PDB-2iph: X-ray Structure at 1.75 A Resolution of a Norovirus Protease Link...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2iph

タイトル

X-ray Structure at 1.75 A Resolution of a Norovirus Protease Linked to an Active Site Directed Peptide Inhibitor

要素

Thiol protease P3C

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / BETA BARREL / ALPHA HELIX / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

calicivirin / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Southampton virus

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Hussey, R.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: A Structural Study of Norovirus 3C Protease Specificity: Binding of a Designed Active Site-Directed Peptide Inhibitor.
著者: Hussey, R.J. / Coates, L. / Gill, R.S. / Erskine, P.T. / Coker, S.F. / Mitchell, E. / Cooper, J.B. / Wood, S. / Broadbridge, R. / Clarke, I.N. / Lambden, P.R. / Shoolingin-Jordan, P.M.

履歴

登録	2006年10月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年6月20日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2iph.cif.gz	92.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2iph.ent.gz	67.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2iph.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2iph_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2iph_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	2iph_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	2iph_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/2iph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/2iph	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6yev-1 6zxv-1 6yev-3 5e71-d 2ht6-d 4euv-d 2hjm-d 5oi9-2 6zxy-d 4c05-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Thiol protease P3C

B: Thiol protease P3C

ヘテロ分子

40.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.497, 84.106, 121.471
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Thiol protease P3C / 3C-like protease / 3C-pro 分子量: 19305.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Southampton virus (serotype 3) (ウイルス) 属: Norovirus / 生物種: Norwalk virus / プラスミド: pT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q04544, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-LGG / N-ACETYL-L-ALPHA-GLUTAMYL-L-PHENYLALANYL-L-GLUTAMINYL-N-[(1S)-4-AMINO-1-(2-CARBOXYETHYL)-4-OXOBUTYL]-L-LEUCINAMIDE 分子量: 733.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₅₁N₇O₁₁
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.67 %

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1
3	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)	波長
シンクロトロン	ESRF	ID23-1	1	0.97625,0.97925,0.97955
シンクロトロン	ESRF	ID23-1	2		0.934

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月5日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97625	1
2	0.97925	1
3	0.97955	1
4	0.934	1

Reflection

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	R_sym value	D res high (Å)	D res low (Å)	Num. obs	% possible obs
19.6	1	6.5	521622	0.086	0.086	2.2	40.456	26649	99.5
6.7	2	8.6	120862	0.057	0.057	2.5	46.045	18029	98.2
6.6	3	7.4	117483	0.064	0.064	2.5	49.147	17803	97.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
9.84	40.46	97.2	1	0.036	0.036	16.7
6.96	9.84	99.5	1	0.041	0.041	19.7
5.68	6.96	99.8	1	0.059	0.059	19.9
4.92	5.68	99.6	1	0.053	0.053	20.6
4.4	4.92	99.8	1	0.056	0.056	20.8
4.02	4.4	99.8	1	0.061	0.061	20.8
3.72	4.02	99.6	1	0.06	0.06	21.2
3.48	3.72	99.7	1	0.064	0.064	21.1
3.28	3.48	99.7	1	0.073	0.073	20.8
3.11	3.28	100	1	0.083	0.083	20.4
2.97	3.11	99.7	1	0.108	0.108	20
2.84	2.97	99.6	1	0.127	0.127	19.8
2.73	2.84	99.4	1	0.167	0.167	19.7
2.63	2.73	99.9	1	0.208	0.208	19.5
2.54	2.63	99.3	1	0.277	0.277	19.2
2.46	2.54	99.2	1	0.337	0.337	19.2
2.39	2.46	99.9	1	0.4	0.4	18.7
2.32	2.39	98.8	1	0.494	0.494	18.5
2.26	2.32	99.6	1	0.601	0.601	18.4
2.2	2.26	98.7	1	0.741	0.741	18
11.18	46.04	46.9	2	0.034	0.034	4.1
7.91	11.18	68.2	2	0.032	0.032	5.5
6.45	7.91	96.5	2	0.041	0.041	6.5
5.59	6.45	99.4	2	0.052	0.052	6.8
5	5.59	99.4	2	0.043	0.043	6.9
4.56	5	99.4	2	0.048	0.048	7
4.23	4.56	99.4	2	0.055	0.055	6.9
3.95	4.23	99.7	2	0.056	0.056	7
3.73	3.95	99.6	2	0.053	0.053	7.1
3.54	3.73	99.6	2	0.056	0.056	7.1
3.37	3.54	99.8	2	0.059	0.059	6.9
3.23	3.37	99.4	2	0.068	0.068	6.9
3.1	3.23	99.6	2	0.066	0.066	6.9
2.99	3.1	99.6	2	0.073	0.073	6.7
2.89	2.99	99.1	2	0.079	0.079	6.7
2.8	2.89	99.8	2	0.083	0.083	6.6
2.71	2.8	99.2	2	0.091	0.091	6.5
2.64	2.71	99.7	2	0.108	0.108	6.5
2.56	2.64	99	2	0.117	0.117	6.5
2.5	2.56	99.9	2	0.137	0.137	6.4
11.18	49.16	36.5	3	0.043	0.043	3.8
7.91	11.18	55.2	3	0.042	0.042	5.2
6.45	7.91	92.6	3	0.045	0.045	6.4
5.59	6.45	98.6	3	0.054	0.054	6.6
5	5.59	98.4	3	0.045	0.045	6.9
4.56	5	99	3	0.052	0.052	6.8
4.23	4.56	99	3	0.061	0.061	6.8
3.95	4.23	99.5	3	0.067	0.067	6.9
3.73	3.95	99.2	3	0.062	0.062	7
3.54	3.73	99.5	3	0.063	0.063	7
3.37	3.54	99.7	3	0.066	0.066	6.8
3.23	3.37	99.4	3	0.074	0.074	6.7
3.1	3.23	99.9	3	0.072	0.072	6.7
2.99	3.1	99.6	3	0.083	0.083	6.5
2.89	2.99	99.4	3	0.091	0.091	6.6
2.8	2.89	99.9	3	0.096	0.096	6.5
2.71	2.8	98.9	3	0.105	0.105	6.4
2.64	2.71	99.7	3	0.124	0.124	6.5
2.56	2.64	98.9	3	0.13	0.13	6.4
2.5	2.56	100	3	0.158	0.158	6.3

