the program Nuchemics | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations,lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |