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万見
- PDB-2iqh: Influenza A virus nucleoprotein NP at 3.2A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iqh
タイトルInfluenza A virus nucleoprotein NP at 3.2A resolution
要素Nucleocapsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / oligomerization / RNA binding / NLS / polymerase binding
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Ye, Q. / Tao, Y.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: The mechanism by which influenza A virus nucleoprotein forms oligomers and binds RNA.
著者: Ye, Q. / Krug, R.M. / Tao, Y.J.
履歴
登録2006年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleocapsid protein
B: Nucleocapsid protein
C: Nucleocapsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,4183
ポリマ－170,4183
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12530 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area56620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.099, 135.105, 195.183
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Nucleocapsid protein


分子量: 56806.047 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Wilson-Smith/1933(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: A/Wilson-Smith/1933(H1N1) / 遺伝子: NP / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RosettaTM 2(DE3) SinglesTM / 参照: UniProt: Q1I2B5, UniProt: Q1K9H2*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM Tris HCl, 3% PEG 8000, 10% Glycerol, 10mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A10.9792
シンクロトロンCHESS F221.0397, 1.0064, 0.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
21.03971
31.00641
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 26880 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 13.2 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 3.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.843 / SU B: 30.278 / SU ML: 0.524 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.653 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31814 1297 4.8 %RANDOM
Rwork0.27112 ---
obs0.27341 25500 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.53 Å20 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10162 0 0 0 10162
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02210303
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7031.95513850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.59851270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.77322.057491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.305151864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.87915137
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027790
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2970.25927
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3360.27206
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2454
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3220.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4461.56486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.456210214
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.01934190
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7944.53636
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 84 -
Rwork0.261 1832 -
obs-1916 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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