反射

解像度: 1.7→36.491 Å / Num. obs: 55934 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.053 / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.7-1.79	5.2	0.623	1.2	38859	7504	0.623	92.8
1.79-1.9	6.7	0.385	2	51966	7740	0.385	99.9
1.9-2.03	6.9	0.206	3.6	50152	7259	0.206	100
2.03-2.19	7.1	0.127	5.8	47821	6782	0.127	100
2.19-2.4	7.2	0.09	7.9	45143	6291	0.09	100
2.4-2.69	7.2	0.06	11.8	41055	5687	0.06	100
2.69-3.1	7.2	0.041	15.8	36356	5067	0.041	100
3.1-3.8	7.1	0.031	18	30725	4326	0.031	100
3.8-5.38	6.8	0.034	16.2	22949	3366	0.034	99.6
5.38-40.49	5.9	0.032	19	11332	1912	0.032	97.3

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9793	4.7	-4.9
1	3 wavelength	2	0.9763	4	-4
1	3 wavelength	3	0.9795	2.3	-8.9

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	43.649	0.392	0.806	0.134	1.06
2	Se	46.504	0.435	0.731	0.016	1.131
3	Se	60	0.893	0.717	0.24	1.216
4	Se	60	0.363	0.934	0.147	0.865
5	Se	37.002	0.678	0.779	0.232	0.492
6	Se	48.936	0.402	0.153	0.232	0.789
7	Se	47.164	0.573	0.606	0.095	0.472
8	Se	60	0.428	0.028	0.215	1.09
9	Se	60	0.588	0.135	0.235	0.685
10	Se	60	0.438	0.805	0.222	0.573

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
SOLVE	2.08	位相決定
RESOLVE		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.75→29.4 Å / FOM work R set: 0.869 / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.221	2580	5 %
R_work	0.204	-	-
obs	-	51760	99.6 %

溶媒の処理

B_sol: 46.772 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.208 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.281 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.348 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.629 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2667	0	104	247	3018

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.364	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.936	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.257	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.934	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
1.75-1.76	0.324	49	0.296	937	986
1.76-1.77	0.302	47	0.318	954	1001
1.77-1.79	0.37	61	0.31	907	968
1.79-1.8	0.275	52	0.284	962	1014
1.8-1.81	0.329	55	0.294	992	1047
1.81-1.83	0.274	43	0.266	982	1025
1.83-1.84	0.347	53	0.255	969	1022
1.84-1.85	0.247	45	0.259	983	1028
1.85-1.87	0.322	56	0.261	963	1019
1.87-1.89	0.228	47	0.225	967	1014
1.89-1.9	0.227	48	0.214	995	1043
1.9-1.92	0.257	39	0.209	984	1023
1.92-1.93	0.297	32	0.206	984	1016
1.93-1.95	0.225	43	0.207	982	1025
1.95-1.97	0.319	45	0.203	986	1031
1.97-1.99	0.191	51	0.199	983	1034
1.99-2.01	0.227	78	0.2	922	1000
2.01-2.03	0.219	57	0.201	992	1049
2.03-2.05	0.231	48	0.206	989	1037
2.05-2.07	0.239	44	0.206	985	1029
2.07-2.1	0.268	47	0.204	948	995
2.1-2.12	0.227	55	0.194	990	1045
2.12-2.15	0.277	44	0.204	990	1034
2.15-2.18	0.235	47	0.214	978	1025
2.18-2.2	0.227	35	0.192	1000	1035
2.2-2.24	0.214	63	0.211	970	1033
2.24-2.27	0.215	52	0.204	981	1033
2.27-2.3	0.244	47	0.205	971	1018
2.3-2.34	0.285	63	0.208	1006	1069
2.34-2.38	0.241	76	0.218	938	1014
2.38-2.42	0.24	47	0.213	974	1021
2.42-2.46	0.223	63	0.198	983	1046
2.46-2.51	0.204	54	0.194	985	1039
2.51-2.56	0.251	55	0.207	978	1033
2.56-2.61	0.206	65	0.204	977	1042
2.61-2.67	0.192	50	0.201	976	1026
2.67-2.74	0.212	59	0.203	1001	1060
2.74-2.82	0.192	55	0.197	962	1017
2.82-2.9	0.205	54	0.195	1023	1077
2.9-2.99	0.214	47	0.211	978	1025
2.99-3.1	0.222	58	0.203	1006	1064
3.1-3.22	0.204	40	0.197	1001	1041
3.22-3.37	0.194	45	0.195	1019	1064
3.37-3.55	0.233	46	0.199	1001	1047
3.55-3.77	0.205	36	0.184	1013	1049
3.77-4.06	0.18	59	0.188	1015	1074
4.06-4.47	0.188	59	0.162	1002	1061
4.47-5.12	0.164	56	0.169	1011	1067
5.12-6.45	0.213	48	0.224	1048	1096
6.45-100	0.282	62	0.249	1037	1099

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	peptide2.param
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)