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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2iqi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of protein XCC0632 from Xanthomonas campestris, Pfam DUF330 | ||||||
要素 | Hypothetical protein XCC0632 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | ABC-type transport auxiliary lipoprotein component / ABC-type transport auxiliary lipoprotein component / ABC-type transport auxiliary lipoprotein component / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ABC_trans_aux domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Bonanno, J.B. / Gilmore, J. / Bain, K.T. / Mckenzie, C. / Pelletier, L. / Wasserman, S. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of hypothetical protein XCC0632 from Xanthomonas campestris pv. campestris 著者: Bonanno, J.B. / Gilmore, J. / Bain, K.T. / Mckenzie, C. / Pelletier, L. / Wasserman, S. / Burley, S.K. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2iqi.cif.gz | 262.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2iqi.ent.gz | 214.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2iqi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2iqi_validation.pdf.gz | 485.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2iqi_full_validation.pdf.gz | 500.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2iqi_validation.xml.gz | 48.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2iqi_validation.cif.gz | 67.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/2iqi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/2iqi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | probable monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20600.158 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) 生物種: Xanthomonas campestris / 株: pv. campestris / 遺伝子: XCC0632 / プラスミド: modified pET26 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8PCT0 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.52 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 100mM Hepes, pH 7.5, 20% PEG 4000, 10% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97958 |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月24日 |
放射 | モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97958 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→19.937 Å / Num. all: 54597 / Num. obs: 54433 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rsym value: 0.146 / Net I/σ(I): 14.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.697 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. measured all: 56036 / Num. unique all: 7844 / Rsym value: 0.697 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→19.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 11.649 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.586 / ESU R Free: 0.337 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.965 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
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