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- PDB-2ipc: Crystal structure of the translocation ATPase SecA from Thermus t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ipc
タイトルCrystal structure of the translocation ATPase SecA from Thermus thermophilus reveals a parallel, head-to-head dimer
要素Preprotein translocase SecA subunit
キーワードTRANSPORT PROTEIN / nucleotide binding fold / ATPase / parallel dimer / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / intracellular protein transmembrane transport / protein transport by the Sec complex / protein import / protein targeting / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pre-protein croslinking domain of SecA / SecA, preprotein cross-linking domain / Helical scaffold and wing domains of SecA / Helical scaffold and wing domains of SecA / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site ...Pre-protein croslinking domain of SecA / SecA, preprotein cross-linking domain / Helical scaffold and wing domains of SecA / Helical scaffold and wing domains of SecA / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily / SecA, C-terminal helicase domain / SecA preprotein cross-linking domain / SecA Wing and Scaffold domain / SecA DEAD-like domain / SecA P-loop domain / SecA family signature. / SecA family profile. / SecA DEAD-like domain / SecA preprotein cross-linking domain / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocase subunit SecA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Vassylyev, D.G. / Mori, H. / Vassylyeva, M.N. / Tsukazaki, T. / Kimura, Y. / Tahirov, T.H. / Ito, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of the Translocation ATPase SecA from Thermus thermophilus Reveals a Parallel, Head-to-Head Dimer.
著者: Vassylyev, D.G. / Mori, H. / Vassylyeva, M.N. / Tsukazaki, T. / Kimura, Y. / Tahirov, T.H. / Ito, K.
履歴
登録2006年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Preprotein translocase SecA subunit
B: Preprotein translocase SecA subunit
C: Preprotein translocase SecA subunit
D: Preprotein translocase SecA subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)456,5294
ポリマ－456,5294
非ポリマー00
水24,6811370
1
A: Preprotein translocase SecA subunit
B: Preprotein translocase SecA subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,2642
ポリマ－228,2642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Preprotein translocase SecA subunit
D: Preprotein translocase SecA subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,2642
ポリマ－228,2642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.623, 168.623, 149.758
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
Preprotein translocase SecA subunit


分子量: 114132.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: SecA / プラスミド: pHM451 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SIW3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 9% PEG4000, 60mM lithium sulfate, 0.2M NaCl, 87.5 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年3月15日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. all: 117271 / Num. obs: 114222 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 10542 / Rsym value: 0.409 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ収集
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.8→40 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The perfect merohedral twinning (twinning fraction = 0.5) was detected with twinning operator {+h,-h-k,-l}. The refinement was carried out against twinned data using the twinning option of the CNS program.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2545 6730 -random
Rwork0.2213 ---
all0.2213 117271 --
obs0.2213 114222 97.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30132 0 0 1370 31502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.86
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3033 599 -
Rwork0.2889 --
obs-10139 92.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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