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万見
- PDB-2ipj: Crystal structure of h3alpha-hydroxysteroid dehydrogenase type 3 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ipj
タイトルCrystal structure of h3alpha-hydroxysteroid dehydrogenase type 3 mutant Y24A in complex with NADP+ and epi-testosterone
要素Aldo-keto reductase family 1 member C2
キーワードOXIDOREDUCTASE / 3a-HSD / AKR1C21 / AKR / aldo-keto reductase / HSD / hydroxysteroid dehydrogenase / open conformation / epi-testosterone
機能・相同性
機能・相同性情報


indanol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / indanol dehydrogenase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / androsterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ketosteroid monooxygenase activity / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase ...indanol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / indanol dehydrogenase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / androsterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ketosteroid monooxygenase activity / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase (NAD+) activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / cellular response to prostaglandin D stimulus / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / carboxylic acid binding / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / 酸化還元酵素 / bile acid binding / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / aldose reductase (NADPH) activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / prostaglandin metabolic process / steroid metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / digestion / epithelial cell differentiation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel ...Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-FFA / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member C2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Faucher, F. / Cantin, L. / Pereira de Jesus-Tran, K. / Luu-the, V. / Labrie, F. / Breton, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Mouse 17alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase (AKR1C21) Binds Steroids Differently from other Aldo-keto Reductases: Identification and Characterization of Amino Acid Residues Critical for Substrate Binding.
著者: Faucher, F. / Cantin, L. / Pereira de Jesus-Tran, K. / Lemieux, M. / Luu-The, V. / Labrie, F. / Breton, R.
履歴
登録2006年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年5月16日Group: Other
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase family 1 member C2
B: Aldo-keto reductase family 1 member C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,91719
ポリマ－72,8962
非ポリマー3,02117
水11,043613
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Aldo-keto reductase family 1 member C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9189
ポリマ－36,4481
非ポリマー1,4708
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
B: Aldo-keto reductase family 1 member C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,99810
ポリマ－36,4481
非ポリマー1,5509
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)144.788, 144.788, 203.885
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-325-

SO4

21A-418-

HOH

31B-416-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.8977, 0.4359, -0.0641), (0.4356, 0.8564, -0.2773), (-0.0659, -0.2769, -0.9586)202.1053, 12.0695, 397.9933

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1 member C2 / Trans-1 / 2- dihydrobenzene-1 / 2-diol dehydrogenase / Type III 3- alpha-hydroxysteroid ...Trans-1 / 2- dihydrobenzene-1 / 2-diol dehydrogenase / Type III 3- alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 3-alpha-HSD3 / Chlordecone reductase homolog HAKRD / Dihydrodiol dehydrogenase/bile acid-binding protein / DD/BABP / Dihydrodiol dehydrogenase 2 / DD2


分子量: 36447.891 Da / 分子数: 2 / 変異: Y24A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C2 / プラスミド: pGEX1lT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLys
参照: UniProt: P52895, 酸化還元酵素, trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase, EC: 1.1.1.213

-
非ポリマー , 6種, 630分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-FFA / (10ALPHA,13ALPHA,14BETA,17ALPHA)-17-HYDROXYANDROST-4-EN-3-ONE / EPI-TESTOSTERONE / エピテストステロン


分子量: 288.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O2
コメント: 阻害剤, アンタゴニスト, ホルモン*YM
#5: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG-4000 22%, 0.1M NaCitrate, pH 5.6, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月3日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.98 Å / Num. all: 75962 / Num. obs: 75736 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 29.947 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 18.29
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. measured obs: 82991 / Num. unique all: 11281 / Rsym value: 0.458 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEdata processing
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HDJ

2hdj


解像度: 1.8→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / FOM work R set: 0.846 / Data cutoff high absF: 8881042 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 3811 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs-74951 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.737 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.65 Å21.49 Å20 Å2
2--1.65 Å20 Å2
3----3.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5132 0 193 613 5938
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.161.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.312.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.8-1.810.338770.31514271504
1.81-1.820.379640.30114581522
1.82-1.840.286650.28514351500
1.84-1.850.317800.29114051485
1.85-1.860.329900.29614341524
1.86-1.880.317820.28914291511
1.88-1.890.306790.28914141493
1.89-1.910.387680.34514351503
1.91-1.920.353780.35614611539
1.92-1.940.321830.32813821465
1.94-1.960.278750.25114441519
1.96-1.970.195680.23914201488
1.97-1.990.298610.23414521513
1.99-2.010.238760.24214201496
2.01-2.030.267890.23714461535
2.03-2.050.222680.23114521520
2.05-2.070.292670.26614431510
2.07-2.090.328580.30413931451
2.09-2.110.262690.22414821551
2.11-2.130.222740.21514171491
2.13-2.160.269800.21514621542
2.16-2.180.249770.22614201497
2.18-2.210.231680.21414211489
2.21-2.240.284900.22614421532
2.24-2.270.347850.27514001485
2.27-2.30.259840.22814381522
2.3-2.330.274680.22414471515
2.33-2.370.265670.22314341501
2.37-2.40.27810.22114481529
2.4-2.440.243820.21614411523
2.44-2.490.233850.20814101495
2.49-2.530.195700.19414471517
2.53-2.580.24880.20914501538
2.58-2.630.267700.20714561526
2.63-2.690.209740.19314391513
2.69-2.750.219850.19614291514
2.75-2.820.207830.19314301513
2.82-2.90.239720.20314561528
2.9-2.980.215760.19914261502
2.98-3.080.182790.18214741553
3.08-3.190.23680.19414351503
3.19-3.320.212750.18714431518
3.32-3.470.226880.18914771565
3.47-3.650.175860.17914091495
3.65-3.880.175660.15914761542
3.88-4.180.189700.15714811551
4.18-4.60.169770.14614531530
4.6-5.260.158840.14214701554
5.26-6.630.239740.18915061580
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ligands_.paramligands_.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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