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万見
- PDB-2ipi: Crystal Structure of Aclacinomycin Oxidoreductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ipi
タイトルCrystal Structure of Aclacinomycin Oxidoreductase
要素Aclacinomycin oxidoreductase (AknOx)
キーワードOXIDOREDUCTASE / anthracycline / aclacinomycin / flavoenzyme / twinning / MAD
機能・相同性
機能・相同性情報


aclacinomycin-N oxidase / aclacinomycin-A oxidase / antibiotic biosynthetic process / FAD binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 - #20 / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type ...: / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 - #20 / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYL / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Aclacinomycin-N/aclacinomycin-A oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces galilaeus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Sultana, A. / Kursula, I. / Schneider, G. / Alexeev, I. / Niemi, J. / Mantsala, P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structure determination by multiwavelength anomalous diffraction of aclacinomycin oxidoreductase: indications of multidomain pseudomerohedral twinning.
著者: Sultana, A. / Alexeev, I. / Kursula, I. / Mantsala, P. / Niemi, J. / Schneider, G.
履歴
登録2006年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aclacinomycin oxidoreductase (AknOx)
B: Aclacinomycin oxidoreductase (AknOx)
C: Aclacinomycin oxidoreductase (AknOx)
D: Aclacinomycin oxidoreductase (AknOx)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,8419
ポリマ－228,8874
非ポリマー3,9545
水18,1771009
1
A: Aclacinomycin oxidoreductase (AknOx)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8193
ポリマ－57,2221
非ポリマー1,5972
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aclacinomycin oxidoreductase (AknOx)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0072
ポリマ－57,2221
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Aclacinomycin oxidoreductase (AknOx)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0072
ポリマ－57,2221
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Aclacinomycin oxidoreductase (AknOx)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0072
ポリマ－57,2221
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.500, 266.200, 68.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a monomer.

-
要素

#1: タンパク質
Aclacinomycin oxidoreductase (AknOx)


分子量: 57221.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces galilaeus (バクテリア)
遺伝子: AknOx / プラスミド: pBADhisAknOx / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q0PCD7
#2: 化合物 ChemComp-AKY / METHYL (2S,4R)-2-ETHYL-2,5,7-TRIHYDROXY-6,11-DIOXO-4-{[2,3,6-TRIDEOXY-4-O-{2,6-DIDEOXY-4-O-[(2S,6S)-6-METHYL-5-OXOTETRAHYDRO-2H -PYRAN-2-YL]-ALPHA-D-LYXO-HEXOPYRANOSYL}-3-(DIMETHYLAMINO)-D-RIBO-HEXOPYRANOSYL]OXY}-1,2,3,4,6,11-HEXAHYDROTETRACENE-1-C ARBOXYLATE / ACLACINOMYCIN Y


分子量: 811.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H53NO15
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1009 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.52 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8
詳細: 20%(w/v)PEG6000, 0.2M ammonium chloride, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 8.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8423, 0.9793, 0.9797, 0.9392
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月24日
放射モノクロメーター: SI [111], HORIZONTALLY FOCUSSING / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.84231
20.97931
30.97971
40.93921
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. obs: 246742 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.65→1.7 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.371 / % possible all: 57.3

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.9793.8-4.8
13 wavelength20.97970.5-8.3
13 wavelength30.93923.5-2.2
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se4.5790.3360.5010.1670.549
2Se26.8660.4550.4150.2070.993
3Se19.9660.3590.7780.1110.696
4Se23.3270.5440.1520.2820.784
5Se46.8150.9770.7340.1060.925
6Se50.5910.3990.6930.2290.862
7Se41.5620.6960.9510.4040.82
8Se54.7930.4240.8170.4290.998
9Se19.70.1140.2280.140.819
10Se47.5770.8590.9530.3120.909
11Se37.8630.1340.3760.1461.007
12Se38.0980.9140.0720.0040.864
13Se600.970.7420.2630.979
14Se45.9430.8770.740.4240.928
15Se47.6640.8440.540.1050.793
16Se26.3240.5710.6210.4790.71
17Se44.3040.9350.9540.3680.79
18Se600.6380.2350.4241.006
19Se31.6050.2970.9650.320.71
20Se59.7640.5410.9590.4110.976
21Se600.9880.4570.2041.086
22Se43.1280.2680.9590.3720.757
23Se49.0750.0650.2380.4990.637
24Se33.210.3290.4150.0760.475
Phasing dmFOM : 0.79 / FOM acentric: 0.79 / FOM centric: 0.78 / 反射: 41882 / Reflection acentric: 41187 / Reflection centric: 695
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8.6-19.9610.920.920.931663159469
5.4-8.60.880.880.8356095473136
4.3-5.40.880.890.8270546929125
3.8-4.30.860.860.8270976988109
3.2-3.80.780.780.761264812482166
3-3.20.550.550.517811772190

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE2.09位相決定
RESOLVE2.09位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.65→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE RWORK AND RFREE(RTWIN) MENTIONED HERE, ARE NOT THE VALUES OBTAINED FROM USUAL REFINEMENT PROCESS. THESE VALUES WERE OBTAINED AFTER USING THE TWIN PROTOCOL IN SHELXL DURING STRUCTURE ...詳細: THE RWORK AND RFREE(RTWIN) MENTIONED HERE, ARE NOT THE VALUES OBTAINED FROM USUAL REFINEMENT PROCESS. THESE VALUES WERE OBTAINED AFTER USING THE TWIN PROTOCOL IN SHELXL DURING STRUCTURE REFINEMENT. SO, USUAL PROTOCOL FOR REFINEMENT WILL GIVE MUCH HIGHER VALUES FOR BOTH RWORK AND RTWIN COMPARED TO THE VALUES GIVEN IN THE TABLE HERE. The Rwork and Rfree are obtained from the twin refinement
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 9545 -
obs0.185 -95.9 %
all-246723 -
原子変位パラメータBiso mean: 18.009 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15310 0 270 1009 16589

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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