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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ip6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PedB | ||||||
![]() | PapB | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / immunity protein to the pediocin PP-1 | ||||||
機能・相同性 | de novo design (two linked rop proteins) - #140 / Lactococcin-A immunity protein-like / Enterocin A Immunity / de novo design (two linked rop proteins) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Immunity protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kang, S.O. / Kim, I.K. / Kim, M.K. / Kim, J.H. / Yim, H.S. / Cha, S.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High resolution crystal structure of PedB: a structural basis for the classification of pediocin-like immunity proteins 著者: Kim, I.K. / Kim, M.K. / Kim, J.H. / Yim, H.S. / Cha, S.S. / Kang, S.O. #1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2005 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of the pediocin immunity protein (PedB) from Pediococcus pentosaceus at 1.35 A resolution 著者: Kim, I.K. / Kim, M.K. / Yim, H.S. / Cha, S.S. / Kang, S.O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 33.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 21.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 441.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13011.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pGEX-4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.711271 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.123611 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 詳細: 2.4M ammonium sulfate, 0.3M sodium chloride, 0.1M MES, pH 6.0, EVAPORATION, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: BRUKER PROTEUM 300 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月2日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.35→30 Å / Num. all: 19433 / Num. obs: 18937 / % possible obs: 97.4 % / Biso Wilson estimate: 11.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 95.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.8088 Å2 / ksol: 0.358512 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→18.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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